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J-GLOBAL ID：202001002716475785 Update date: Apr. 03, 2025

Tokuhisa Atsushi

トクヒサアツシ | Tokuhisa Atsushi

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Affiliation and department：
Job title： Senior Scientist

Research field (5)： Measurement engineering , Bio-, chemical, and soft-matter physics , Biological, health, and medical informatics , Computational science , Biophysics

Research keywords (3)： Computational drug discovery , Single particle structural determination , Computational structural biology

Research theme for competitive and other funds (10)：

2020 - 2021 hp200053 テンプレートマッチング法による生体分子構造多形解析のための統合ワークフロー開発
2019 - 2020 hp190105 クロマチン高次構造解析を目的としたAIを活用したXFELテンプレートマッチング法の高度化
2018 - 2019 hp180123 創薬応用を目指したテンプレートマッチング法によるクロマチン構多形解析に関する研究
2017 - 分子シミュレーションに基づくゲノム医療・ゲノム創薬基盤の構築
2014 - 2017 Study for a similarity detection algorithm between very noisy diffraction patterns from XFEL

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Papers (33)：

Hiroki Waida, Kimihiro Yamazaki, Atsushi Tokuhisa, Mutsuyo Wada, Yuichiro Wada. Investigating self-supervised image denoising with denaturation. Neural Networks. 2025. 184. 106966-106966
Shigeyuki Matsumoto, Yuta Isaka, Ryo Kanada, Biao Ma, Mitsugu Araki, Shuntaro Chiba, Atsushi Tokuhisa, Hiroaki Iwata, Shoichi Ishida, Yoshinobu Akinaga, et al. Precision spatiotemporal analysis of large-scale compound-protein interactions through molecular dynamics simulation. PNAS Nexus. 2025
Kimihiro Yamazaki, Mutsuyo Wada, Yuichiro Wada, Atsushi Tokuhisa, Kento Ohga, Akira Nakagawa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Takashi Katoh, Shigeyuki Matsumoto, et al. Generating Free-energy Landscapes and Mapping Conformational Transition Pathways from cryo-EM Images using a Deep Isometric Autoencoder. 2025
Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Kei Terayama, Shigeyuki Matsumoto, Takayuki Kato, Yasushi Okuno. cryoMDM; Molecular simulation Driven structural Matching Approach to Estimate Variety of Atomic Three-dimensional Model Based on Noisy cryoEM Single Particle Images. 2024
Atsushi Tokuhisa, Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Akira Nakagawa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Yasushi Okuno. PaStEL: Generator of Pathways with Structural Change on Pseudo Free-Energy Landscape from CryoEM Images. 2024

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MISC (27)：

山崎公裕, 和田裕一郎, 和田裕一郎, 和田睦世, 河東孝, 徳久淳師, 奥野恭史, 奥野恭史. Generative AI for predicting diverse molecular structural changes from cryoEM particle images. 月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト. 2025. 51. 1
佐藤美和, 中川寛之, 小甲裕一, 宮口郁子, 鹿島亜希子, 馬彪, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, 池口満徳. 深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
宮口郁子, 鹿島亜季子, 佐藤美和, 中田一人, 馬彪, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳. AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
馬場剛史, 小甲裕一, 佐藤美和, 中川寛之, 宮口郁子, MA Biao, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, et al. Research on pocket prediction using 3D-CNN. 構造活性相関シンポジウム講演要旨集. 2019. 47th (CD-ROM)
Nakano Miki, Miyashita Osamu, Jonic Slavica, Tokuhisa Atsushi, Tama Florence. Protocol for three-dimensional structure reconstruction using simulated XFEL coherent diffraction data. Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan. 2018. 73. 1. 3078-3078

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Books (3)：

クライオ電子顕微鏡ハンドブック = Handbook of cryo-electron microscopy
エヌ・ティー・エス 2023 ISBN:9784860438043
AI導入によるバイオテクノロジーの発展
シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313153
in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術
技術情報協会 2018 ISBN:9784861046889

Lectures and oral presentations (56)：

Improvement for Noisy X-ray Single-Particle Diffraction Pattern using Convolutional Neural Network
(2020)
深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測
(第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会 2020)
創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究
(第6回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会 2019)
実験とシミュレーションの融合による生体高分子構造多形推定法の開発
(VINAS Users Conference 2019 2019)
Challenging for multi-conformational analysis of chromatin using the two-dimensional template matching method
(2019)

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Education (4)：

2004 - 2007 奈良先端科学技術大学院大学物質創成科学研究科博士課程
2002 - 2004 奈良先端科学技術大学院大学物質創成科学研究科修士課程
1998 - 2002 三重大学工学部物理工学科
1993 - 大学入試資格検定試験合格

Professional career (1)：

博士(理学) (奈良先端科学技術大学院大学)

Work history (10)：

2021/04 - 現在 RIKEN
2020/04 - 2021/03 RIKEN
2017/05 - 2021/03 RIKEN
2017/04 - 2020/03 理化学研究所科学技術ハブ推進本部・健康生き活き羅針盤リサーチコンプレックス推進プログラム・健康羅針盤チーム研究員
2013/04 - 2017/03 理化学研究所計算科学研究機構・研究部門・計算構造生物学研究ユニット研究員

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Awards (4)：

2020/12 - 量子生命科学会優秀発表賞量子生命科学会第2回大会創薬応用を目指したテンプレートマッチングによる生体分子構造多形評価法の開発
2019/11 - 一般財団法人高度情報科学技術研究機構(RIST) 第6回HPCI報告会優秀成果賞 hp180123「創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究」
2019/10 - CBI Excellent Poster Award Validation of protein structure from low resolution density map using Deep Learning
2012/05 - IUcR Acta Crystallographica Section A, Highlighted Article “Classifying and assembling two-dimensional X-ray laser diffraction patterns of a single particle to reconstruct the three-dimensional diffraction intensity function: resolution limit due to the quantum noise” Tokuhisa A., Taka J., Kono H. and Go N. Acta Crystallographica A, 68, 336-381 (2012)

Association Membership(s) (1)：

日本生物物理学会

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