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研究者
J-GLOBAL ID:201401002814332480   更新日: 2025年02月19日

山田 拓司

ヤマダ タクジ | Yamada Takuji
所属機関・部署:
職名: 准教授
ホームページURL (1件): http://kaken.nii.ac.jp/d/r/10437262.ja.html
研究分野 (1件): ゲノム生物学
研究キーワード (5件): バイオインフォマティクス ,  腸内細菌 ,  代謝ネットワーク ,  酵素 ,  応用微生物
競争的資金等の研究課題 (6件):
  • 2022 - 2028 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
  • 2022 - 2026 遺伝的素因、生活習慣、腸内細菌叢の多面的解析に基づく前立腺癌の早期診断戦略の構築
  • 2016 - 2021 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
  • 2014 - 2017 メタゲノム解析による切迫早産例、子宮内膜症例における腟内ならびに腸内細菌叢の解析
  • 2013 - 2016 ヒト腸内細菌叢代謝機構の解明
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論文 (93件):
  • Koichi Higashi, Zenichi Nakagawa, Takuji Yamada, Hiroshi Mori. Automated Harmonization and Large-Scale Integration of Heterogeneous Biomedical Sample Metadata Using Large Language Models. 2024
  • Sayaka Mizutani, Ayako Tamaki, Satoshi Shiba, Felix Salim, Masayoshi Yamada, Hiroyuki Takamaru, Takeshi Nakajima, Naohisa Yoshida, Shoko Ikuta, Tatsuo Yachida, et al. Dynamics of the gut microbiome in FAP patients undergoing intensive endoscopic reduction of polyp burden. Gut. 2024. gutjnl-2024
  • Hirotsugu Shiroma, Youssef Darzi, Etsuko Terajima, Zenichi Nakagawa, Hirotaka Tsuchikura, Naoki Tsukuda, Yuki Moriya, Shujiro Okuda, Susumu Goto, Takuji Yamada. Enteropathway: the metabolic pathway database for the human gut microbiota. Briefings in bioinformatics. 2024. 25. 5
  • Felix Salim, Sayaka Mizutani, Satoshi Shiba, Hiroyuki Takamaru, Masayoshi Yamada, Takeshi Nakajima, Tatsuo Yachida, Tomoyoshi Soga, Yutaka Saito, Shinji Fukuda, et al. Fusobacterium species are distinctly associated with patients with Lynch Syndrome colorectal cancer. iScience. 2024. 110181-110181
  • Nobuhiro Narii, Ling Zha, Tomotaka Sobue, Tetsuhisa Kitamura, Masayo Komatsu, Yoshimitsu Shimomura, Satoshi Shiba, Sayaka Mizutani, Takuji Yamada, Shinichi Yachida. Intestinal Bacteria Fluctuating in Early-Stage Colorectal Cancer Carcinogenesis are Associated with Diet in Healthy Adults. Nutrition and cancer. 2024. 1-8
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MISC (64件):
  • 城間博紹, 山田拓司. 腸内デザインに向けた代謝物質の機能理解 腸内細菌群集の網羅的代謝機能データベース. 生化学. 2023. 95. 4
  • 森宙史, 藤澤貴智, 東光一, 中村保一, 山田拓司, 松井求, 内山郁夫. マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指したMicrobiome Datahubの開発. 日本細菌学雑誌(Web). 2023. 78. 1
  • 藤澤 貴智, 平川 英樹, 守屋 勇樹, 信定 知江, 金谷 重彦, 有田 正規, 田畑 哲之, 磯部 祥子, 東 光一, 中村 保一, et al. MicrobeDB.jpからMicrobiome Datahubへ: 微生物・植物・メタボロームのデータ統合と統合微生物データベースの再構築. トーゴーの日2022. 2022. 1
  • 森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕. 微生物統合データベースMicrobeDB.jpを用いたマイクロバイオーム研究への応用. 日本ゲノム微生物学会年会要旨集. 2022. 16th (Web)
  • 森 宙史, 藤澤 貴智, 西出 浩世, 矢口 貴志, 高橋 弘喜, 中川 善一, 山田 拓司, 内山 郁夫, 中村 保一, 黒川 顕. 微生物統合データベースMicrobeDB.jpと微生物群集解析. トーゴーの日2021. 2021. 1
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経歴 (5件):
  • 2016/04 - 現在 東京工業大学 生命理工学院 准教授
  • 2013/04 - 2016/03 東京工業大学 大学院・生命理工学研究科 講師
  • 2010/04 - 2012/03 EMBL Senior Technical Officer
  • 2007/04 - 2010/03 EMBL Postdoctoral Fellow
  • 2006/04 - 2007/03 京都大学 化学研究所 特任助手
※ J-GLOBALの研究者情報は、researchmapの登録情報に基づき表示しています。 登録・更新については、こちらをご覧ください。

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