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J-GLOBAL ID：202002262069911902   整理番号：20A2696301

宿主特異的ゲノム隔離なしの腸内共生細菌Limosilobacillus reuteriのメタゲノム関連解析【JST・京大機械翻訳】

Metagenomic Association Analysis of Gut Symbiont Limosilactobacillus reuteri Without Host-Specific Genome Isolation

著者 (8件)： Park Sein (Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Park Sein (Institute of Molecular Biology and Genetics, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Steinegger Martin (Institute of Molecular Biology and Genetics, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Steinegger Martin (School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Cho Ho-Seong (Laboratory of Swine Diseases, College of Veterinary Medicine and Bio-Safety Research Institute, Jeonbuk National University, Iksan, South Korea) ,  Chun Jongsik (Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Chun Jongsik (Institute of Molecular Biology and Genetics, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Chun Jongsik (School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 585622  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Limosilacobacillus reuteriは腸共生生物の宿主適応に関する研究において脊椎動物の腸をコロニー化するモデル共生生物である。以前の研究は,ゲノム配列を単離することによって,宿主特異的系統発生および機能特性を研究してきた。ゲノム分離へのこの依存性は重要なボトルネックである。ここでは,パンゲノムを用いた菌株分離なしにメタゲノム読取から直接L.reuteriとその宿主間の会合を研究するための方法を提案した。以前に研究された生物(マウスとブタ)だけでなくイヌにおいても,メタゲノム試料中のL.reuteriの宿主特異性を特性化した。各サンプルについて,2種類のプロファイルを生成した。(1)ゲノムに基づく菌株タイプ豊度プロファイルと(2)遺伝子組成プロファイル。このプロファイルは,宿主特異的ゲノム分離に依存して,系統発生および機能的側面の両方でL.reuteriの宿主会合を示した。宿主特異的系統の存在だけでなく,異なる宿主に関連した優性系統も観察した。さらに,メタゲノム集合ゲノムがL.reuteriの宿主特異性に詳細な洞察を提供することを示した。メタゲノム集合ゲノムを系統樹に配置し,既存の汎ゲノムデータベースで注釈されない新規宿主特異的遺伝子を同定したことにより,メタゲノム試料中の宿主会合性L.reuteri株の進化的軌跡を推測した。著者らの汎ゲノムアプローチは,マウスおよびブタにおける以前の宿主会合所見と一貫した結果を生み出しながら,時間消費および高価な宿主特異的ゲノム分離の必要性を低減する。さらに,イヌではまだ研究されていない関連を予測した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  遺伝子 ,  脊椎動物 ,  系統樹 ,  系統発生 ,  *ゲノム ,  コロニー ,  優性 ,  キャラクタリゼーション ,  単離
準シソーラス用語： 宿主特異性 ,  ゲノム配列 ,  *メタゲノム ,  共生生物 ,  ゲノムデータベース , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Limosilobacillus reuteri ,  メタゲノム ,  パンゲノム ,  宿主特異性 ,  宿主-共生体相互作用

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  異種生物間相互作用  (EE01050A)

引用文献 (43件)：

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• CoelhoL. P.KultimaJ. R.CosteaP. I.FournierC.PanY.Czarnecki-MauldenG. (2018). Similarity of the dog and human gut microbiomes in gene content and response to diet. Microbiome 6:72. doi: 10.1186/s40168-018-0450-3 29669589

タイトルに関連する用語 (7件)： 宿主 ,  ゲノム ,  隔離 ,  腸 ,  共生細菌 ,  メタゲノム ,  関連解析