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J-GLOBAL ID：201902216146339474   整理番号：19A1818173

標的SSR-seq キュウリ品種の遺伝分析における完全SSRと関連する新規SSR遺伝子型決定技術【JST・京大機械翻訳】

Target SSR-Seq: A Novel SSR Genotyping Technology Associate With Perfect SSRs in Genetic Analysis of Cucumber Varieties

著者 (19件)： Yang Jingjing (Beijing Vegetable Research Center (BVRC), Beijing Academy of Agricultural and Forestry Sciences, National Engineering Research Center for Vegetables, Beijing, China) ,  Yang Jingjing (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement, Beijing, China) ,  Zhang Jian (Beijing Vegetable Research Center (BVRC), Beijing Academy of Agricultural and Forestry Sciences, National Engineering Research Center for Vegetables, Beijing, China) ,  Zhang Jian (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement, Beijing, China) ,  Han Ruixi (Development Center of Science and Technology, Ministry of Agriculture and Rural Affairs of the People’s Republic of China, Beijing, China) ,  Zhang Feng (Beijing Vegetable Research Center (BVRC), Beijing Academy of Agricultural and Forestry Sciences, National Engineering Research Center for Vegetables, Beijing, China) ,  Zhang Feng (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement, Beijing, China) ,  Mao Aijun (Beijing Vegetable Research Center (BVRC), Beijing Academy of Agricultural and Forestry Sciences, National Engineering Research Center for Vegetables, Beijing, China) ,  Mao Aijun (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement, Beijing, China) ,  Luo Jiang (Beijing Vegetable Research Center (BVRC), Beijing Academy of Agricultural and Forestry Sciences, National Engineering Research Center for Vegetables, Beijing, China) ,  Luo Jiang (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement, Beijing, China) ,  Dong Bobo (Beijing Vegetable Research Center (BVRC), Beijing Academy of Agricultural and Forestry Sciences, National Engineering Research Center for Vegetables, Beijing, China) ,  Dong Bobo (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement, Beijing, China) ,  Liu Hui (Beijing Vegetable Research Center (BVRC), Beijing Academy of Agricultural and Forestry Sciences, National Engineering Research Center for Vegetables, Beijing, China) ,  Liu Hui (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement, Beijing, China) ,  Tang Hao (Development Center of Science and Technology, Ministry of Agriculture and Rural Affairs of the People’s Republic of China, Beijing, China) ,  Zhang Jianan (Molbreeding Biotechnology Company, Shijiazhuang, China) ,  Wen Changlong (Beijing Vegetable Research Center (BVRC), Beijing Academy of Agricultural and Forestry Sciences, National Engineering Research Center for Vegetables, Beijing, China) ,  Wen Changlong (Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasm Improvement, Beijing, China)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 10  ページ： 531  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロサテライトとして知られている単純配列反復(SSR)も,遺伝子解析,微細マッピング,量的形質遺伝子座(QTL)マッピング,ならびにマーカー支援選択(MAS)育種および他の技術において広範囲に使用されている。安定したモチーフとフランキング配列を持つ完全なSSRが遺伝的研究に対してより効率的であることを報告する多くの研究にもかかわらず,SSR遺伝子タイピングのためのハイスループット技術の欠如は多くの作物における遺伝的標的としての利用を制限している。本研究では,完全SSRの多重増幅を高スループット配列と組み合わせたTarget SSR-seqと呼ばれる技術を開発した。この方法は,高スループット配列決定により得られる実質的な被覆率により,非常に正確な結果をもつ数百の試料において多くのSSR遺伝子座を遺伝子型にすることができる。また,キュウリにおける182の再配列データセットに基づいて844の完全なSSRを検出し,そのうち91のSSRを標的SSR-seqに対して選択した。最終的に,品種同定のための31のSSRを含む122のSSRを,著者らの目標SSR-seq法を用いて,中国の市場で容易に利用できる遺伝子型382のキーキュウリ品種に使用した。PCR産物のライブラリーを構築し,Illina HiSeqX Tenプラットフォーム上で配列決定した。バイオインフォマティクス分析により,111の濾過したSSRは,非常に低いコストで1289×の平均被覆率で正確に遺伝子型決定されることが明らかになった。さらに,398の対立遺伝子が382のキュウリ栽培品種で観察された。遺伝子解析により,北部中国型,南部中国型,ヨーロッパ型,およびXishuangbanna型の4つの個体群を同定した。さらに,著者らは,382のキュウリ品種の同定のために16のコアSSRのセットを得て,そのうちの42をバックボーンキュウリ品種として分離した。本研究は,標的SSR-seqが遺伝的研究のための新規で効率的な方法であることを示した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 個体群 ,  *品種 ,  *遺伝子型 ,  対立遺伝子 ,  マイクロサテライト ,  育種 ,  *キュウリ ,  *遺伝 ,  多重化 ,  ヨーロッパ ,  栽培品種
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  再配列 ,  ハイスループット ,  *遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 単純配列反復 ,  ターゲットSSR-seq ,  キュウリ ,  遺伝的多様性 ,  DNAフィンガープリント

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (48件)：

• Bo K., Ma Z., Chen J., Weng Y. (2015). Molecular mapping reveals structural rearrangements and quantitative trait loci underlying traits with local adaptation in semi-wild Xishuangbanna cucumber (Cucumis sativus L. var. xishuangbannanesis Qi et Yuan). Theor. Appl. Genet. 128 25-39. doi: 10.1007/s00122-014-2410-z
• Bolger A. M., Marc L., Bjoern U. (2014). Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 30 2114-2120. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170
• Botstein D., White R. L., Skolnick M., Davis R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am. J. Hum. Genet. 32 314-331. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170
• Campbell N. R., Harmon S. A., Narum S. R. (2015). Genotyping-in-thousands by sequencing (GT-seq): a cost effective SNP genotyping method based on custom amplicon sequencing. Mol. Ecol. Resour. 15 855-867. doi: 10.1111/1755-0998.12357
• Costello M., Fleharty M., Abreu J., Farjoun Y., Ferriera S., Holmes L., et al (2018). Characterization and remediation of sample index swaps by non-redundant dual indexing on massively parallel sequencing platforms. BMC Genomics 19:332. doi: 10.1186/s12864-018-4703-0

タイトルに関連する用語 (6件)： 標的 ,  SSR ,  キュウリ ,  品種 ,  遺伝分析 ,  遺伝子型決定