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J-GLOBAL ID：201902287997772846   整理番号：19A1273983

巨大なパンpandウイルスに対する大規模なオープンゲノムおよび小コアゲノム【JST・京大機械翻訳】

A Large Open Pangenome and a Small Core Genome for Giant Pandoraviruses

著者 (12件)： Aherfi Sarah (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France) ,  Andreani Julien (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France) ,  Baptiste Emeline (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France) ,  Oumessoum Amina (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France) ,  Dornas Fabio P. (Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciencias Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil) ,  Andrade Ana Claudia dos S. P. (Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciencias Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil) ,  Chabriere Eric (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France) ,  Abrahao Jonatas (Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciencias Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil) ,  Levasseur Anthony (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France) ,  Raoult Didier (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France) ,  La Scola Bernard (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France) ,  Colson Philippe (Microbes Evolution Phylogenie et Infections (MEφI), Institut Hospitalo-Universitaire Mediterranee Infection, Assistance Publique - Hopitaux de Marseille, Institut de Recherche pour le Developpement, Aix-Marseille Universite, Marseille, France)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 9  ページ： 1486  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アメーバの巨大ウイルスはそれらのビリオンとゲノムの巨大サイズにより古典的ウイルスと異なる。Pandoravirusはゲノムのサイズと予測された遺伝子の数における記録ホルダーである。P.salinus,P.dulcis,P.inopinatumの3株を報告した。ブラジルで収集された環境試料から,3つの新しいもの,すなわち,P.macroliensis,P.braziliensis,P.pampulhaを分離した。ここでは,それらのゲノム,P.macroliensisのトランスクリプトームとプロテオーム,および6つのpandoravirus分離株を含むグループのパンゲノムについて述べる。ゲノム配列決定はIllina MiSeq装置で行った。ゲノムアノテーションをGeneMarkSとProdigalソフトウェアおよび比較ゲノム解析を用いて行った。コアゲノムおよびパンゲノムを,特にProteinOrthoおよびCD-HITプログラムを用いて決定した。トランスクリプトームは,Illumina MiSeq装置を用いてP.macroliensisに対して行われた。このウイルスについて,1D/2Dゲル電気泳動と質量分析を用いて,Synapt G2Si Q-TOF進行波移動度分光計を用いて,プロテオミクスも行った。3つの新しいpandoravirusのゲノムは1.6と1.8Mbpの間で構成されている。P.macroliensis,P.pampulhaおよびP.braziliensisのゲノムは,それぞれ1,414,2,368および2,696の遺伝子を持つと予測された。これらの遺伝子はORFの67%まで構成されている。系統学的分析は,P.macroliensisとP.braziliensisが他のpandoravirusより互いに密接に関連していることを示した。pandoravirusのコアゲノムは遺伝子の352のクラスタから成り,比率コアゲノム/パンゲノムは0.05未満である。消光曲線は,パンゲノムがまだ開いていることを明確に示した。P.macroliensisの遺伝子含量の4分の1はトランスクリプトームにより検出された。さらに,全部で162のオープンリーディングフレームのための製品を,28のORF,99の仮想蛋白質,および90のコア遺伝子の生成物を含むP.macroliensisビリオンのプロテオミック分析によって見つけた。更なる分析は,これらのジャイアントパンダの進化と起源のより良い知識と理解,およびウイルスと細胞微生物とのそれらの関係を得ることを可能にするはずである。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： トランスクリプトーム ,  クラスタ ,  二次元 ,  アノテーション ,  プロテオミクス ,  タンパク質 ,  ゲル電気泳動 ,  遺伝子 ,  プロテオーム ,  ビリオン ,  *ゲノム ,  ブラジル連邦共和国 ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： オープンリーディングフレーム ,  ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： pandウイルス ,  巨大ウイルス ,  Megavirales ,  パンゲノム ,  コアゲノム

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

引用文献 (49件)：

• Anders S., Pyl P. T., Huber W. (2015). HTSeq-a Python framework to work with high-throughput sequencing data. Bioinformatics 31 166-169. doi: 10.1093/bioinformatics/btu638
• Andrade A. C. D. S. P., Arantes T. S., Rodrigues R. A. L., Machado T. B., Dornas F. P., Landell M. F., et al (2018). Ubiquitous giants: a plethora of giant viruses found in Brazil and Antarctica. Virol. J. 15:22. doi: 10.1186/s12985-018-0930-x
• Andreani J., Aherfi S., Bou Khalil J. Y., Di Pinto F., Bitam I., Raoult D., et al (2016). Cedratvirus, a double-cork structured giant virus, is a distant relative of pithoviruses. Viruses 8:E300. doi: 10.3390/v8110300
• Andreani J., Khalil J. Y. B., Sevvana M., Benamar S., Di Pinto F., Bitam I., et al (2017). Pacmanvirus, a new giant icosahedral virus at the crossroads between Asfarviridae and faustoviruses. J. Virol. 91:e00212-17. doi: 10.1128/JVI.00212-17
• Assis F. L., Franco-Luiz A. P. M., Dos Santos R. N., Campos F. S., Dornas F. P., Borato P. V. M., et al (2017). Genome characterization of the first mimiviruses of lineage C isolated in Brazil. Front. Microbiol. 8:2562. doi: 10.3389/fmicb.2017.02562

タイトルに関連する用語 (5件)： パン ,  ウイルス ,  大規模 ,  ゲノム ,  コア