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J-GLOBAL ID：201701011471488391   Update date: Dec. 18, 2024

Mori Yoshiharu

モリ ヨシハル | Mori Yoshiharu
Clips
Affiliation and department：
Keio University Graduate School of Science and Technology

About Keio University Graduate School of Science and Technology


Homepage URL  (1)： https://quantum.keio.ac.jp/
Research field  (3)： Biological, health, and medical informatics ,  Bio-, chemical, and soft-matter physics ,  Biophysics
Research keywords  (5)： 量子コンピューティング ,  バイオインフォマティクス ,  タンパク質 ,  分子シミュレーション ,  生物物理
Research theme for competitive and other funds  (4)：
  • 2021 - 2025 Molecular mechanism of the accurate protein synthesis of the ribosome in translation
  • 2019 - 2020 マルチスケール分子シミュレーションによる受容体チロシンキナーゼの構造モデリング
  • 2016 - 2019 タンパク質合成におけるアミノ酸の高精度選択機構の解明
  • 2011 - 2013 ATP合成におけるタンパク質触媒機構の理論的研究
Papers (25)：
  • Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka. Stabilization mechanism of initiator transfer RNA in the small ribosomal subunit from coarse-grained molecular simulations. Journal of Physical Chemistry B. 2024. 128. 12059-12065
  • Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka. Navigating ultralarge virtual chemical spaces with product-of-experts chemical language models. Journal of Chemical Information and Modeling. 2024. 64. 7873-7884
  • Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka. Anesthetic binding induced motion of GABAA receptors revealed by coarse-grained molecular dynamics simulations. Journal of Physical Chemistry B. 2023. 127. 6306-6315
  • Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka. End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models. BMC Bioinformatics. 2023. 24. 233
  • Thermal conductivity and conductance of protein in aqueous solution: Effects of geometrical shape. 2023. 44. 857-868
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MISC (9)：
  • 森 義治. リボソーム小サブユニットにおける開始tRNA安定化の分子機構. アンサンブル. 2024. 26. 269-275
  • Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka. Stabilization Mechanism of Initiator Transfer RNA in the Small Ribosomal Subunit from Coarse-Grained Molecular Simulations. 2024
  • Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka. Navigating Ultra-Large Virtual Chemical Spaces with Product-of-Experts Chemical Language Models. 2024
  • Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka. Anesthetic-binding induced motion of GABA A receptors revealed by coarse-grained molecular dynamics simulations. bioRxiv. 2023
  • Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka. End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models. bioRxiv. 2022
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Books (3)：
  • Enhanced sampling algorithms
    2013
  • Generalized isobaric-isothermal ensemble algorithms
    From Computational Biophysics to Systems Biology, John von Neumann Institute for Computing, 139-144 2012
  • Generalized-ensemble simulations in protein science
    Proceedings of the 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'10, Nova Science, 46-60 2011
Lectures and oral presentations  (142)：
  • FMO計算と構造揺らぎから明らかにする生体分子の構造と機能
    (FMO研究セミナー -これまでとこれから- 2025)
  • 量子アルゴリズムを利用したタンパク質フォールディングモデルのモンテカルロシミュレーション
    (第38回分子シミュレーション討論会 2024)
  • 量子計算を活用した効率的モンテカルロシミュレーション実行とその化学への応用に向けて
    (第68回Q-LEAP量子AIセミナー 2024)
  • Comprehensive docking simulations using AlphaFold2-based human olfactory receptors for odor prediction
    (CBI学会2024年大会 2024)
  • 量子化学計算に基づくIL-10と受容体のPPIにおけるホットスポット定量的予測
    (第74回日本薬学会関西支部大会 2024)
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Education (3)：
  • 2009 - 2011 名古屋大学大学院 理学研究科 物質理学専攻(物理系) 博士課程(後期課程)
  • 2007 - 2009 名古屋大学大学院 理学研究科 物質理学専攻(物理系) 博士課程(前期課程)
  • 2003 - 2007 Nagoya University School of Science Department of Physics
Professional career (1)：
  • 博士(理学) (名古屋大学)
Work history (7)：
  • 2023/10 - 現在 Keio University Graduate School of Science and Technology
  • 2023/10 - 現在 Kobe University Graduate School of System Informatics
  • 2020/04 - 2023/09 Kobe University Graduate School of System Informatics
  • 2017/04 - 2020/03 Kitasato University School of Pharmaceutical Sciences
  • 2012/05 - 2017/03 Institute for Molecular Science Department of Theoretical and Computational Molecular Science
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Awards (3)：
  • 2021/10 - CBI学会2021年大会 口頭発表賞
  • 2011/03 - 名古屋大学 学術奨励賞
  • 2009/12 - 第23回分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 「レプリカ交換分子動力学法における適切なスケーリング法」
Association Membership(s) (11)：
THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN ,  THE CHEM-BIO INFORMATICS SOCIETY ,  THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN ,  JAPAN SOCIETY FOR MOLECULAR SCIENCE ,  THE MOLECULAR SIMULATION SOCIETY OF JAPAN ,  PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN ,  THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN ,  情報処理学会 ,  量子生命科学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会 ,  THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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