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J-GLOBAL ID：201702227322325977   整理番号：17A0142693

MapReduceと双方向de Bruijnグラフに基づくde novoゲノムアセンブラ【Powered by NICT】

A de novo genome assembler based on MapReduce and bi-directed de Bruijn graph

著者 (5件)： Yuehua Zhang (School of Computing, Clemson University, SC 29634, USA) ,  Pengfei Xuan (School of Computing, Clemson University, SC 29634, USA) ,  Yunsheng Wang (School of Computing, Clemson University, SC 29634, USA) ,  Srimani Pradip K. (School of Computing, Clemson University, SC 29634, USA) ,  Feng Luo (School of Computing, Clemson University, SC 29634, USA)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 65-71  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシング(NGS)技術は高スループットかつ低コストな方法で大規模DNA配列を生成するために生物学者を可能にした。NGSの集合は短い配列と巨大高体積のために大きな挑戦に直面している。本論文では,新しいアセンブラ,GAMRと呼ばれる双方向de Bruijnグラフに基づいており,MapReduceフレームワークを用いて実現された,を示した。GAMRの各段階のための分散アルゴリズムを設計し,大規模ゲノムを集合におけるスケーラビリティを実現した。GAGEのデータを用いたGAMRを評価し,他のNGSアセンブラに対してそれを比較した。結果は良好な精度とより長いN50値とGAMR集合コンティグと足場を示した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *アセンブラ ,  分散アルゴリズム ,  *ゲノム ,  コンティグ ,  DNA配列 ,  次世代シークエンシング
準シソーラス用語： ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： MapReduce ,  双方向 ,  グラフ ,  ゲノム ,  アセンブラ