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J-GLOBAL ID：200901023254452503   Update date: Apr. 02, 2025

Shigi Naoki

シギ ナオキ | Shigi Naoki
Affiliation and department：
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology

About National Institute of Advanced Industrial Science and Technology


Other affiliations (1)：
Homepage URL  (1)： https://unit.aist.go.jp/cbbd-oil/
Research field  (2)： Structural biochemistry ,  Functional biochemistry
Research keywords  (6)： 無酸素生化学実験 ,  oxygen ,  sulfur ,  post-transcriptional modification ,  post-translational modification ,  protein synthesis
Research theme for competitive and other funds  (19)：
  • 2024 - 2026 バクテリア原始ユビキチンによるリジン残基の修飾を介したタンパク質の機能制御
  • 2024 - 2026 Diversity and Evolution of Biosynthesis Mechanisms of Sulfur Compounds via Persulfide Intermediates
  • 2021 - 2024 Molecular basis for biosynthetic and degradation systems for tRNA sulfur-modified bases
  • 2021 - 2023 Primitive functions of ubiquitin in bacteria
  • 2020 - 2023 Molecular basis of ancestral sulfur relay system
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Papers (21)：
  • Ryota Hidese, Takayuki Ohira, Satsuki Sakakibara, Tsutomu Suzuki, Naoki Shigi, Shinsuke Fujiwara. Functional redundancy of ubiquitin-like sulfur-carrier proteins facilitates flexible, efficient sulfur utilization in the primordial archaeon Thermococcus kodakarensis. mBio. 2024. in press
  • Yuzuru Sugio, Ryota Yamagami, Naoki Shigi, Hiroyuki Hori. A selective and sensitive detection system for 4-thiouridine modification in RNA. RNA (New York, N.Y.). 2022
  • Naoki Shigi. Biosynthesis and Degradation of Sulfur Modifications in tRNAs. International journal of molecular sciences. 2021. 22. 21
  • Minghao Chen, Masato Ishizaka, Shun Narai, Masaki Horitani, Naoki Shigi, Min Yao, Yoshikazu Tanaka. The [4Fe-4S] cluster of sulfurtransferase TtuA desulfurizes TtuB during tRNA modification in Thermus thermophilus. Communications biology. 2020. 3. 1. 168-168
  • Shigi N, Horitani M, Miyauchi K, Suzuki T, Kuroki M. An ancient type of MnmA protein is an iron-sulfur cluster-dependent sulfurtransferase for tRNA anticodons. RNA. 2019. 26. 3. 240-250
ｍore...
Books (11)：
  • 技術で未来拓く産総研の挑戦(303)~たんぱく質の合成、硫黄修飾が重要な役割~
    日刊工業新聞 2024
  • 極限環境微生物の先端科学と社会実装最前線
    エヌ・ティー・エス 2023 ISBN:9784860438487
  • 鉄硫黄クラスターが関与するtRNAの硫黄修飾塩基の生合成機構
    硫酸協会 2020
  • 高度好熱菌を耐熱化するtRNA硫黄修飾塩基の生合成と機能の解明
    極限環境生物学会 学会事務局 2019
  • RNA チオ化
    金原一郎記念医学医療振興財団 2018
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Lectures and oral presentations  (8)：
  • RNAと硫黄 ~鉄硫黄クラスターと初期進化~
    (生命システム原材料の起源と進化研究会&ThermusQ研究会 研究交流会 2024)
  • tRNA 硫黄化酵素の酸素感受性の反応機構とその環境適応進化
    (遺伝研研究会「エピトランスクリプトーム制御の分子機構と生理機能」 2024)
  • Biosynthesis and Functions of Sulfur Modifications of Transfer RNA
    (30th Tokyo RNA Club 2022)
  • Biosynthesis and Functions of Sulfur Modifications of Transfer RNA
    (Weekly ESLI seminar (online), Tokyo Institute of Technology 2021)
  • 高度好熱菌を耐熱化するtRNA硫黄修飾塩基の生合成と機能の解明
    (極限環境生物学会 年会 研究奨励賞受賞講演 2017)
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Education (3)：
  • 2001 - 2004 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻 博士課程 (渡辺公綱教授)
  • 1999 - 2001 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻 修士課程
  • 1997 - 1999 The University of Tokyo The Faculty of Engineering Department of Chemistry and Biotechnology
Professional career (1)：
  • 博士(生命科学) (東京大学大学院新領域創成科学研究科)
Work history (10)：
  • 2025/04 - 現在 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
  • 2016/04 - 現在 Gifu University The United Graduate School of Agricultural Science
  • 2023/04 - 2025/03 産総研・早大 生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ 副ラボ長
  • 2022/04 - 2023/03 経済産業省 生物化学産業課 課長補佐 (ホワイトバイオ担当)
  • 2020/04 - 2023/03 産業技術総合研究所 細胞分子工学研究部門 主任研究員
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Committee career (3)：
  • 2024/04 - 現在 極限環境生物学会 幹事(学術担当)
  • 2010/11 - 現在 Review editorial board; Frontiers in Genetics
  • 2020/04 - 2022/03 極限環境生物学会 幹事(年会担当)
Awards (1)：
  • 2017/11 - 極限環境生物学会 研究奨励賞 高度好熱菌を耐熱化するtRNA硫黄修飾塩基の生合成と機能の解明
Association Membership(s) (4)：
JAPANESE SOCIETY FOR EXTREMOPHILES ,  THE RNA SOCIETY OF JAPAN ,  THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN ,  THE JAPANESE BIOCHEMICAL SOCIETY
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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