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J-GLOBAL ID：201702227843084699   整理番号：17A0050926

生物学における強力なツールとしての相関関係ネットワークの生成,視覚化,解析:癌細胞の代謝におけるケーススタディ

Correlation-Based Network Generation, Visualization, and Analysis as a Powerful Tool in Biological Studies: A Case Study in Cancer Cell Metabolism

著者 (3件)： BATUSHANSKY Albert (Ben-Gurion Univ. the Negev, Midreshet Ben-Gurion, ISR) ,  TOUBIANA David (Ben-Gurion Univ. the Negev, Beer Sheva, ISR) ,  FAIT Aaron (Ben-Gurion Univ. the Negev, Midreshet Ben-Gurion, ISR)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2016  号： Bioinformatics  ページ： ROMBUNNO.8313272 (WEB ONLY)  発行年： 2016年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 過去10年間で,膨大なデータセットが生物学的および医学的研究において生成されている。課題は,その要約,複雑さの低減,解釈にある。相関に基づくネットワークと,このタイプのネットワークのグラフ理論に基づく特性は,このプロセスで正常に使用できる。しかし,その手順には落とし穴があり,古典的な生物学を超えた,多くの計算ツールやソフトウェアを含む特定の知識が必要である。ここでは,無償で利用可能なソフトウェアを使用して相関ベースのネットワークを生成し分析する一連の方法の1つを紹介する。パイプラインにより,ユーザーはネットワーク生成の各ステップを制御することができ,相関方法としきい値の選択に柔軟性がもたらされる。パイプラインは,正常および低酸素の2つの条件下のヒト乳癌細胞株MDA-MB-231集団の公表されたメタボロミクスデータに実装した。本分析は,試験した条件に応答した有意差が代謝ネットワーク間に認められることを明らかにした。低酸素状態のネットワークは,正常状態と比較して,代謝産物間に1.7倍の有意な相関を示した。特有の代謝相互作用が同定されたことから,腫瘍増殖により誘導される代謝産物間のゆるやかな関連における調節メカニズムを明らかにするうえでの,改良されたマーカーもしくは手がかりの同定につながり得る。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 腫瘍細胞 ,  培養細胞 ,  *酸素欠乏 ,  *低酸素症 ,  *解析 ,  代謝産物 ,  *腫瘍マーカー
準シソーラス用語： MDA-MB-231細胞 ,  *腫瘍低酸素状態 ,  *メタボロミクス ,  *ネットワーク解析 ,  in silico解析

分類 (2件)： 基礎腫よう学一般  (GE02010R) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

タイトルに関連する用語 (8件)： 生物学 ,  ツール ,  相関関係 ,  視覚化 ,  解析 ,  癌細胞 ,  代謝 ,  ケーススタディ