- 2024 - 2028 外来魚が水中に放出する化学物質が在来生態系を崩壊させる: 新仮説検証と物質同定
- 2024 - 2027 血中循環ヌクレオソーム結合DNAにおける大腸癌関連遺伝子及びエピゲノムの網羅的解析
- 2024 - 2027 腸内細菌叢異常はHIV感染者の認知フレイル発症を加速させるのか?
- 2023 - 2027 全生物的な環境DNA相関に基づく革新的な生物間の相互関係研究と基盤創出
- 2021 - 2027 マングローブ生態系の全球的生物多様性観測の完成に向けた国際共同研究
- 2022 - 2026 行動群集生態学アプローチによる適応荷重理論の実証研究
- 2022 - 2025 衛星画像と環境DNAによる尖閣諸島魚釣島の野生化ヤギの影響の評価の試み
- 2020 - 2023 環境DNAバンク:動植物相から病原細菌までトランスキングダムなDNA同時分析試行
- 2016 - 2020 沖縄のコウモリに関与する感染症生態学の高感度網羅的遺伝子探索による解析
- 2017 - 2019 パン・アニマリア環境DNA分析による希少・外来動物の検出評価システム構築
- 2015 - 2017 環境DNAから魚類多様性/新種探索解析を行う総合プラットフォームの開発
- 2014 - 2017 データ主導型・発見探索型アプローチによる中・深層性魚類の起源と多様化の解明
- 2012 - 2016 核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けて:相同遺伝子選定パイプラインの構築
- 2010 - 2011 ゲノム機能研究の比較解析基盤を提供する重要魚類の機能性RNA大量配列決定
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