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J-GLOBAL ID：202001002716475785   Update date: Nov. 05, 2024

Tokuhisa Atsushi

トクヒサ アツシ | Tokuhisa Atsushi
Affiliation and department：
RIKEN RIKEN Center for Computational Science

About RIKEN RIKEN Center for Computational Science


Job title： Senior Scientist
Research field  (5)： Measurement engineering ,  Bio-, chemical, and soft-matter physics ,  Biological, health, and medical informatics ,  Computational science ,  Biophysics
Research keywords  (3)： Computational drug discovery ,  Single particle structural determination ,  Computational structural biology
Research theme for competitive and other funds  (10)：
  • 2020 - 2021 hp200053 テンプレートマッチング法による生体分子構造 多形解析のための統合ワークフロー開発
  • 2019 - 2020 hp190105 クロマチン高次構造解析を目的としたAIを活用したXFELテンプレートマッチング法の高度化
  • 2018 - 2019 hp180123 創薬応用を目指した テンプレートマッチング法によるクロマチン構多形解析に関する研究
  • 2017 - 分子シミュレーションに基づくゲノム医療・ゲノム創薬基盤の構築
  • 2014 - 2017 Study for a similarity detection algorithm between very noisy diffraction patterns from XFEL
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Papers (30)：
  • Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Kei Terayama, Shigeyuki Matsumoto, Takayuki Kato, Yasushi Okuno. cryoMDM; Molecular simulation Driven structural Matching Approach to Estimate Variety of Atomic Three-dimensional Model Based on Noisy cryoEM Single Particle Images. 2024
  • Atsushi Tokuhisa, Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Akira Nakagawa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Yasushi Okuno. PaStEL: Generator of Pathways with Structural Change on Pseudo Free-Energy Landscape from CryoEM Images. 2024
  • Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno. Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model. Journal of Chemical Theory and Computation. 2024. 20. 1. 7-17
  • Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Atsushi Tokuhisa, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Yuhei Umeda, Yasushi Okuno, Akira Nakagawa. An Auto-Encoder to Reconstruct Structure with Cryo-EM Images via Theoretically Guaranteed Isometric Latent Space, and Its Application for Automatically Computing the Conformational Pathway. Lecture Notes in Computer Science. 2023. 14220 LNCS. 394-404
  • Yosuke Oyama, Akihiro Tabuchi, Atsushi Tokuhisa. Accelerating AlphaFold2 Inference of Protein Three-Dimensional Structure on the Supercomputer Fugaku. FlexScience@HPDC. 2023. 1-9
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MISC (26)：
  • 佐藤美和, 中川寛之, 小甲裕一, 宮口郁子, 鹿島亜希子, 馬彪, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, 池口満徳. 深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
  • 宮口郁子, 鹿島亜季子, 佐藤美和, 中田一人, 馬彪, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳. AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
  • 馬場剛史, 小甲裕一, 佐藤美和, 中川寛之, 宮口郁子, MA Biao, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, et al. Research on pocket prediction using 3D-CNN. 構造活性相関シンポジウム講演要旨集. 2019. 47th (CD-ROM)
  • Nakano Miki, Miyashita Osamu, Jonic Slavica, Tokuhisa Atsushi, Tama Florence. Protocol for three-dimensional structure reconstruction using simulated XFEL coherent diffraction data. Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan. 2018. 73. 1. 3078-3078
  • Nakano M., Miyashita O., Jonic Slavica, Tokuhisa A., Tama Florence. 19pBW-9 Reconstruction of 3D structure of biomolecules from coherent diffraction patterns from XFEL. Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan. 2016. 71. 1. 3179-3179
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Books (3)：
  • クライオ電子顕微鏡ハンドブック = Handbook of cryo-electron microscopy
    エヌ・ティー・エス 2023 ISBN:9784860438043
  • AI導入によるバイオテクノロジーの発展
    シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313153
  • in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術
    技術情報協会 2018 ISBN:9784861046889
Lectures and oral presentations  (56)：
  • Improvement for Noisy X-ray Single-Particle Diffraction Pattern using Convolutional Neural Network
    (2020)
  • 深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測
    (第19回 日本蛋白質科学会年会 第71回 日本細胞生物学会大会 合同年次大会 2020)
  • 創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究
    (第6回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会 2019)
  • 実験とシミュレーションの融合による生体高分子構造多形推定法の開発
    (VINAS Users Conference 2019 2019)
  • Challenging for multi-conformational analysis of chromatin using the two-dimensional template matching method
    (2019)
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Education (4)：
  • 2004 - 2007 奈良先端科学技術大学院大学 物質創成科学研究科博士課程
  • 2002 - 2004 奈良先端科学技術大学院大学 物質創成科学研究科修士課程
  • 1998 - 2002 三重大学 工学部 物理工学科
  • 1993 - 大学入試資格検定試験合格
Professional career (1)：
  • 博士(理学) (奈良先端科学技術大学院大学)
Work history (10)：
  • 2021/04 - 現在 RIKEN
  • 2020/04 - 2021/03 RIKEN
  • 2017/05 - 2021/03 RIKEN
  • 2017/04 - 2020/03 理化学研究所 科学技術ハブ推進本部・健康生き活き羅針盤リサーチコ ンプレックス推進プログラム・健康羅針盤チーム 研究員
  • 2013/04 - 2017/03 理化学研究所 計算科学研究機構・研究部門・計算構造生物学研究ユ ニット 研究員
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Awards (4)：
  • 2020/12 - 量子生命科学会 優秀発表賞 量子生命科学会第2回大会 創薬応用を目指したテンプレートマッチングによる生体分子構造多形評価法の開発
  • 2019/11 - 一般財団法人高度情報科学技術研究機構(RIST) 第6回HPCI報告会優秀成果賞 hp180123「創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究」
  • 2019/10 - CBI Excellent Poster Award Validation of protein structure from low resolution density map using Deep Learning
  • 2012/05 - IUcR Acta Crystallographica Section A, Highlighted Article “Classifying and assembling two-dimensional X-ray laser diffraction patterns of a single particle to reconstruct the three-dimensional diffraction intensity function: resolution limit due to the quantum noise” Tokuhisa A., Taka J., Kono H. and Go N. Acta Crystallographica A, 68, 336-381 (2012)
Association Membership(s) (1)：
日本生物物理学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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