文献

J-GLOBAL ID：201802280557991799   整理番号：18A0786090

26種集団の構成を再構築するための真菌ITS1ディープシークエンシング戦略と健常日本人の腸内菌相の評価【JST・京大機械翻訳】

Fungal ITS1 Deep-Sequencing Strategies to Reconstruct the Composition of a 26-Species Community and Evaluation of the Gut Mycobiota of Healthy Japanese Individuals

著者 (19件)： Motooka Daisuke (Department of Infection Metagenomics, Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University) ,  Fujimoto Kosuke (Laboratory of Immune Regulation, Department of Microbiology and Immunology, Graduate School of Medicine, WPI Immunology Frontier Research Center, Osaka University) ,  Fujimoto Kosuke (Department of Respiratory Medicine, Allergy and Rheumatic Diseases, Graduate School of Medicine, Osaka University) ,  Tanaka Reiko (Division of Bio-resources, Medical Mycology Research Center, Chiba University) ,  Yaguchi Takashi (Division of Bio-resources, Medical Mycology Research Center, Chiba University) ,  Gotoh Kazuyoshi (Department of Infection Metagenomics, Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University) ,  Gotoh Kazuyoshi (Department of Bacteriology, Graduate School of Medicine, Dentistry and Pharmaceutical Sciences, Okayama University) ,  Maeda Yuichi (Laboratory of Immune Regulation, Department of Microbiology and Immunology, Graduate School of Medicine, WPI Immunology Frontier Research Center, Osaka University) ,  Maeda Yuichi (Department of Respiratory Medicine, Allergy and Rheumatic Diseases, Graduate School of Medicine, Osaka University) ,  Furuta Yoki (Laboratory of Immune Regulation, Department of Microbiology and Immunology, Graduate School of Medicine, WPI Immunology Frontier Research Center, Osaka University) ,  Kurakawa Takashi (Laboratory of Immune Regulation, Department of Microbiology and Immunology, Graduate School of Medicine, WPI Immunology Frontier Research Center, Osaka University) ,  Goto Naohisa (Department of Infection Metagenomics, Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University) ,  Yasunaga Teruo (Department of Infection Metagenomics, Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University) ,  Narazaki Masashi (Department of Respiratory Medicine, Allergy and Rheumatic Diseases, Graduate School of Medicine, Osaka University) ,  Kumanogoh Atsushi (Department of Respiratory Medicine, Allergy and Rheumatic Diseases, Graduate School of Medicine, Osaka University) ,  Horii Toshihiro (Department of Infection Metagenomics, Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University) ,  Iida Tetsuya (Department of Infection Metagenomics, Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University) ,  Takeda Kiyoshi (Laboratory of Immune Regulation, Department of Microbiology and Immunology, Graduate School of Medicine, WPI Immunology Frontier Research Center, Osaka University) ,  Nakamura Shota (Department of Infection Metagenomics, Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 8  ページ： 238  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物相の研究は,細菌の微生物研究のそれらと比較して,十分な利用可能な参照株とデータベースの欠如のために,比較的調査されていない。内部転写空間(ITS)領域の深い配列決定は,真菌多様性分析のためのde faco標準である。しかし,ITS領域における広範囲の配列長と高スループット配列(HTS)技術の複雑さのために,結果はしばしばバイアスされる。本研究では,カーレーションITSデータベース,ntF-ITS1を構築した。このデータベースは菌類群集メンバーの分類学的帰属に利用できる。著者らは,このデータベースを用いてミコビオーム分析の戦略の有効性を評価し,3つのHTSプラットフォーム:Illina MiSeq(MiSeq),Ion Torrent Personal Genome Machine(IonPGM),および太平洋生物科学(PacBio)によるITS1配列決定を用いて26種から成るモック菌類群集を特性化した。著者らの評価により,8つ以上の完全パスを持つPacBioの円形コンセンサス配列決定は,モックコミュニティの構成を最も正確に再構成することを示した。この戦略を用いて,健康な日本人における腸の菌類相の深い配列解析により,Candida albicansまたはSaccharomyces cerevisiaeから成る単一種型と多種型の2つの主要な菌類生物相タイプを明らかにした。本研究では,3つの配列決定プラットフォームに対する最良の可能性のある処理戦略を提案し,その中でPacBioプラットフォームが菌類群集の最も正確な推定を可能にした。ここで述べたデータベースと方法論は,ミコビオーム研究の新興分野に対する重要なツールを提供する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： マイクロバイオーム ,  *日本 ,  鵞口瘡カンジダ ,  細菌 ,  Saccharomyces cerevisiae ,  生物相 ,  データベース ,  *再構成 ,  キャラクタリゼーション ,  コンセンサス配列 ,  ITS領域 ,  *日本人 ,  *ITS1 ,  *菌類 ,  *微生物 ,  酵母 ,  不完全菌類 ,  不完全酵母菌類 ,  子嚢菌類酵母
準シソーラス用語： *真菌類 ,  ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 生物相 ,  真菌 ,  内部転写スペーサー(ITS) ,  ハイスループットシークエンシング(HTS) ,  日本における腸内菌相

分類 (5件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  微生物生理一般  (EG03051L) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

タイトルに関連する用語 (10件)： 集団 ,  再構築 ,  真菌 ,  ITS1 ,  ディープシークエンシング ,  戦略 ,  日本人 ,  腸 ,  菌 ,  評価