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J-GLOBAL ID：201703014402092970

系統樹を構築する装置、方法およびシステム

Inventor：
安田 知弘

About 安田 知弘


Applicant, Patent owner：
株式会社日立製作所

About 株式会社日立製作所


Agent (1)： 青稜特許業務法人
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2015113297
Publication number (International publication number)：2016224865
Application date： Jun. 03, 2015
Publication date： Dec. 28, 2016
Summary：
【課題】本発明によれば、癌のサンプルで検出された多数の変異についての頻度データに基づき、系統樹を構築することができる。【解決手段】異なるゲノムをもつ複数のクローンが混在する複数のサンプルにおいて、各サンプルでの頻度が近い変異をグループ化し、各グループの変異の頻度を列挙したデータ(以下、変異グループ頻度データ)に基づく解析を行なう。変異グループ頻度の大小関係が全サンプルで一致する変異グループに対応するクローンに親子の関係があるとみなして、クローンを頂点、親子関係を枝とするグラフ構造を構築されるグラフ構造を構築し、このグラフにおいて、変異グループ頻度データと矛盾するクローンの親子関係を消去し、さらに、複数のサンプルにおける変異グループ頻度の相関係数を考慮して、各クローンの親となるクローンを選択する。【選択図】図1
Claim (excerpt)：
グラフ構築手段と親子決定手段とを備え、 異なるゲノムをもつ複数のクローンが混在する複数のサンプルにおいて、各サンプルでの頻度が近い変異をグループ化し、各グループの変異の頻度を列挙したデータを変異グループ頻度データと呼ぶとき、 前記変異グループ頻度データを入力とし、 前記グラフ構築手段において、前記変異グループ頻度データに基づき、前記クローンを頂点、親子関係の候補を枝とするグラフ構造を親子グラフと呼ぶとき、該親子グラフを構築し、 前記親子決定手段において、複数の前記サンプルにおける前記変異グループ頻度の相関を表す相関係数を考慮して、前記各クローンの中で親となるクローンを選択し、前記複数のクローンの系統樹を作成する ことを特徴とする系統樹作成装置。
IPC (1)：
G06F 19/14
FI (1)：
G06F19/14
F-Term (3)：
4B029AA27 ,  4B029BB20 ,  4B029FA15
Patent cited by the Patent：
Cited by examiner (7)
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