- 2023 - 2026 アカショウジョウバエの低温適応進化における表現型可塑性と自然選択のせめぎあい
- 2021 - 2024 ショウジョウバエの核型進化における染色体融合の適応的意義
- 2017 - 2021 急進的環境適応の遺伝基盤を解明する野外・室内実験進化オミックス
- 2017 - 2020 ショウジョウバエにおけるアキアズミーの遺伝基盤とその進化
- 2015 - 2017 アカショウジョウバエの低温耐性を向上させる遺伝子発現制御の分子機構
- 2014 - 2017 ショウジョウバエの自然免疫系における遺伝子の構造と発現調節による表現形質の進化
- 2012 - 2016 ゲノムから1遺伝子まで網羅的DNA配列情報を使った分子系統解析法の確立 研究課題
- 2012 - 2015 匂い物質結合蛋白質を用いた異所発現系による昆虫の嗅覚・味覚受容体の機能解析
- 2010 - 2012 近縁種ゲノム比較によるマイクロサテライト遺伝子座の進化の研究
- 2011 - 2011 温帯への分布拡大に伴うアカショウジョウバエ適応進化の実験室内再現
- 2008 - 2010 スーパー系統樹解析によるショウジョウバエ属の系統推定と分類体系の改訂
- 2007 - 2008 レトロトランスポゾンの挿入多型と植物ゲノムの多様化の解析
- 2006 - 2008 複合尤度を用いた巨大分子系統樹推定技術の開発
- 2003 - 2005 ミトコンドリアDNAの進化における種分化と異種間浸透の相互作用
- 2000 - 2001 ミトコンドリアDNAの進化における生殖的隔離と地理的隔離の効果
- 1998 - 1999 分子系統学における有用遺伝子の探索:シヨウジヨウバエを用いたアプローチ
- 1997 - 1999 日本産サワガニ自然集団における遺伝的多様性
- 1995 - 1997 遺伝子系統樹・種系統樹デ-タベ-スの開発
- 1994 - 1996 分子進化学的手法によるショウジョウバエ系統関係の解析
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