- 2022 - アメリカ天文学会・高エネルギー宇宙物理分科会 ブルーノ・ロッシ賞
- 2021/03 - 東京大学 東京大学オンライン授業等におけるグッドプラクティス総長表彰
- 2019/04 - 文部科学省 平成31年度科学技術分野の文部科学大臣表彰・若手科学者賞
- 2018/11 - 科学技術・学術政策研究所 科学技術への顕著な貢献 2018(ナイスステップな研究者)
- 2018/03 - 宇宙科学振興会 第10回 (平成29年度) 宇宙科学奨励賞(理学部門) 「超強磁場中性子星マグネターに関する研究:観測上の多様な振舞いの統一理解と将来観測実験の推進」
- 2017/12 - The Physics World Top 10 Breakthrough 2017 for Enoto et al., Nature (2017) "Photonuclear reactions triggered by lightning discharge"
- 2016/11 - 京都大学 第4回 学際研究着想コンテスト2016 最優秀賞 「旅する科学絵本プロジェクト -科学の感動はコトバなしでも成り立つか?」
- 2016/06 - パナソニック社 Wonder SEVEN Pitch イベント "Best Wonder Pitch" 賞 宇宙の渚にオープンサイエンスで挑む
- 2016/02 - 京都大学 宇宙ユニットシンポジウム「宇宙にひろがる人類文明の未来2016」 宇宙ユニット賞 「雷雲は天然の粒子加速器か?宇宙の渚の高エネルギー現象を追え!」
- 2011/03 - 日本物理学会 第6回 若手奨励賞宇宙線・宇宙物理領域 for Enoto et al. The Astrophysical Journal Letters (2010), “Broadband Study with Suzaku of the Magnetar Class”
- 2007/03 - 東京大学大学院 理学部・理学系研究科 第1回 研究奨励賞 (修士の部) 「雷雲電場における粒子加速の観測的研究」(修士論文)
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