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J-GLOBAL ID：201702261649849550   整理番号：17A0492480

B-RAFキナーゼの「DFG-flip」立体配座転移のエネルギーおよび構造解析:SITS分子動力学研究

Energetics and structural characterization of the “DFG-flip” conformational transition of B-RAF kinase: a SITS molecular dynamics study

著者 (5件)： Shao Qiang (Drug Discovery and Design Center, Key Laboratory of Receptor Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, 555 Zuchongzhi Road, Shanghai, 201203, China. [e-mail]) ,  Xu Zhijian ,  Wang Jinan ,  Shi Jiye ,  Zhu Weiliang
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 19  号： 2  ページ： 1257-1267  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： B-RAFタンパク質キナーゼは,悪性黒色腫を治療するための有望な標的である。B-RAFのキナーゼ活性は,機能的DFG-in状態とDFG-out状態との間の「DFG-flip」立体配座転移によって調節した。結晶構造における活性化ループを解明することの困難さ,および高エネルギーレベルの一時的構造を実験的に捕捉することのさらなる困難さにより,B-RAF機能的配座転移の分子メカニズムを理解しにくくする。ここでは,ホモロジーモデリング法とサンプリング改良分子動力学シミュレーションを使用して,多次元自由エネルギー景観におけるB-RAFの立体配座転移経路を同定し,エネルギー的に特性化した。その結果,立体配座転移が,前の文献に報告されているように,評価した自由エネルギー障壁が他の種類のキナーゼと同等であり,2状態の転移であることを明らかにした。立体配座転移を支配し,自由エネルギー障壁を決定するために,活性化ループと隣接するセグメント間の疎水性相互作用を提案した。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST

シソーラス用語： *配座転移 ,  *構造解析 ,  *MAPキナーゼキナーゼキナーゼ ,  *癌タンパク質 ,  分子動力学 ,  試料採取 ,  結晶構造 ,  分子モデル ,  分子構造 ,  計算機シミュレーション ,  自由エネルギー ,  エネルギー解析 ,  ホモロジーモデリング ,  分子動力学シミュレーション ,  *プロトオンコジーンタンパク質B-raf ,  分子機構 ,  計算機利用 ,  利用
準シソーラス用語： *B-rafキナーゼ ,  エネルギー障壁 ,  サンプリング【試料採取】 ,  分子メカニズム ,  *立体配座転移

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： B-rafキナーゼ ,  FLIP ,  立体配座転移 ,  エネルギー ,  構造解析 ,  SITS ,  分子動力学 ,  研究