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J-GLOBAL ID：201902258047751965   整理番号：19A1528535

マイクロアレイによるホモ接合性検出のコピー数変異と実行は11,020臨床エクソーム症例におけるより正確な分子診断を可能にする【JST・京大機械翻訳】

Copy number variant and runs of homozygosity detection by microarrays enabled more precise molecular diagnoses in 11,020 clinical exome cases

著者 (60件)： Dharmadhikari Avinash V. (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Ghosh Rajarshi (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Yuan Bo (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Yuan Bo (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Liu Pengfei (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Liu Pengfei (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Dai Hongzheng (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Dai Hongzheng (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Masri Sami Al (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Scull Jennifer (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Scull Jennifer (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Posey Jennifer E. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Jiang Allen H. (Glenda Dawson High School, Pearland, USA) ,  He Weimin (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Vetrini Francesco (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Braxton Alicia A. (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Braxton Alicia A. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Ward Patricia (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Ward Patricia (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Chiang Theodore (Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Qu Chunjing (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Gu Shen (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Shaw Chad A. (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Shaw Chad A. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Smith Janice L. (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Smith Janice L. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Lalani Seema (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Lalani Seema (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Stankiewicz Pawel (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Stankiewicz Pawel (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Cheung Sau-Wai (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Cheung Sau-Wai (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Bacino Carlos A. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Bacino Carlos A. (Texas Children’s Hospital, Houston, USA) ,  Patel Ankita (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Patel Ankita (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Breman Amy M. (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Breman Amy M. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Wang Xia (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Wang Xia (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Meng Linyan (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Meng Linyan (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Xiao Rui (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Xiao Rui (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Xia Fan (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Xia Fan (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Muzny Donna (Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Gibbs Richard A. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Gibbs Richard A. (Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Beaudet Arthur L. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Eng Christine M. (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Eng Christine M. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Lupski James R. (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Lupski James R. (Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Lupski James R. (Department of Pediatrics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Lupski James R. (Texas Children’s Hospital, Houston, USA) ,  Yang Yaping (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Yang Yaping (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  Bi Weimin (Baylor Genetics Laboratories, Houston, USA) ,  Bi Weimin (Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, USA)
資料名： Genome Medicine (Web)  (Genome Medicine (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 30  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7320A  ISSN： 1756-994X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： エキソソーム配列決定(ES)は,単一ヌクレオチド変異体(SNVs)および小インデルの臨床検出に成功裏に適用されている。しかしながら,ESデータを用いたコピー数変異体(CNVs)の同定は困難なままである。本研究の目的は,ESに関する患者の分子診断におけるCNVsの寄与とホモ接合性(ROH)のコピー中性ランを理解することである。11,020名の連続ES患者のコホートにおいて,主にコード化SNPを調べるIllumina SNPアレイ解析を,品質管理(QC)測定とCNV/ROH検出のために実施した。これらの患者の間で,臨床的染色体マイクロアレイ分析(CMA)を,32人の患者のBaylor Genetics(BG)において,同時にESの前,または後に行った。CMAとQCアレイからの知見を遡及的に分析した。QCアレイは,CMAによって検出可能な病原性/病原性CNVs(PCNVs)の約70%を検出することができる。11,020ES症例のうち,QCアレイは327名の患者においてPCNVsを同定し,10名の患者において一親性二染色体(UPD)障害関連ROHを同定した。全体のPCNV/UPD検出率は,BGでCMAを有する3229人のES患者において5.9%であった。PCNV/UPD検出率は,以前のCMA(7.2%対4.6%)を有するESよりもESとCMAの同時発生において高かった。PCNVs/UPDは,CMAを伴う分子診断ES症例の17.4%(189/1089)における分子診断に寄与し,すべての分子診断ES症例の10.6%に寄与すると推定された。PCNVsとSNVsの両方による二重診断は,38人の患者で検出された。SNVsを有する化合物ヘテロ接合状態における単一劣性障害遺伝子に影響を及ぼすPCNVsは4名の患者で検出され,ホモ接合性欠失(大部分はエキソン欠失)が17名の患者で検出された。症候性表現型および/または心血管異常を有する患者に対して,より高いPCNV検出率が観察された。我々の臨床ゲノミクス研究は,QCアレイまたはCMAを介したPCNV/UPDの検出がES診断率を増加させ,優性および劣性形質に対するより正確な分子診断を提供し,二重または複数の分子診断を有する患者においてより完全な遺伝子診断を可能にすることを示す。疾患遺伝子に対するエキソン被覆を有するアレイを用いた同時ESおよびCMAは,CNVsおよびSNVsの両方の最も効果的な検出を可能にし,従って,特に時間感受性臨床状況において推奨される。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *変異 ,  *コピー数 ,  遺伝子 ,  病原性 ,  優性 ,  感受性 ,  劣性 ,  ヘテロ接合 ,  染色体 ,  母集団
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  エキソソーム ,  *分子診断 ,  *エクソーム ,  *マイクロアレイ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： エクソーム配列決定 ,  マイクロアレイ ,  構造変化 ,  片親ダイソミー ,  ROH ,  二重分子診断 ,  AR障害におけるエキソンCNV

分類 (4件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  精神障害  (GR03000A)

引用文献 (46件)：

• Nat Rev Genet; Mechanisms underlying structural variant formation in genomic disorders; CM Carvalho, JR Lupski; 17; 2016; 224-238; 10.1038/nrg.2015.25; citation_id=CR1
• Nat Genet; A copy number variation morbidity map of developmental delay; GM Cooper, BP Coe, S Girirajan, JA Rosenfeld, TH Vu, C Baker; 43; 2011; 838-846; 10.1038/ng.909; citation_id=CR2
• Clin Genet; Genomic disorders 20 years on-mechanisms for clinical manifestations; T Harel, JR Lupski; 93; 2018; 439-449; 10.1111/cge.13146; citation_id=CR3
• Trends Genet; Genomic disorders: structural features of the genome can lead to DNA rearrangements and human disease traits; JR Lupski; 14; 1998; 417-422; 10.1016/S0168-9525(98)01555-8; citation_id=CR4
• Annu Rev Med; Structural variation in the human genome and its role in disease; P Stankiewicz, JR Lupski; 61; 2010; 437-455; 10.1146/annurev-med-100708-204735; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (8件)： マイクロアレイ ,  ホモ接合性 ,  コピー数 ,  変異 ,  臨床 ,  エクソーム ,  症例 ,  分子診断