- 2023 - 2026 希少海産魚アカメの局所個体群は孤立化していないか-「現在」の移住率を血縁から探る
- 2020 - 2023 リュウキュウアユのゲノミクスで探る絶滅危惧魚類の存続に不可欠な遺伝的特性
- 2020 - 2023 アカメは“いま”何個体いるのか?-マルチコホートCKMR法による個体数推定
- 2020 - 2023 淡水魚類の保全ゲノミクス:自然史と危機診断を結ぶ枠組みの構築
- 2019 - 2021 宿主操作の分子・神経メカニズムから解き明かす生態系のエネルギー流
- 2018 - 2021 フェロモン認識・受容機構の進化的変遷から探る魚類の繁殖行動の多様性と進化
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- 2017 - 2020 遺伝的多様性は種の存続のために必要か?-長生きのヘビースモーカーのゲノム分析
- 2017 - 2020 古代湖・琵琶湖における湖沼適応の起源と集団ゲノミクス
- 2016 - 2020 統合失調症と双極性障害の間に何があるのか?全ゲノムシーケンスによる遺伝的解明
- 2016 - 2019 遺伝性・季節変動性を示す消化管の長さを規定するDNA変異及びメチル化領域の探索
- 2013 - 2017 種間交雑が可能なタナゴ亜科魚類2種を用いた種分化の遺伝的メカニズムの解明
- 2011 - 2014 魚貝類の毒化機構を毒結合タンパク質の機能・進化から解明する
- 2010 - 2011 遺伝的に異なる近交系メダカ2系統を用いた嗅覚の適応進化メカニズムの解析
- 2008 - 2011 次世代ミトコンドリアゲノミクスによるヤモリ類の系統解析
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