研究者
J-GLOBAL ID：201101043857230156   更新日: 2024年11月01日

清水 浩

Shimizu Hiroshi
所属機関・部署：
大阪大学 情報科学研究科

大阪大学 情報科学研究科 について


職名： 教授
ホームページURL (2件)： https://metabolic-engineering.jp/ ,  https://en.metabolic-engineering.jp/
研究分野 (2件)： 生命、健康、医療情報学 ,  バイオ機能応用、バイオプロセス工学
研究キーワード (5件)： 代謝工学 ,  13C代謝フラックス解析 ,  ゲノムスケール代謝シミュレーション ,  実験室進化 ,  機械学習によるタンパク質機能改変
競争的資金等の研究課題 (29件)：
  • 2024 - 2029 気相微生物反応の学理とプロセス構築
  • 2019 - 2024 モデルベース設計を基盤とした指向性進化による高効率細胞プロセス創製の確立と展開
  • 2021 - 2024 微細藻類の変動光に対する光化学系と代謝のシステム解析
  • 2019 - 2022 ゲノムスケールモデルを利用した代謝経路律速点の解消による化成品生産技術の開発
  • 2016 - 2021 新光合成:光エネルギー変換システムの再最適化
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論文 (257件)：
  • Koichiro Ueno, Shogo Sawada, Mai Ishibashi, Yoshiki Kanda, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya. Identification of a novel NADPH generation reaction in the pentose phosphate pathway in Escherichia coli using mBFP. Journal of Bacteriology. 2024
  • Sefli Sri Wahyu Effendi, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu, Chengfeng Xue, I-Son Ng. Utilizing Ribose 1,5-Bisphosphate Isomerase and RuBisCO-Equipped <i>Escherichia coli</i> Nissle for Low-Carbon Footprint GABA Production. ACS Sustainable Chemistry & Engineering. 2024
  • Hiroki Mori, Misato Matsui, Takahiro Bamba, Yoshimi Hori, Sayaka Kitamura, Yoshihiro Toya, Ryota Hidese, Hisashi Yasueda, Tomohisa Hasunuma, Hiroshi Shimizu, et al. Engineering Escherichia coli for efficient glutathione production. Metabolic Engineering. 2024
  • Chinatsu Matsuyama, Taisuke Seike, Nobuyuki Okahashi, Teppei Niide, Kiyotaka Y. Hara, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda. Metabolome analysis of metabolic burden in Escherichia coli caused by overexpression of green fluorescent protein and delta-rhodopsin. Journal of Bioscience and Bioengineering. 2024
  • Hayato Akagi, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya. Multicolor optogenetics for regulating flux ratio of three glycolytic pathways using EL222 and CcaSR in Escherichia coli. Biotechnology and bioengineering. 2023
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MISC (442件)：
  • Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu. Coupling and uncoupling growth and product formation for producing chemicals. Current Opinion in Biotechnology. 2024. 87. 103133-103133
  • 岡橋伸幸, 清水浩, 松田史生, 谷口赳夫. 代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明. 金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点. 2023. 2022
  • 小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 清水浩, 戸谷吉博. 光駆動プロトンポンプを利用した大腸菌の酸耐性の強化と有用物質生産への応用. 日本生物工学会大会講演要旨集. 2023. 75th
  • 岡橋伸幸, 島知輝, 近藤佑哉, 荒木千絵, 辻周真, 澤井茜, 上原ひかる, 河野晋, 清水浩, 高橋智聡, et al. がん培養細胞株における好気的解糖と代謝熱の関連. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2023. 46th
  • 二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩. 酵素の基質特異性決定残基の同定におけるロジスティック回帰モデルの有用性. 日本生物工学会大会講演要旨集. 2023. 75th
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特許 (5件)：
書籍 (17件)：
  • 微生物を用いた有用物質生産技術の開発
    技術情報協会 2024 ISBN:9784867980231
  • 微生物を活用した有用物質の製造技術 第3章化成品原料の生産
    CMC出版 2023 ISBN:9784781317403
  • 光合成 第IV部、3. 光合成のカギとなる段階を探せ
    朝倉書店 2021 ISBN:9784254171761
  • 代謝センシング -健康,食,美容,薬,そして脳の代謝を知る- 第25章培養動物細胞の13C代謝フラックス解析
    シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313504
  • BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 5
    Wiley-VCH 2017
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講演・口頭発表等 (117件)：
  • Metabolic reactivation for efficient microbial productions using optogenetic tools
    (i-BioN 2024)
  • Development of Open-Source Software for Optimal Substrate Label Pattern Suggestion in 13C-Metabolic Flux Analysis.
    (i-BioN 2024)
  • Selection for the functional sequences for improvement of chemical production in cyanobacteria from enormous sequences in the database
    (Asia Pacific Bioinfomatics Joint Conference (APBJC))
  • 酵素のフィードバック阻害の解除に向けたファージ支援連続進化システムの開発
    (化学工学会第55回秋季大会)
  • 代謝経路の速度論モデル構築におけるパラメータ決定の優先順位付け方法
    (化学工学会第55回秋季大会)
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学歴 (2件)：
  • 1990 - 京都大学 工学博士
  • 1989 - 京都大学工学研究科化学工学専攻博士後期課程単位取得退学
学位 (1件)：
  • 工学博士
経歴 (9件)：
  • 2019/04 - 現在 大阪大学 国際共創大学院学位プログラム推進機構「ヒューマンウェアイノベーション博士課程教育プログラム」 部門長、コーディネータ
  • 2003 - 現在 大阪大学 大学院・情報科学研究科 教授
  • 2015/08 - 2019/03 大阪大学 未来戦略機構第四部門「ヒューマンウェアイノベーション博士課程教育プログラム」 部門長、コーディネータ
  • 2011/08 - 2014/03 大阪大学 大学院情報科学研究科 評議員
  • 2007/08 - 2011/08 大阪大学 大学院情報科学研究科
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委員歴 (10件)：
  • 2024/04 - 現在 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 先端国際共同研究推進事業(ASPIRE)研究主幹(Program Officer (PO))
  • 2023 - 現在 公益社団法人 日本生物工学会 理事 副会長
  • 2023 - 現在 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 革新的GX技術創出事業(GteX)バイオものづくり領域 領域アドバイザー
  • 2023 - 2025 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 未来社会創造事業「地球環境課題である低炭素社会の実現」領域研究開発運営会議外部専門家
  • 2022/06 - 2024/03 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 領域アドバイザー(ACT-X研究領域「環境とバイオテクノロジー」)
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受賞 (11件)：
  • 2024/09 - 日本生物工学会 第32回生物工学論文賞
  • 2023/09 - 日本生物工学会 第31回生物工学論文賞
  • 2021/10 - 日本生物工学会 トピックス賞 光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換
  • 2021 - 日本生物工学会 第29回生物工学論文賞
  • 2018/09 - 日本生物工学会 第26回生物工学論文賞
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所属学会 (5件)：
日本農芸化学会 ,  バイオインダストリー協会 ,  日本分子生物学会 ,  化学工学会 ,  日本生物工学会
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