- 2016 - 2021 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
- 2013 - 2016 「個」のゲノム科学を実現するための統合的技術基盤の開発研究
- 2010 - 2016 ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
- 2010 - 2016 複合適応形質進化の遺伝子基盤解明
- 2008 - 2011 推論による仮説発見とシステム生物学への応用
- 2005 - 2009 比較ゲノム解析による進化・多様性のゲノム基盤の解明支援
- 2005 - 2009 高精度比較ゲノム地図の作成と、それに基づいた比較ゲノム構造解析研究
- 2004 - 2009 生命のシステム的理解に向けたゲノム研究推進のための総合的基盤構築
- 2004 - 2009 比較ゲノム解析による進化・多様性のゲノム基盤の解明
- 2004 - 2009 ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明
- 2002 - 2004 霊長類比較ゲノム解析とヒトへの進化機構の研究
- 2000 - 2004 発生分化システムの多様化と進化の研究
- 1996 - 1997 分裂酵母を用いた、細胞機能の系統的解析システムの開発研究
- 1995 - 1997 日仏ゲノム共同研究
- 1995 - 1995 GTP結合蛋白質の翻訳後修飾による機能発現制御メカニズムに関する研究
- 1994 - 1994 GTP結合蛋白質の翻訳後修飾による機能発現制御メカニズムに関する研究
- 1993 - 1993 GTP結合蛋白質のイソプレニル化による機能制御メカニズムに関する研究
- 1992 - 1993 分裂酵母を用いたGTP結合蛋白質の細胞内局在化と機能制御メカニズムに関する研究
- 1990 - 1990 染色体のバシド構造に依存しないマッピング技術の開発と応用に関する研究
- 1990 - 1990 B型肝炎ウイルスの増殖に関わる因子の研究
- 1989 - 1989 B型肝炎ウイルスの増殖・組込みと肝癌発生との関連
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