- 2021 - 2024 食習慣と認知機能を繋ぐ健康長寿エピゲノムに基づく『抗認知症食習慣』の提案
- 2022 - 2023 予防を科学する炎症細胞社会学
- 2017 - 2022 単一細胞シークエンスデータに基づく細胞社会学のための情報手法の開発とデータ解析
- 2014 - 2017 霊長類ゲノムをモデルとした塩基配列進化の総合的研究
- 2013 - 2015 Plant genetic loci controlling rhizosphere microbial community composition
- 2011 - 2014 感覚器としての眼の起源と分子進化
- 2005 - 2009 病態のシステム的理解と疾患情報モデルの構築
- 2007 - 2008 渦鞭毛虫のレンズ眼用器官の研究による光受容器としての眼の起源を分子、形態から探る
- 2007 - 2008 糖尿病網膜症に伴う増殖組織の発症進展因子に関するゲノム医科学、疫学的研究
- 2005 - 2007 視聴覚に必須の色素細胞の発生と機能分化に関する遺伝学的研究
- 2004 - 2007 現地共同体制による進化基礎情報の収集と調査
- 2005 - 2005 遺伝子発現比較による生物多様性の分子進化メカニズムの解明
- 2004 - 2005 高等真核生物ゲノムを対象としたNON-CODING領域の機能性配列の解明
- 2002 - 2004 聴覚に必須の内耳色素細胞の発生と機能分化に関する遺伝学的研究
- 1998 - 2000 塩基配列データベースをはじめとする生物学データベースの構築と利用に関する研究
- 1998 - 1999 生物形態の多様性進化に対する分子進化学的研究
- 1997 - 1997 正の自然淘汰の働く遺伝子内領域の推定に基づく遺伝子機能とその変化の予測
- 1995 - 1997 分子進化学的方法論に基づく遺伝子機能予測法の開発
- 1995 - 1997 HlVとC型肝炎ウイルスの分子進化機構の解明
- 1995 - 1997 DNAデーターベースを中心とする生命情報学データベースの構築に関する研究
- 1995 - 1996 タンパク質高次構造に視点を置いた「分子構造系統学」の新展開
- 1995 - 1995 アミノ酸配列のマルチプル・アラインメントからのモチーフの抽出と立体構造との対応
- 1994 - 1994 モザイクタンパク質の進化と機能予測
- 1993 - 1994 病原性ウイルス遺伝子の系統樹解析と機能予測
- 1992 - 1994 DNAデータバンクの運営・拡充に関する研究調査
- 1993 - 1993 蛋白質のドメイン構造からみたプロテアーゼ遺伝子とインヒビター遺伝子の分子進化
- ホメオボックス遺伝子の分子進化
- 遺伝子発現ネトワークの進化
- ドメイン構造からみたセリン・プロテアーゼの分子進化
- Molecular evolution of serine protease as mosaic protein
- Evolution of gene expression retrwork
- Molecular evolution of HomeoBox gene
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