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J-GLOBAL ID：201801006737971186   Update date: Oct. 04, 2024

Shimamura Teppei

シマムラ テッペイ | Shimamura Teppei
Affiliation and department：
Institute of Science Tokyo Department of Computational and Systems Biology, Medical Research Laboratory, Institute of Integrated Research

About Institute of Science Tokyo Department of Computational and Systems Biology, Medical Research Laboratory, Institute of Integrated Research


Other affiliations (1)：
Research field  (2)： Biological, health, and medical informatics ,  Systems genomics
Research keywords  (8)： 一細胞解析 ,  マルチオミクス ,  遺伝子ネットワーク ,  Omics ,  Next Generation Sequencer ,  Systems Biology ,  Bioinformatics ,  Statistics
Research theme for competitive and other funds  (18)：
  • 2023 - 2028 領域研究「細胞外情報を統御するマルチモーダルECM」の統括と運営
  • 2022 - 2028 Platform for Advanced Genome Science
  • 2020 - 2025 ウイルス-人体相互作用ネットワークの理解と制御
  • 2022 - 2025 SHH型髄芽腫における異常RNAプロセシングの解明
  • 2022 - 2024 ベイズ深層学習による細胞ダイナミクスの新次元俯瞰
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Papers (130)：
  • Chikara Mizukoshi, Yasuhiro Kojima, Satoshi Nomura, Shuto Hayashi, Ko Abe, Teppei Shimamura. DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates. Genome biology. 2024. 25. 1. 229-229
  • Koichiro Majima, Yasuhiro Kojima, Kodai Minoura, Ko Abe, Haruka Hirose, Teppei Shimamura. LineageVAE: Reconstructing Historical Cell States and Transcriptomes toward Unobserved Progenitors. Bioinformatics (Oxford, England). 2024
  • Masahiro Hashimoto, Yasuhiro Kojima, Takeharu Sakamoto, Yuki Ozato, Yusuke Nakano, Tadashi Abe, Kiyotaka Hosoda, Hideyuki Saito, Satoshi Higuchi, Yuichi Hisamatsu, et al. Spatial and single-cell colocalisation analysis reveals MDK-mediated immunosuppressive environment with regulatory T cells in colorectal carcinogenesis. EBioMedicine. 2024. 103. 105102-105102
  • Yasuhiro Kojima, Yuko Arioka, Haruka Hirose, Shuto Hayashi, Yusuke Mizuno, Keiki Nagaharu, Hiroki Okumura, Masato Ishikawa, Kohshi Ohishi, Yutaka Suzuki, et al. Inferring extrinsic factor-dependent single-cell transcriptome dynamics using a deep generative model. 2024
  • Yasuhiro Kojima, Shinji Mii, Shuto Hayashi, Haruka Hirose, Masato Ishikawa, Masashi Akiyama, Atsushi Enomoto, Teppei Shimamura. Single-cell colocalization analysis using a deep generative model. Cell Systems. 2024. 15. 2. 180-192.e7
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MISC (36)：
  • 村瀬 友哉, 武市 拓也, 小関 準, 宮坂 勇輝, 室 慶直, 大野 民生, 島村 徹平, 秋山 真志. Nlrp1機能獲得変異による自己炎症性角化症のモデルマウスの作成・病態解析と治療法の開発. 日本皮膚科学会雑誌. 2022. 132. 5. 1375-1375
  • 村瀬 友哉, 武市 拓也, 小関 準, 宮坂 勇輝, 室 慶直, 大野 民生, 島村 徹平, 秋山 真志. Nlrp1機能獲得変異による自己炎症性角化症のモデルマウスの作成・病態解析と治療法の開発. 日本皮膚科学会雑誌. 2022. 132. 5. 1375-1375
  • Yasuhide Takeuchi, Annegret Kunitz, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraishi, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Teppei Shimamura, Nobuyuki Kakiuchi, Yusuke Shiozawa, et al. Myxofibrosarcoma is characterized by frequent abnormalities in TP53 and increased genetic instability. CANCER RESEARCH. 2019. 79. 13
  • Yasuhide Takeuchi, Annegret Kunitz, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Nobuyuki Kakiuchi, Yusuke Shiozawa, Akira Yokoyama, Yoichi Fujii, Tetsuichi Yoshizato, Kosuke Aoki, et al. Comprehensive analysis of genetic alterations and intratumor heterogeneity in myxofibrosarcoma. CANCER RESEARCH. 2018. 78. 13
  • Yasuhide Takeuchi, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraish, Teppei Shimamura, Tetsuichi Yoshizato, Yusuke Shiozawa, Kenichi Chiba, Hideki Makishima, Satoru Miyano, et al. Comprehensive Analysis of Genetic Alterations and Intratumor Heterogeneity in Myxofibrosarcoma. CANCER SCIENCE. 2018. 109. 716-716
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Lectures and oral presentations  (4)：
  • 細胞集団のダイナミクスを捉えるためのベイズモデリング
    (第5回理論免疫学ワークショップ 2021)
  • がん研究における一細胞解析のためのモデリング・AI 技術の最新動向
    (第79回日本癌学会学術総会 2020)
  • 臓器連関トランスオミクス解析のためのベイズモデリング
    (第93回日本生化学会大会 2020)
  • 今こそ知りたい!行列因子分解~ゼロから始めるマルチオミクス解析~
    (代謝統合オミクス若手技術セミナー 2020)
Education (3)：
  • 2004 - 2007 Hokkaido University Graduate School of Information Science
  • 2002 - 2004 Hokkaido University Graduate School of Engineering
  • 1998 - 2002 Hokkaido University School of Engineering
Professional career (1)：
  • 博士(情報科学) (北海道大学)
Work history (11)：
  • 2024/10 - 現在 Institute of Science Tokyo Department of Computational and Systems Biology, Medical Research Laboratory, Institute of Integrated Research
  • 2024/10 - 現在 Institute of Science Tokyo Department of Computational and Systems Biology, Medical Research Laboratory
  • 2023/04 - 現在 Nagoya University Graduate School of Medicine Designated Professor
  • 2023/01 - 2024/09 Tokyo Medical and Dental University Medical Research Institute Professor
  • 2021/01 - 2023/03 Nagoya University
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Committee career (1)：
  • 2020/07 - 現在 日本メディカルAI学会 評議員
Awards (3)：
  • 2016/03 - 文部科学省委託事業 スキルと実践を重視したビッグデータ・イノベーション人材育成ビッグデータチャレンジ賞
  • 2016/03 - 日本計算機統計学会 平成28年度データ解析コンペティションID-POS部門最優秀賞
  • 2011/12 - Japanese Society for Bioinformatics Japanese Society for Bioinformatics Prize Winners
Association Membership(s) (6)：
日本メディカルAI学会 ,  THE JAPANESE CANCER ASSOCIATION ,  THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN ,  JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS ,  JAPANESE SOCIETY OF COMPUTATIONAL STATISTICS ,  日本生化学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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