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J-GLOBAL ID：202002254730693735   整理番号：20A2015950

ミスマッチ修復遺伝子配列変異体解釈へのmRNAスプライシングの寄与【JST・京大機械翻訳】

Contribution of mRNA Splicing to Mismatch Repair Gene Sequence Variant Interpretation

著者 (12件)： Thompson Bryony A. (Department of Pathology, The Royal Melbourne Hospital, Melbourne, VIC, Australia) ,  Thompson Bryony A. (Department of Clinical Pathology, The University of Melbourne, Melbourne, VIC, Australia) ,  Walters Rhiannon (Genetics and Computational Biology Department, QIMR Berghofer Medical Research Institute, Brisbane, QLD, Australia) ,  Parsons Michael T. (Genetics and Computational Biology Department, QIMR Berghofer Medical Research Institute, Brisbane, QLD, Australia) ,  Dumenil Troy (Genetics and Computational Biology Department, QIMR Berghofer Medical Research Institute, Brisbane, QLD, Australia) ,  Drost Mark (Department of Human Genetics, Leiden University Medical Center, Leiden, Netherlands) ,  Tiersma Yvonne (Department of Human Genetics, Leiden University Medical Center, Leiden, Netherlands) ,  Lindor Noralane M. (Department of Health Sciences Research, Mayo Clinic, Scottsdale, AZ, United States) ,  Tavtigian Sean V. (Department of Oncological Sciences, University of Utah School of Medicine, Salt Lake City, UT, United States) ,  de Wind Niels (Department of Human Genetics, Leiden University Medical Center, Leiden, Netherlands) ,  Spurdle Amanda B. (Genetics and Computational Biology Department, QIMR Berghofer Medical Research Institute, Brisbane, QLD, Australia) ,  the InSiGHT Variant Interpretation Committee
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 798  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： mRNAスプライシングを評価する機能的分析は,Lynch症候群関連ミスマッチ修復(MMR)遺伝子を含む配列変異体の臨床的意義の解釈に使用できる。本研究の目的は,MMR遺伝子配列変異体の分類に対するスプライシングアッセイデータの寄与を調べることであった。無細胞in vitro MMR活性(CIMRA)アッセイを用いて評価した12のミスセンス変異体を含むMLH1,MSH2及びMSH6における24配列変異体のmRNAスプライシングを分析した。CIMRA出力と利用可能な臨床データを組み合わせて,各変異体に対して多因子尤度解析を行った。これらの結果を既存の公開データと照合し,合計671MMR遺伝子配列変異体(328ミスセンス/インフレームインデル)に対するスプライシングアッセイ結果のデータセットを提供し,これらの変異体の154に対する公表及び非公表修復活性測定を示した。スプライシング異常が検出された241の変異体があった:92の完全な衝撃,33の不完全な影響,および116が完全な対不完全なスプライシング影響を決定するのは不可能であった。スプライシング結果は,イントロン(72%)およびサイレント(92%)変異体の解釈に多く支援され,ミスセンス置換/インフレームインデル(10%)に対して最小であった。MMR蛋白質機能活性アッセイは,これらのエキソン変異体の分析においてより有用であったが,設計によって,それらは平行mRNAアッセイによって同定された臨床的に重要なスプライシング異常を検出することができなかった。平行してmRNA転写物発現と蛋白質機能への影響を定量的に評価できるハイスループットアッセイの開発は,MMR遺伝子配列変異体の分類を合理化する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 衝撃 ,  合理化 ,  *mRNA ,  *遺伝子 ,  機能分析 ,  イントロン ,  in vitro実験 ,  ミスセンス突然変異 ,  *ミスマッチ修復
準シソーラス用語： 臨床データ ,  ハイスループット ,  *遺伝子配列 ,  MutSホモログ2蛋白質 ,  蛋白質機能 ,  *配列突然変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ミスマッチ修復遺伝子 ,  スプライシング異常 ,  変異体解釈と分類 ,  異型型 ,  Lynch症候群 ,  mRNAスプライシング

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  消化器の腫よう  (GH04000D)

引用文献 (29件)：

• Abou Tayoun A. N., Pesaran T., DiStefano M. T., Oza A., Rehm H. L., Biesecker L. G., et al (2018). Recommendations for interpreting the loss of function PVS1 ACMG/AMP variant criterion. Hum. Mutat. 39 1517-1524. doi: 10.1002/humu.23626
• Blomen V. A., Májek P., Jae L. T., Bigenzahn J. W., Nieuwenhuis J., Staring J., et al (2015). Gene essentiality and synthetic lethality in haploid human cells. Science 350 1092-1096. doi: 10.1126/science.aac7557
• Brnich S. E., Abou Tayoun A. N., Couch F. J., Cutting G. R., Greenblatt M. S., Heinen C. D., et al (2019). Recommendations for application of the functional evidence PS3/BS3 criterion using the ACMG/AMP sequence variant interpretation framework. Genome Med. 12:3. doi: 10.1126/science.aac7557
• Buchanan D. D., Tan Y. Y., Walsh M. D., Clendenning M., Metcalf A. M., Ferguson K., et al (2014). Tumor mismatch repair immunohistochemistry and DNA MLH1 methylation testing of patients with endometrial cancer diagnosed at age younger than 60 years optimizes triage for population-level germline mismatch repair gene mutation testing. J. Clin. Oncol. 32 90-100. doi: 10.1200/JCO.2013.51.2129
• Cartegni L., Chew S. L., Krainer A. R. (2002). Listening to silence and understanding nonsense: exonic mutations that affect splicing. Nat. Rev. Genet. 3 285-298. doi: 10.1038/nrg775

タイトルに関連する用語 (3件)： ミスマッチ修復遺伝子 ,  変異体 ,  mRNAスプライシング