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研究者
J-GLOBAL ID：201801008145626624   更新日: 2025年02月26日

岩橋 千草

イワハシ チグサ | Iwahashi Chigusa
所属機関・部署：
特定国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター

特定国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター について


職名： 上級技師
ホームページURL (2件)： https://cbp.riken.jp/member/profile/chigusa_kobayashi/ ,  https://cbp.riken.jp/en/member/profile/chigusa_kobayashi/
研究分野 (2件)： 生物物理学 ,  ソフトウェア
研究キーワード (3件)： 分子動力学 ,  計算科学 ,  生物物理
競争的資金等の研究課題 (3件)：
  • 2023 - 2026 分子動力学法ソフトウェアの性能情報公開の計算基盤構築
  • 2016 - 2019 生体反応とカップルする大規模構造変化のためのマルチレゾリューション法構築
  • 1998 - 2000 水中のプロトン移動のダイナミックスに関する理論的研究
論文 (34件)：
  • Jaewoon Jung, Kiyoshi Yagi, Cheng Tan, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Isseki Yu, Yasuhiro Matsunaga, Chigusa Kobayashi, Shingo Ito, Diego Ugarte La Torre, et al. GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models. The Journal of Physical Chemistry B. 2024. 128. 25. 6028-6048
  • Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Yuji Sugita. Acceleration of generalized replica exchange with solute tempering simulations of large biological systems on massively parallel supercomputer. Journal of Computational Chemistry. 2023
  • Yuxia Zhang, Chigusa Kobayashi, Xiaohan Cai, Satoshi Watanabe, Akihisa Tsutsumi, Masahide Kikkawa, Yuji Sugita, Kenji Inaba. Multiple sub-state structures of SERCA2b reveal conformational overlap at transition steps during the catalytic cycle. Cell reports. 2022. 41. 10. 111760-111760
  • Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Diego Ugarte La Torre, Shoji Takada, Yuji Sugita. Implementation of residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations. PLOS Computational Biology. 2022. 18. 4. e1009578-e1009578
  • Hisham M. Dokainish, Suyong Re, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yuji Sugita. The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein. ELIFE. 2022. 11
もっと見る
MISC (3件)：
  • 小林千草, 松永康佑, Jaewoon Jung, 杉田有治. 筋小胞体カルシウムポンプにおける構造変化と自由エネルギー解析. 生物物理. 2022. 62. 5. 298-300
  • 小林千草. 分子動力学法ソフトウェアGENESIS の紹介. 分子シミュレーション学会誌 “アンサンブル”. 2022. 24. 1. 51-59
  • 小林 千草. GENESIS を使ったタンパク質分子動力学法計算. 蛋白質科学会アーカイブ. 2018. 11. e091
Works (1件)：
  • GENESIS
    Y. Sugita, J. Jung, T. Mori, C. Kobabayashi, Y. Matsunaga, T. Yoda, M. Feig 2014 -
学歴 (3件)：
  • 1998 - 2000 名古屋大学大学院 理学研究科 博士課程後期課程
  • 1996 - 1998 名古屋大学大学院 理学研究科 博士課程前期課程
  • 1992 - 1996 名古屋大学 理学部 化学科
学位 (1件)：
  • 博士(理学) (名古屋大学)
経歴 (8件)：
  • 2024/04 - 現在 特定国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター 上級技師
  • 2020/10 - 2024/03 特定国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター 技師
  • 2018/04 - 2020/09 理化学研究所 計算科学研究センター 研究員
  • 2013/04 - 2018/03 理化学研究所 計算科学研究機構 研究員
  • 2011/04 - 2013/03 理化学研究所 協力研究員
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委員歴 (2件)：
  • 2021/04 - 2024/03 分子シミュレーション学会 幹事会
  • 2019/01 - 2020/12 日本生物物理学会 「生物物理」会誌編集委員
所属学会 (6件)：
バイオスーパーコンピューティング研究会 ,  分子科学会 ,  日本蛋白質科学会 ,  日本化学会 ,  日本生物物理学会 ,  分子シミュレーション学会
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