生物種同定方法及びシステム

Inventor： , ,
Applicant, Patent owner：
Agent (4)：平木祐輔 , 関谷三男 , 渡辺敏章 , 大塩剛
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2009047153
Publication number (International publication number)：2010204753
Application date： Feb. 27, 2009
Publication date： Sep. 16, 2010
Summary：

【課題】高度な技術や専門知識が無くても、様々な微生物が試料に混在している場合でも、微生物以外の生物種の品種判別においても、生物種を迅速かつ簡易的に推定及び同定することができる。【解決手段】生物種同定システムは、配列データベースから入力データと相同性を有する配列を検索する相同性検索の機能、相同性検索の結果より、所定のフィルタリング条件を用いて、相同性が高い配列を選択する機能、フィルタリングにて得られた配列を含む生物種を生物種データベースより検索し、入力データを含む生物種を推定する機能、生物種検索の機能にて得られた配列を生物種既知の配列として設定し、入力データを生物種未知の配列として設定する機能、生物種未知の配列と生物種既知の配列を多重整列する機能、多重整列の結果に基づいて進化系統樹を作成する機能、配列データベースを作成する機能を有する。【選択図】図2B

Claim (excerpt)：

配列識別子、塩基配列、及び、アノテーションを格納する配列データベースと、配列識別子と生物種識別子の関係、及び、生物分類名を格納する生物種データベースを用いて、演算装置、メモリ、入力装置及び表示装置を備えたコンピュータ装置によって、生物種を同定するための生物種同定方法において、前記入力装置を介して入力された塩基配列を入力データとして取り込む入力データ取り込みステップと、前記演算装置によって、前記配列データベースから前記入力データと相同性を有する配列を検索する相同性検索ステップと、前記演算装置によって、前記相同性検索ステップにて検索された配列より、所定のフィルタリング条件を用いて、相同性が高い配列を選択するフィルタリングステップと、前記演算装置によって、前記フィルタリングステップにて得られた配列を含む生物種を前記生物種データベースより検索し、前記入力データを含む生物種を推定する生物種推定ステップと、前記演算装置によって、前記生物種検索ステップにて得られた配列を生物種既知の配列として設定し、前記入力データを生物種未知の配列として設定する系統樹作成用配列設定ステップと、前記演算装置によって、前記生物種未知の配列と前記生物種既知の配列を多重整列する多重整列ステップと、前記演算装置によって、前記多重整列の結果に基づいて進化系統樹を作成する系統樹作成ステップと、を有する生物種同定方法。

IPC (2)：

G06F 19/00 , G06F 17/30

FI (3)：

G06F19/00 600 , G06F19/00 , G06F17/30 170F

F-Term (2)：

5B075QS06 , 5B075UU19

Patent cited by the Patent：

Cited by examiner (3)

微生物菌種推定システム及び方法
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2005-216546 Applicant：株式会社島津製作所, 株式会社ワールドフュージョン
超耐熱耐酸性アミロプルラナーゼ
Gazette classification：公開公報 Application number：特願平10-132320 Applicant：長瀬産業株式会社, ナガセ生化学工業株式会社
核酸配列間の相関図又はマルチプルアラインメントを作成する方法及びプログラム
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2004-177319 Applicant：日立ソフトウエアエンジニアリング株式会社

Article cited by the Patent：

Cited by examiner (3)

DNASIS ライフサイエンス技術とIT技術の融合
COMPANY WATCH 日立ソフトウェアエンジニアリング
バイオテクノロジー関連機器システム

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