特許

J-GLOBAL ID：201403042488868489

タンパク質機能改変法

発明者： 舘野 浩章 ,  平林 淳 ,  久野 敦
出願人/特許権者： 独立行政法人産業技術総合研究所
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2012-139770
公開番号（公開出願番号）：特開2014-003908
出願日： 2012年06月21日
公開日（公表日）： 2014年01月16日
要約：

【課題】本発明は、標的分子に対する特異的な結合活性を有するタンパク質または核酸(特異的認識プローブ)を得るための出発材料として選択した親タンパク質(核酸)、及び作製された変異遺伝子ライブラリーに対する簡便かつ的確な「進化ポテンシャル」の評価法、並びにアフィニティーセレクション工程の高感度且つ網羅的なモニタリング方法を提供するものでもある。【解決手段】 親タンパク質(核酸)及びそれから作製したランダム変異ライブラリーのそれぞれについて、標的分子を含有した標的リガンドアレイに対する「分子結合プロファイル」を作成し、両者の「分子結合プロファイル」を比較解析することで、対象のランダム変異ライブラリーが、標的分子結合性の変異体を創出可能な集団であるかどうかという「進化ポテンシャル」を評価できる。さらに、得られた「ランダム変異ライブラリー」に対して、標的分子を固定化したビーズなどを用いた選択サイクルにおいても、1回ごとに「分子結合プロファイル」を作成し比較解析することで、確実にセレクション工程の終了時期を決定することができ、そのために目的とする特異的認識プローブを効率的に創出することが可能となった。【選択図】 なし

請求項（抜粋）：

標的分子を特異的に認識するプローブを創出するための方法であって、下記(1)〜(10)を含む方法; (1)少なくとも標的分子を含む分子群が固定化された分子アレイを用意する工程、 (2)選定した親タンパク質又は親核酸にランダム変異が導入されたランダム変異ライブラリーを作製する工程、 (3)工程(2)で用いた親タンパク質又は親核酸と、作製されたランダム変異ライブラリーのそれぞれに対して、工程(1)で得られた分子アレイを反応させることにより、両者の分子結合プロファイルを作成する工程、 (4)工程(3)で得られた親タンパク質又は親核酸についての分子結合プロファイルと、同ランダム変異ライブラリーについての分子結合プロファイルとを比較解析する工程、 (5)ランダム変異ライブラリーについての分子結合プロファイルで観察される標的分子に対する反応性が、親タンパク質又は親核酸についての分子結合プロファイルで観察される反応性よりも有意差を持って高い場合に、前記ランダム変異ライブラリーが、標的分子結合性の変異体を創出可能な集団であると評価する工程、 (6)工程(5)により、前記ランダム変異ライブラリーが標的分子結合性の変異体を創出可能な集団であると評価された場合に、前記ランダム変異ライブラリーを固定化された標的分子と反応させることにより、標的分子結合性の変異体群を選択する工程、 (7)工程(6)により選択された標的分子結合性の変異体群の分子結合プロファイルを作成し、工程(3)で得られた前記ランダム変異ライブラリーの分子結合プロファイルと比較解析し、前者で観察される標的分子に対する反応性が、後者で観察される標的分子に対する反応性よりも有意差を持って高い場合に、工程(6)の選択工程が有効であると判定する工程、 (8)工程(7)において、選択工程が有効であると判定された場合であって、かつ、分子結合プロファイルで観察される標的分子に対する反応性が、分子アレイ上の他の分子に対する反応性と明確な有意差を持たない場合に、工程(6)で選択された標的分子結合性変異体群に対して、さらに工程(6)及び(7)の選択工程を繰り返す工程、 (9)工程(7)又は工程(8)により得られた標的分子結合性の変異体群に対して作成した分子結合プロファイルにおいて、観察される標的分子に対する反応性が、分子アレイ上の他のいずれの分子に対する反応性と比較しても高い有意差を持つに至った場合に、選択工程サイクルの終了時と判定する工程、 (10)工程(9)で得られた標的分子結合性の変異体群から、目的とする標的分子を特異的に認識するプローブを単離する工程。

IPC (2件)：

C12N 15/09 ,  C12Q 1/68

FI (3件)：

C12N15/00 A ,  C12N15/00 F ,  C12Q1/68 A

Fターム (18件)：

4B024AA20 ,  4B024BA80 ,  4B024CA06 ,  4B024DA06 ,  4B024EA04 ,  4B024GA11 ,  4B024HA14 ,  4B024HA19 ,  4B063QA13 ,  4B063QQ06 ,  4B063QQ43 ,  4B063QR32 ,  4B063QR55 ,  4B063QR75 ,  4B063QS02 ,  4B063QS34 ,  4B063QS39 ,  4B063QX01

引用特許：

審査官引用 (1件)

• 生体関連物質と糖鎖との相互作用の測定方法、生体関連物質の糖鎖選択性の評価方法、生体関連物質のスクリーニング方法、および生体関連物質のパターニング方法、並びにこれらの方法を実施するためのキット
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2007-324036   出願人：独立行政法人科学技術振興機構, 国立大学法人鹿児島大学, 隅田泰生

引用文献：

審査官引用 (21件)

• Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001, Vol.98, No.22, pp.12374-12378
• Methods, 2001, Vol.23, pp.287-293
• J. Biol. Chem., 20120608, Vol.287, No.24, pp.20313-20320
• J. Immunol. Methods, 2003, Vol.281, pp.161-175
• PLOS One, 2009, Vol.4, No.12, e8142(pp.1-11)
• Nature Methods, 2005, Vol.2, No.11, pp.851-856
• Nucl. Acids Res., 2009, Vol.37, No.1, e6, pp.1-10
• 生物学辞典, 2010, 第1版, 第350頁及び第918-919頁
• Nat. Rev. Mol. Cell. Biol., 2009, Vol.10, No.12, pp.866-876(1-25)
• 細胞生物学事典, 2005, 初版, 第320-321頁
• Nucl. Acids Res., 2006, Vol.34, No.22, pp.6416-6424
• J. Biochem., 2007, Vol.141, pp.389-399
• J. Amino Acid, 201202, Vol.2012, Article ID 816032(pp.1-19)
• Protein Eng. Des. Sel., 2005, Vol.18, No.6, pp.265-271
• Glycobiology, 2008, Vol.18, No.10, pp.789-798
• J. Am. Chem. Soc., 2004, Vol.126, pp.4812-4819
• Protein Eng. Des. Sel., 2006, Vol.19, No.5, pp.219-229
• Bioorgan. Med. Chem., 2007, Vol.15, pp.511-517
• Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, Vol.95, pp.14130-14135
• Bioorgan. Med. Chem. Lett., 2008, Vol.18, pp.4011-4014
• J. Am. Chem. Soc., 2002, Vol.124, pp.13996-13997