特許
J-GLOBAL ID：201203093726218250

GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム

発明者：
池田 有理

池田 有理 について

, 
田中 大貴

田中 大貴 について

, 
吉澤 昌朗

吉澤 昌朗 について

, 
佐々木 貴規

佐々木 貴規 について

, 
池田 修己

池田 修己 について


出願人/特許権者：
学校法人明治大学

学校法人明治大学 について


代理人 (4件)： 志賀 正武 ,  棚井 澄雄 ,  高橋 詔男 ,  五十嵐 光永
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2010-169324
公開番号（公開出願番号）：特開2012-032163
出願日： 2010年07月28日
公開日（公表日）： 2012年02月16日
要約：
【課題】高感度且つ高選択的に検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定する。【解決手段】スコア数値列生成部114は、PSSM記憶部113が記憶するPSSMによって検査対象タンパク質のアミノ酸配列の各アミノ酸残基の位置特異的スコアを示すスコア数値列を生成する。次に、ニューラルネットワーク115は、当該スコア数値列を入力し、GPIアンカー型タンパク質らしさを示す0以上1以下の期待値を出力する。そして、GPIアンカー型タンパク質判定部116は、当該期待値の値に基づいて、検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定する。【選択図】図1
請求項（抜粋）：
検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定するGPIアンカー型タンパク質の判定装置であって、 前記検査対象タンパク質のアミノ酸配列情報を取得する配列取得部と、 前記配列取得部が取得したアミノ酸配列情報における既知のGPIアンカー型タンパク質のプロペプチド領域を含む領域として、前記アミノ酸配列情報のC末端から予め定められた残基数の領域を特定し、当該プロペプチド領域を含む領域のアミノ酸残基を抽出し、当該抽出したアミノ酸残基のそれぞれに対して、当該プロペプチド領域を含む領域のアミノ酸残基の側鎖サイズの平均化に用いる残基数である側鎖サイズ特性抽出必要数を用いて、連続する当該側鎖サイズ特性抽出必要数分のアミノ酸残基の各側鎖サイズ指標値の平均値である平均側鎖サイズを1残基ずつずらしながら複数算出する側鎖サイズ算出部と、 記憶部に記憶されている既知のGPIアンカー型タンパク質のアミノ酸残基位置におけるアミノ酸残基の種類の出現度合いを示す位置特異的スコアを前記記憶部から取得し、当該位置特異的スコアに基づき、前記側鎖サイズ算出部が算出した平均側鎖サイズが最小となる位置を基準位置とする、当該基準位置からN末端側及びC末端側に連続する所定の残基数のアミノ酸残基からなる所定の領域におけるアミノ酸残基の部分配列の各アミノ酸残基の位置特異的スコアを特定し、当該各アミノ酸残基の位置特異的スコアを示す数値列であるスコア数値列を生成するスコア数値列生成部と、 前記スコア数値列生成部が生成したスコア数値列を入力し、GPIアンカー型タンパク質らしさを示す0以上1以下の期待値を出力する分類部であって、既知のGPIアンカー型タンパク質の前記スコア数値列を入力とした場合に、期待値として1を出力し、既知の非GPIアンカー型タンパク質の前記スコア数値列を入力した場合に、期待値として0を出力するように学習された分類部と、 前記分類部が出力した期待値が0.5未満であると判定した場合に、前記検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質でないと判定するGPIアンカー型タンパク質判定部と、 を備えることを特徴とするGPIアンカー型タンパク質の判定装置。
IPC (1件)：
G01N 33/48
FI (1件)：
G01N33/48 Z
Fターム (4件)：
2G045DA30 ,  2G045DA36 ,  2G045DA60 ,  2G045JA01
引用特許：
出願人引用 (4件)
全件表示
審査官引用 (4件)
全件表示
引用文献：
出願人引用 (4件)
全件表示
審査官引用 (7件)
  • Prediction of Potential GPI-modification Sites inProprotein Sequences
  • Identification of GPI anchor attachment signals by a Kohonenself-organizing map
  • Identification of GPI anchor attachment signals by a Kohonenself-organizing map
全件表示

前のページに戻る

TOP

BOTTOM