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J-GLOBAL ID：201802247955249400   整理番号：18A1114875

癌ゲノムにおけるスプライシング関連配列の体細胞変異の枯渇【JST・京大機械翻訳】

Depletion of somatic mutations in splicing-associated sequences in cancer genomes

著者 (2件)： Hurst Laurence D. (The Milner Centre for Evolution, Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, Bath, UK) ,  Batada Nizar N. (Institute for Genetics and Molecular Medicine, University of Edinburgh, Edinburgh, UK)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 213  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 癌ゲノミクスの重要な目標は,系統的に癌を引き起こす突然変異を同定することである。共通のアプローチは,同義突然変異に対する非同義性の高い比率を有する部位を同定することである。しかしながら,同義突然変異が精製選択下にあるならば,この方法論は偽陽性突然変異の同定をもたらす。ここでは,15の異なる癌型にわたって4000以上の腫瘍で同定された同義体細胞突然変異(SSM)を用いて,スプライシングに必要なコード領域に焦点を合わせることによりこの仮定を試験することを試みた。スプライシング忠実度に必要な配列に富むエクソン側面は,正準スプライス部位を除いた後でさえ,エキソンコアと比較して約17%低いSSM密度を有する。未知の原因の突然変異バイアスを除去することは不可能であるが,複数の証拠は突然変異バイアス説明の上での精製選択モデルを支持する。側面/コア差は,不整合修復における歪んだヌクレオチド含有量,複製タイミング,ヌクレオソーム占有または欠損によって説明されない。枯渇は腫瘍抑制因子では見られず,陽性腫瘍選択におけるそれらの役割と一致するが,癌関連および非癌遺伝子において,必須および非必須の両方で観察される。スプライシング調節における役割と一致して,エキソンスプライスエンハンサーはヌクレオチド組成を制御する前後により低いSSM密度を有する;さらに,エキソンの5′末端における側面は3′末端におけるよりもSSM密度が有意に低かった。これらの結果は,癌ゲノムの観察可能な突然変異スペクトルが,単に様々な突然変異過程と陽性選択の生成物ではなく,負の選択によって形成される可能性があることを示唆する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： バイアス ,  腫瘍 ,  *ゲノム ,  突然変異 ,  ヌクレオソーム ,  不整合 ,  ヌクレオチド ,  癌遺伝子
準シソーラス用語： 突然変異スペクトル ,  腫瘍抑制因子 ,  選択モデル ,  スプライス部位 ,  ゲノミクス ,  体細胞突然変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 癌ゲノム ,  TCGA ,  ICGC ,  突然変異 ,  同義 ,  スプライシング ,  エキソンスプライスエンハンサー ,  負の選択

分類 (1件)： 遺伝的変異  (EC01030Y)

引用文献 (54件)：

• Nature.; Differential DNA mismatch repair underlies mutation rate variation across the human genome; F Supek, B Lehner; 521; 2015; 81-4; 10.1038/nature14173; citation_id=CR1
• Nature.; Mutational heterogeneity in cancer and the search for new cancer-associated genes; MS Lawrence, P Stojanov, P Polak, GV Kryukov, K Cibulskis, A Sivachenko; 499; 2013; 214-8; 10.1038/nature12213; citation_id=CR2
• Nature.; Cell-of-origin chromatin organization shapes the mutational landscape of cancer; P Polak, R Karlic, A Koren, R Thurman, R Sandstrom, MS Lawrence; 518; 2015; 360-4; 10.1038/nature14221; citation_id=CR3
• Nat Biotechnol.; Reduced local mutation density in regulatory DNA of cancer genomes is linked to DNA repair; P Polak, MS Lawrence, E Haugen, N Stoletzki, P Stojanov, RE Thurman; 32; 2014; 71-5; 10.1038/nbt.2778; citation_id=CR4
• Nature.; Chromatin organization is a major influence on regional mutation rates in human cancer cells; B Schuster-Bockler, B Lehner; 488; 2012; 504-7; 10.1038/nature11273; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： 癌ゲノム ,  スプライシング ,  体細胞変異 ,  枯渇