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J-GLOBAL ID：201501040753326194
Update date: Aug. 30, 2024
OKI Shinya
オキ シンヤ | OKI Shinya
Affiliation and department：
Job title：
Professor
Homepage URL (1)：
https://oki-lab.jp
Research field (2)：
Biological, health, and medical informatics
, Developmental biology
Research keywords (8)：
Photo-Isolation Chemistry
, 創薬医学
, Bioinformatics
, マウス初期発生
, 発生・分化
, 多分化能
, 再生医学
, シグナル伝達
Research theme for competitive and other funds (21)：
- 2023 - 2028 Dynamic reproductive lifespan: Life-long changes and fluctuations in germ cell function and risk for next generation
- 2023 - 2025 微小領域に限定した高深度オミクス技術による催奇形性因子の作用機序解析
- 2022 - 2025 ゲノム多型に起因する疾患の発症プロセスの解明
- 2020 - 2023 植物細胞壁S2層形成の制御メカニズム
- 2019 - 2023 位置情報レコーディングによる多細胞システム解析
- 2019 - 2022 Investigation of genetic etiology of rare diseases with craniofacial deformities
- 2019 - 2022 Toward understanding regulatory system of spatial gene expression
- 2017 - 2022 老化研究推進・支援拠点
- 2017 - 2022 エピゲノム統合データベースの開発と機能拡充
- 2018 - 2021 Identification and functional analysis of noncoding SNPs causative for genetic disorders
- 2018 - 2021 Non-coding領域に存在する疾患原因SNPの同定と機能解析
- 2016 - 2021 How sperm epigenetic profiles impact on gene expression in the brain of offspring
- 2017 - 2018 Non-coding領域における多発性硬化症関連SNPの機能解析
- 2015 - 2018 Development of a technology that can visualize interactions between genomic DNA and proteins in nuclei in situ
- 2014 - 2018 Analysis of molecular mechanism for initial left-right axis formation in the node of mouse embryos
- 2015 - 2016 ChIP-seq SRA の統合的可視化とバイオデータベースとの連携
- 2009 - 2014 Analysis of exracellular signal in cell community of early embryos
- 2013 - 2014 Mechanism to maintain pluripotency of the mouse epiblast via Nodal signaling.
- 2011 - 2012 Screening of the direct target genes of Nodal signaling in the mouse epiblast
- 2009 - 2010 体軸情報を備えた胚様体の作製
- 2005 - 2007 マウス胚ノードのNodalシグナルが左右非対称に側板中胚葉へ伝わる機構の解明
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Papers (45)：
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Yuji Nakamura, Issei S Shimada, Reza Maroofian, Micol Falabella, Maha S Zaki, Masanori Fujimoto, Emi Sato, Hiroshi Takase, Shiho Aoki, Akihiko Miyauchi, et al. Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia. Brain. 2024
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Zhaonan Zou, Tazro Ohta, Shinya Oki. ChIP-Atlas 3.0: a data-mining suite to explore chromosome architecture together with large-scale regulome data. Nucleic Acids Research. 2024. 52. W1. W45-W53
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Mengying Cui, Koji Yamano, Kenichi Yamamoto, Hitomi Yamamoto-Imoto, Satoshi Minami, Takeshi Yamamoto, Sho Matsui, Tatsuya Kaminishi, Takayuki Shima, Monami Ogura, et al. HKDC1, a target of TFEB, is essential to maintain both mitochondrial and lysosomal homeostasis, preventing cellular senescence. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2024. 121. 2
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Zhaonan Zou, Yuka Yoshimura, Yoshihiro Yamanishi, Shinya Oki. Elucidating disease-associated mechanisms triggered by pollutants via the epigenetic landscape using large-scale ChIP-Seq data. Epigenetics & Chromatin. 2023. 16. 1. 34
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Kazuo Miyazawa, Kaoru Ito, Masamichi Ito, Zhaonan Zou, Masayuki Kubota, Seitaro Nomura, Hiroshi Matsunaga, Satoshi Koyama, Hirotaka Ieki, Masato Akiyama, et al. Cross-ancestry genome-wide analysis of atrial fibrillation unveils disease biology and enables cardioembolic risk prediction. Nature Genetics. 2023
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MISC (6)：
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Zhaonan Zou, Shinya Oki. ChIP-Atlas: A Guide to Traveling Transcriptional Regulatory Landscape. JSBi Bioinformatics Review. 2023. 4. 1. 1-9
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ZOU Zhaonan, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥. Elucidating the modes of action by identification of transcription factors organizing chemically perturbed genes through large-scale ChIP-seq data. 日本薬学会年会要旨集(Web). 2021. 141st
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岩田通夫, 沖真弥, 山西芳裕. 多層オミクス解析による遺伝子発現機構のディジーゾーム解析と治療薬探索. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
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江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕. パイオニア転写因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
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鄒兆南, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥. 遺伝子発現制御に着目した薬剤摂動トランスクリプトームと大規模ChIP-seqデータの統合解析による薬剤作用ターゲット探索. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
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Patents (2)：
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核酸断片及びその使用
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オリゴヌクレオチド、オミクス解析方法及びオミクス解析用キット
Books (14)：
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ChIP-Atlas 2.0 - 転写制御機構&エピゲノムランドスケープを可視化する
実験医学 2022
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光を用いた空間トランスクリプトーム計測
生体の科学 2022
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空間トランスクリプトミクス
生物工学会誌 2022
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Photo-Isolation Chemistry: PIC法を用いた微小細胞集団での遺伝子発現解析
月刊「細胞」 2022
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光単離化学による高深度かつ高解像度トランスクリプトーム解析
生物物理 2022
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Lectures and oral presentations (140)：
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エピゲノムアトラスを創って薬の作用機序をひも解く
(The 201st Scienc-ome 2024)
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オルガネラのトランスクリプトーム解析
(第76回日本細胞生物学会大会 2024)
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ChIP-Atlas ハンズオンセミナー
(早稲田大学先進理工学部セミナー 2024)
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PIC: 局所領域に対する高深度RNA-seq技術
(千里ライフサイエンス技術講習会 2024)
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エピゲノミクスデータの統合解析による先天異常や薬物作用機序の理解
(scChmeRISC 2024 2024)
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Works (2)：
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ChIP-Atlas
Shinya Oki 2015 -
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SraTailor
沖真弥 2014 -
Education (3)：
- 2002 - 2007 Osaka University
- 2000 - 2002 Osaka University
- 1996 - 2000 Osaka University School of Engineering
Professional career (1)：
Work history (8)：
- 2024/04 - 現在 Kumamoto University Graduate School of Medical Sciences Professor
- 2024/04 - 現在 Kumamoto University Institute of Resource Development and Analysis Professor
- 2023/10 - 2024/03 Kumamoto University Institute of Resource Development and Analysis
- 2020/04 - 2024/03 京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座 特定准教授
- 2019/10 - 2023/03 科学技術振興機構(JST) さきがけ研究員
- 2019/02 - 2020/03 九州大学大学院 医学研究院 講師
- 2007/02 - 2019/02 九州大学大学院 医学研究院 助教
- 2005/04 - 2007/02 日本学術振興会 特別研究員
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Committee career (4)：
- 2018/04 - 現在 日本メディカルAI学会 評議委員
- 2022/04 - 2024/03 日本バイオインフォマティクス学会 理事
- 2020/04 - 2021/03 文部科学省 科学技術・学術政策研究所(NISTEP) 専門調査員
- 2020/04 - 2020/09 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020) プログラム委員
Association Membership(s) (4)：
Japanese Association for Medical Artificial Intelligence
, JAPANESE SOCIETY OF DEVELOPMENTAL BIOLOGISTS
, THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN
, 日本バイオインフォマティクス学会
