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J-GLOBAL ID：201802258637760134   整理番号：18A1293586

ヒト糞便,下水およびカキにおけるヒト病原性RNAウイルスの高スループット検出および遺伝子型決定のためのマイクロ流体PCR増幅およびMISEQアンプリコン配列決定法【JST・京大機械翻訳】

Microfluidic PCR Amplification and MiSeq Amplicon Sequencing Techniques for High-Throughput Detection and Genotyping of Human Pathogenic RNA Viruses in Human Feces, Sewage, and Oysters

著者 (16件)： Oshiki Mamoru (Department of Civil Engineering, National Institute of Technology) ,  Miura Takayuki (Department of Environmental Health, National Institute of Public Health) ,  Kazama Shinobu (Center for Simulation Sciences and Informational Biology, Ochanomizu University) ,  Segawa Takahiro (Center for Life Science Research, University of Yamanashi) ,  Ishii Satoshi (Department of Soil, Water and Climate, University of Minnesota) ,  Hatamoto Masashi (Department of Environmental Systems Engineering, Nagaoka University of Technology) ,  Yamaguchi Takashi (Department of Science of Technology Innovation, Nagaoka University of Technology) ,  Kubota Kengo (Department of Civil and Environmental Engineering, Tohoku University) ,  Iguchi Akinori (Faculty of Applied Life Sciences, Niigata University of Pharmacy and Applied Life Sciences) ,  Tagawa Tadashi (Department of Civil Engineering, National Institute of Technology) ,  Okubo Tsutomu (Department of Civil Engineering, National Institute of Technology) ,  Uemura Shigeki (Department of Civil Engineering, National Institute of Technology) ,  Harada Hideki (New Industry Creation Hatchery Center, Tohoku University) ,  Kobayashi Naohiro (Department of Civil Engineering, National Institute of Technology) ,  Araki Nobuo (Department of Civil Engineering, National Institute of Technology) ,  Sano Daisuke (Department of Civil and Environmental Engineering, Tohoku University)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 9  ページ： 830  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒトおよび環境試料における病原性RNAウイルスの検出および遺伝子タイピングは,これらの病原体の循環および罹患率の監視に有用であり,一方,従来のPCRアッセイとそれに続くSanger配列決定は,時間がかかり労力がかかる。本研究は,11人のヒトRNAウイルスのハイスループット検出と遺伝子タイピングツールを開発することを目的とした。すなわち,astroウイルス,エンテロウイルス,ノロウイルス,GII,およびGIV,E型肝炎ウイルス,ロタウイルス,サポウイルス,およびヒトのパレコウイルスのマイクロ流体デバイスと次世代sequサーを用いた。マイクロ流体ネステッドPCRを48.48のアクセスアレイチップ上で行い,アンプリコンを回収し,MiSeq配列決定(Illina,東京,日本)に使用した。遺伝子タイピングは,得られた配列読み取りの相同性検索と系統発生分析によって行われた。試験した11種のウイルスの検出限界は10~0~10~3コピー/μLの範囲で,10~1~10~4コピー/mL-下水,10~5~10~8コピー/g-ヒト糞便,10~2~10~5コピー/g-消化組織であった。開発したアッセイは,ヒト糞便,下水及び人工汚染カキの試料に対するRNAウイルスの同時検出及び遺伝子タイピングに成功裏に適用された。マイクロ流体ネステッドPCRとそれに続くMiSeq配列決定は,ヒト集団におけるヒト病原性RNAウイルスの循環のより良い理解に必須である様々な環境における複数のRNAウイルスの運命の効率的追跡を可能にする。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNAウイルス ,  病原体 ,  *PCR法 ,  *病原性 ,  日本 ,  *ヒト ,  ロタウイルス ,  *下水 ,  環境試料 ,  エンテロウイルス ,  検出限界 ,  ノロウイルス ,  パレコウイルス ,  サポウイルス ,  *アンプリコン ,  *微生物 ,  動物ウイルス

著者キーワード (7件)： ヒト病原性ウイルス ,  ハイスループット検出と遺伝子タイピング ,  マイクロ流体PCR ,  MISEQシークエンシング ,  下水 ,  ヒト糞便 ,  カキ

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (12件)： ヒト ,  糞便 ,  下水 ,  カキ ,  病原性 ,  RNAウイルス ,  高スループット ,  遺伝子型決定 ,  マイクロ ,  流体 ,  PCR増幅 ,  アンプリコン