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J-GLOBAL ID：201702231941960283   整理番号：17A0020982

次世代配列データのアライメント上での系統発生解析のためのシステム【Powered by NICT】

A System for Phylogenetic Analyses over Alignments of Next Generation Sequence Data

著者 (5件)： Nishimura Yuki ,  Amagasa Toshiyuki ,  Inagaki Yuji ,  Hashimoto Tetsuo ,  Kitagawa Hiroyuki
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： CISIS  ページ： 230-237  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大量DNA配列データの高速で,近年の次世代シークエンシング(NGS)技術による低コストで発生している。NGSは,広範囲生物学,進化生物学,配列データからの遺伝子や生物の進化的関係を推論する場であるなどに影響を及ぼす。特に,大量NGSによって生成されたデータを用いた系統発生解析が活発に行われてきた。系統発生関係を推論するために,配列のセットを構成する配列の数を維持する必要がある,すなわち,新しい配列データが利用できる場合は更新する必要がある。しかし,アラインメントの更新,すなわち,既存のアラインメントからの配列の付加および(または)除去,を支援するデータベースしなかった。代わりに,個々の研究者が独立して手動でそれらの整列を更新した。この問題に対処するために,NGSデータの配列上での系統発生分析のためのシステムを提案した。入力NGSデータとして,各シーケンスはに属し,アラインメントを更新するオルソログを予測した。さらに,ツリー構造の中にその関連配列を記述することにより,系統的な方法で貯蔵したアラインメントを維持することができる。概念を証明するために,我々はWebアプリケーションのプロトタイプを実装した。NGSからのものを含む大規模データの系統発生的解析)システムは,生物学的研究者を助けることが期待される。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： データベース ,  *系統発生 ,  プロトタイプ ,  高速度 ,  遺伝子 ,  *アラインメント ,  ツリー構造 ,  Webアプリケーション ,  オルソログ ,  系統解析 ,  次世代シークエンシング ,  DNA配列 ,  行為
準シソーラス用語： 大規模データ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 音声処理  (JE05000E) ,  図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (4件)： 次世代 ,  アライメント ,  系統発生 ,  解析