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J-GLOBAL ID：202102262946131637   整理番号：21A0017685

複雑な混合母集団における試験へのRF混合とADMIXTUの付与【JST・京大機械翻訳】

Putting RFMix and ADMIXTURE to the test in a complex admixed population

著者 (3件)： Uren Caitlin (DSI-NRF Centre of Excellence for Biomedical Tuberculosis Research, South African Medical Research Council Centre for Tuberculosis Research, Division of Molecular Biology and Human Genetics, Faculty of Medicine and Health Sciences, Stellenbosch University, Cape Town, South Africa) ,  Hoal Eileen G. (DSI-NRF Centre of Excellence for Biomedical Tuberculosis Research, South African Medical Research Council Centre for Tuberculosis Research, Division of Molecular Biology and Human Genetics, Faculty of Medicine and Health Sciences, Stellenbosch University, Cape Town, South Africa) ,  Moller Marlo (DSI-NRF Centre of Excellence for Biomedical Tuberculosis Research, South African Medical Research Council Centre for Tuberculosis Research, Division of Molecular Biology and Human Genetics, Faculty of Medicine and Health Sciences, Stellenbosch University, Cape Town, South Africa)
資料名： BMC Genetics (Web)  (BMC Genetics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-8  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7366A  ISSN： 1471-2156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 個別アルゴリズムを実行する計算ツールを用いて,混合人間集団における大域的および局所的祖先推定を行うことができる。これらのツールの開発および得られた精度は,比較的直接的な混合履歴を有する個体群について主にテストされてきたが,より複雑な混合シナリオにおいて,それらがいかに良好に機能するかについては殆ど知られていない。シミュレーションを用いて,RFMixは,複雑な5方向混合母集団においてさえ,グローバル祖先比率を決定する際にADMIXTUREを凌駕し,さらに,89%の精度で局所祖先を割り当てることを示した。RFMixは,特に混合集団において,グローバルおよび局所的祖先を高精度に決定する能力は,より正確な関連解析の機会を提供する。本研究は,多様な世界規模の集団のサンプリングを拡大する必要性と同様に,遺伝的に構造化された個体群とより両立する計算ツールの拡張の有用性を強調する。これは,現代の社会がますます遺伝的に複雑になっており,いくつかの遺伝的ツールと一般的に使用される祖先集団がそれほど適切でないので特に注目すべきである。これらの洞窟とここで示した結果に基づいて,RFMixは,特に関連研究におけるこれらの推定を含むとき,世界規模の複雑な混合シナリオにおけるグローバルおよび局所的祖先推定の両方に使用されることを示唆する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  遺伝 ,  洞窟 ,  個体群 ,  *母集団
準シソーラス用語： 関連解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 南アフリカ ,  局所祖先推論 ,  集団遺伝学 ,  RF混合 ,  混和

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  集団遺伝学  (EC01040J)

引用文献 (29件)：

• Nature; An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes; GR Abecasis, A Auton, LD Brooks, MA DePristo, RM Durbin; 491; 7422; 2012; 56-65; 10.1038/nature11632; citation_id=CR1
• Nature.; The African genome variation project shapes medical genetics in Africa; D Gurdasani, T Carstensen, F Tekola-Ayele, L Pagani, I Tachmazidou, K Hatzikotoulas; 517; 7534; 2015; 327-332; 10.1038/nature13997; citation_id=CR2
• Genetics.; Fine-scale human population structure in southern Africa reflects Ecogeographic boundaries; C Uren, M Kim, AR Martin, D Bobo, CR Gignoux, PD Helden; 204; 1; 2016; 303-314; 10.1534/genetics.116.187369; citation_id=CR3
• Proc Natl Acad Sci U S A; Hunter-gatherer genomic diversity suggests a southern African origin for modern humans; BM Henn, CR Gignoux, M Jobin, JM Granka, JM Macpherson, JM Kidd; 108; 13; 2011; 5154-5162; 10.1073/pnas.1017511108; citation_id=CR4
• PLoS Genet; Complex patterns of genomic admixture within southern Africa; DC Petersen, O Libiger, EA Tindall, R-A Hardie, LI Hannick, RH Glashoff; 9; 3; 2013; e1003309; 10.1371/journal.pgen.1003309; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (3件)： 母集団 ,  試験 ,  RF