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J-GLOBAL ID：200902226388470542   整理番号：09A1056138

グリッド技術を用いた大規模分子軌道計算プログラムの開発-FMO-MO法によるLysozymeの溶媒和と分子軌道-

著者 (12件)： 長嶋雲兵 (JST-CREST) ,  長嶋雲兵 (産業技術総合研 計算科学研究部門) ,  渡辺寿雄 (JST-CREST) ,  渡辺寿雄 (産業技術総合研 計算科学研究部門) ,  稲富雄一 (九大 情報基盤セ) ,  石元孝佳 (JST-CREST) ,  石元孝佳 (産業技術総合研 計算科学研究部門) ,  梅田宏明 (JST-CREST) ,  梅田宏明 (産業技術総合研 計算科学研究部門) ,  櫻井鉄也 (JST-CREST) ,  櫻井鉄也 (産業技術総合研 計算科学研究部門) ,  櫻井鉄也 (筑波大 大学院システム情報工学研究科)
資料名： CICSJ Bulletin (Division of Chemical Information and Computer Sciences, the Chemical Society of Japan)  (CICSJ Bulletin (Division of Chemical Information and Computer Sciences, the Chemical Society of Japan))
巻： 25  ページ： 40-46  発行年： 2008年11月13日 
JST資料番号： L1052A  ISSN： 0913-3747  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 小さな蛋白質であるLysozymeの分子軌道を,著者等が開発しているフラグメント分子軌道(FMO)-分子軌道法(MO)法を用いて250CPU程度のクラスタ計算機で求め,その経過時間と溶媒和について報告した,その結果,これまでは計算が困難であった基底関数が20,000を越えるような巨大分子に対するMO計算が,数時間という非常に短時間で行えることを示した。蛋白質やDNA等の生体分子の反応に対して,分子軌道計算による理論的な反応性予測が,FMO-MO法を用いることで比較的短時間で行える可能性があることが分った。また従来のMO計算では2電子積分計算(Fock行列作成)の計算量に紛れて見えなかった一般化固有問題の計算事例が,分子サイズが大きくなると大きなウエイトを占めることが分った。

シソーラス用語： *大規模 ,  *分子軌道計算 ,  *ソフトウェア開発 ,  *計算機網 ,  分子軌道法 ,  リゾチーム ,  溶媒和 ,  分子軌道 ,  反応性 ,  計算 ,  理論 ,  予測
準シソーラス用語： *プログラム開発 ,  *グリッドコンピューティング ,  FMO法 ,  MO法 ,  フラグメント分子軌道法 ,  生体分子 ,  理論計算

分類 (3件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子の電子構造  (BH05010Q) ,  数値計算  (JE02000J)

引用文献 (18件)：

• References in, A. Szabo and N. S. Ostlund, MODERN QUANTUM CHEMISTRY (Introduction to Advanced Electronic Structure Theory), Dover Publications Inc., Mineola, New York.
• Referencesin, 米澤貞次郎、永田親義、加藤博史、今村詮、諸熊奎治, 三訂量子化学入門 (上), 化学同人.
• K. Kitaura, T. Sawai, T. Asada, T. Nakano, and M. Uebayashi, Pair interaction molecular orbital method: an approximate computational method for molecular interactions, Chem. Phys. Lett.312, 319(1999).
• K. Kitaura, E. Ikeo, T. Asada, T. Nakano, and M. Uebayashi, Fragment molecular orbital method: an approximate computational method for large molecules, Chem. Phys. Lett.313, 701(1999).
• T. Nakano, T. Kaminuma, T. Sato, Y. Akiyama, M. Uebayashi, and K. Kitaura, Fragment molecular orbital method: application to polypeptides, Chem. Phys. Lett.318, 614(2000).

タイトルに関連する用語 (7件)： グリッド ,  大規模 ,  分子軌道計算 ,  開発 ,  MO法 ,  溶媒和 ,  分子軌道