研究者
J-GLOBAL ID:201001082457174409
更新日: 2025年01月22日 大林 武
オオバヤシ タケシ | Obayashi Takeshi
所属機関・部署: 職名:
教授
ホームページURL (2件): http://db.tohoku.ac.jp/whois/detail/654583dd6714e56d865e4bb6434f09d6.html
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http://db.tohoku.ac.jp/whois/e_detail/654583dd6714e56d865e4bb6434f09d6.html 研究分野 (4件):
生態学、環境学
, 言語学
, 植物分子、生理科学
, ゲノム生物学
研究キーワード (10件):
海洋生物学
, 集団遺伝学
, 計算言語学
, バイオインフォマティクス
, 生命情報科学
, トランスクリプトーム
, 進化生態学
, データベース
, 遺伝子共発現
, 遺伝子ネットワーク
競争的資金等の研究課題 (13件): - 2015 - 現在 組織横断型遺伝子共発現法を用いた細胞間コミュニケーション解析
- 2012 - 現在 遺伝子共発現に基づく生命システム進化学
- 2011 - 現在 微細藻類の遺伝子共発現データベースALCOdbの構築・運用
- 2007 - 現在 動物の遺伝子共発現データベースCOXPRESdbの構築・運用
- 2005 - 現在 植物の遺伝子共発現データベースATTED-II の構築・運用
- 2022 - 2029 植物生殖の鍵分子ネットワーク
- 2021 - 2023 人間活動に伴う植物の短期的適応進化の学際統合的理解
- 2019 - 2022 リファレンストランスクリプトーム構築に基づく遺伝子共発現ネットワーク解析の高度化
- 2017 - 2020 セルロースを繋ぎ換える新規酵素の発見に基づく細胞壁モデルの再考と新規機能解明
- 2014 - 2017 神経幹細胞の増殖とニューロン分化を協調させる新規分子機構
- 2012 - 2017 情報処理空間としての細胞壁高次構造の構築と動態制御
- 2012 - 2017 植物細胞壁の情報処理システム
- 2009 - 2010 シロイヌナズナの遺伝子共発現データベースATTED-IIIの構築
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論文 (54件): -
Kanako Bessho-Uehara, Takeshi Obayashi. Evolutionary approaches for narrowing down the candidate genes from the unannotated gene list. Plant And Cell Physiology. 2025
-
Takeshi Obayashi, Shun Kodate, Himiko Hibara, Yuki Kagaya, Kengo Kinoshita. COXPRESdb v8: an animal gene coexpression database navigating from a global view to detailed investigations. Nucleic Acids Research. 2022. 51. D1. D80-D87
-
Takeshi Obayashi, Himiko Hibara, Yuki Kagaya, Yuichi Aoki, Kengo Kinoshita. ATTED-II v11: A Plant Gene Coexpression Database Using a Sample Balancing Technique by Subagging of Principal Components. Plant & cell physiology. 2022. 63. 6. 869-881
-
Naoki Sato, Takeshi Obayashi. Lipid Pathway Databases with a Focus on Algae. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2021. 2295. 455-468
- Nur A Hidayati, Yui Yamada-Oshima, Masako Iwai, Takashi Yamano, Masataka Kajikawa, Nozomu Sakurai, Kunihiro Suda, Kanami Sesoko, Koichi Hori, Takeshi Obayashi, et al. Lipid remodeling regulator 1 (LRL1) is differently involved in the phosphorus-depletion response from PSR1 in Chlamydomonas reinhardtii. The Plant journal : for cell and molecular biology. 2019. 100. 3. 610-626
もっと見る MISC (34件): -
松前 ひろみ, 神保 宇嗣, 仲里 猛留, 畠山 剛臣, 大林 武. 生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス. JSBi Bioinformatics Review. 2022. 3. 2. 88-114
-
青木裕一, 青木裕一, 大林武, 木下賢吾, 木下賢吾. 遺伝子共発現ネットワークにおけるタンパク質細胞内局在の影響. 日本生化学会大会(Web). 2017. 90th
- 梅津純平, 森宙史, 堀孝一, 大林武, 太田啓之, 黒川顕. 藻類比較ゲノムデータベースAlgaenomeの構築. 日本ゲノム微生物学会年会要旨集. 2016. 10th. 88
- 土多隆雄, 大林武, 木下賢吾. 遺伝子発現量データを利用した表現型の違いに影響を及ぼす遺伝子セットの検出方法の開発. 研究報告バイオ情報学(BIO). 2013. 2013. 7. 1-2
-
Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita. Identification of functional modules in protein networks by near-clique detection. 研究報告バイオ情報学(BIO). 2013. 2013. 4. 1-2
もっと見る 書籍 (6件): - バイオインフォマティクス入門
慶應義塾大学出版会 2015 ISBN:9784766422511
- 実験医学2011年9月増刊号「バイオデータベースとソフトウェアアップデート」
羊土社 2011 ISBN:9784758102902
- ゲノムが拓く生態学-遺伝子の網羅的解析で迫る植物の生きざま
文一総合出版 2011 ISBN:9784829910870
- 実験医学MOOK「トランスポートソーム-生体膜輸送機構の全体像に迫る-基礎、臨床、創薬応用研究の最新成果」
メディカルドゥ 2011 ISBN:4944157495
- Protein function prediction for omics era
Springer Verlag 2010 ISBN:9400708807
もっと見る 講演・口頭発表等 (22件): -
Long-Term Meta-Epigenomic Monitoring Platform to Elucidate Marine Plankton Dynamics in Onagawa Bay, Sanriku Coast
(The 32nd International Plant and Animal Genome Conference (PAG32) 2025)
-
PlanDyO: Long-term Meta-Epigenomic Monitoring Platform to Elucidate Marine Plankton Dynamics in Onagawa Bay, Sanriku Coast.
(the 2nd International Scientific Symposium of CSK-2 2024)
-
Establishing an Epigenomics Research Platform for Marine Plankton in Onagawa Bay:Advancing Ecological Understanding
(1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024)
-
ATTED-II Version 12.0: Plant Gene Coexpression Database with Enhanced SpeciesComparison for Supporting Flowering Plants
(1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024)
-
女川湾のプランクトン動態解明に向けたゲノム解析基盤の整備
(トーゴーの日シンポジウム2024 2024)
もっと見る 学歴 (2件): - 1997 - 2004 東京工業大学 生命理工学研究科
- 1994 - 1997 東京工業大学 生命理工学部
学位 (1件): 経歴 (9件): - 2024/04 - 現在 変動海洋エコシステム高等研究所 沿岸生態系サービス研究ユニット ユニットリーダー
- 2022/10 - 現在 東北大学 大学院情報科学研究科 教授
- 2012/04 - 2022/09 東北大学 大学院情報科学研究科 准教授
- 2009/12 - 2012/03 東北大学大学院情報科学研究科 助教
- 2009/10 - 2009/11 東北大学大学院情報科学研究科 研究支援者
- 2006/04 - 2009/09 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター 学術研究支援員
- 2005/04 - 2006/03 千葉大学大学院薬学研究院 科学技術振興事業団研究員
- 2004/10 - 2005/03 東京工業大学大学院生命理工学研究科 産学官連携研究員
- 2004/04 - 2004/09 東京工業大学大学院生命理工学研究科 研究支援者
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委員歴 (15件): - 2015/04 - 現在 日本バイオインフォマティクス学会 会計幹事
- 2024/04 - 2026/03 日本バイオインフォマティクス学会 理事
- 2023 - 2026 日本植物生理学会 編集実行委員
- 2023/04 - 2025/03 情報処理学会 バイオ情報学研究会幹事
- 2018/04 - 2022/03 日本バイオインフォマティクス学会 理事
- 2017/04 - 2021/03 情報処理学会 バイオ情報学研究会運営委員
- 2011/01 - 2019/12 日本植物生理学会 編集委員
- 2017/04 - 2019/03 日本植物生理学会 広報幹事
- 2014 - 2019 日本植物学会 編集委員
- 2013/04 - 2017/03 日本バイオインフォマティクス学会 理事
- 2012/01 - 2016/03 日本植物生理学会 広報委員
- 2013/04 - 2015/03 日本バイオインフォマティクス学会 評議員
- 2012 - 2014 日本バイオインフォマティクス学会 バイオインフォマティクス技術者認定試験実行委員
- 2010/04 - 2012/03 日本バイオインフォマティクス学会 評議員
- 2009 - 2011 日本バイオインフォマティクス学会 バイオインフォマティクス技術者認定試験試験問題作成協力者
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受賞 (14件): - 2021/03 - 東北大学 総長教育賞
- 2021/02 - 東北大学 全学教育貢献賞
- 2020/03 - 日本植物生理学会 PCP Top Cited Paper Award 2020 ATTED-II in 2016: A Plant Coexpression Database Towards Lineage-Specific Coexpression. Plant Cell Physiol. 57: e5
- 2018/06 - 情報処理学会 バイオ情報学研究会 第54回バイオ情報学研究発表会 優秀プレゼンテーション賞 種固有の遺伝子共発現ネットワーク導出のためのトランスクリプトームスペースの形式化
- 2017/11 - 石田實記念財団 平成29年度研究奨励賞 大規模遺伝子発現データに基づく網羅的遺伝子機能予測法に関する研究
- 2015/04 - 船井情報科学振興財団 2014年度船井学術賞 遺伝子発現量データに基づく遺伝子機能予測手法の開発と大規模実装
- 2015/04 - 文部科学省 平成27年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞 遺伝子発現量データに基づく遺伝子機能の網羅的予測法の研究
- 2014/03 - 日本植物生理学会 2014年度日本植物生理学会奨励賞 遺伝子共発現法に基づく遺伝子機能推定プラットフォームの開発
- 2013/10 - ライフサイエンス統合データベースセンター DBCLSオープン・サイエンス・アワード データベース部門 審査員特別賞, 2013 ATTED-II / COXPRESdb
- 2013/10 - 日本バイオインフォマティクス学会 Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize, 2013 遺伝子共発現法を用いた遺伝子機能予測プラットフォームの開発
- 2013/09 - 日本植物学会 J. Plant Res. Most cited paper award 2013 Coexpression landscape in ATTED-II: usage of gene list and gene network for various types of pathways. (2010) J. Plant Res. 123: 311-319
- 2011/07 - 東北大学加齢医学研究所研究員会 第19回加齢研集談会発表コンテスト 最優秀賞
- 2010/12 - Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB) Award for winning debate team on the 4th AYRCOB
- 2009/09 - 日本植物学会 第6回日本植物学会賞特別賞(技術) シロイヌナズナ遺伝子発現に関する汎用性の高いデータベースの構築
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所属学会 (7件):
日本生態学会
, 生命情報科学若手の会
, 情報処理学会
, 人工知能学会
, 日本植物生理学会
, International Society for Computational Biology
, 日本バイオインフォマティクス学会
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