- 2022 - 2025 系統特異的レトロトランスポゾンによる遺伝子発現の種間差の創出機構
- 2022 - 2024 グアニン四重鎖によるレトロトランスポゾン転移制御メカニズムの解明
- 2022 - 2024 絶滅動物の進化ダイナミクス研究の革新的展開に向けた堆積物古代DNA解析法の確立
- 2020 - 2023 古代DNA研究が切り開く更新世の絶滅大型哺乳類の解明
- 2019 - 2022 脊椎動物における味覚受容体TAS1Rの新規レパートリーの機能解明
- 2017 - 2022 哺乳類の転移因子がもたらした形態形成遺伝子の発現制御システムの探索
- 2014 - 2018 冥王代類似環境微生物
- 2014 - 2017 大進化の分子機構の解明
- 2014 - 2017 レトロポゾンが関与する脳梁形成メカニズムの解明
- 2009 - 2013 新種の出現:種分化と大進化の分子機構
- 2011 - 2012 大脳新皮質形成に関わる発現制御機構
- 2010 - 2011 レトロポゾンを指標とした鳥類スズメ目、猛禽類、ツル目の系統的起源の解明
- 2009 - 2009 生物多様性獲得の分子機構
- 2007 - 2009 ポストゲノム時代における分子系統樹推定法の研究
- 2007 - 2007 全ゲノムデータを基盤とする大規模な遺伝子情報を指標とした霊長類の系統的起源の解明
- 2007 - 2007 レトロポゾンの挿入を指標とした霊長類の系統的起源の解明
- 2003 - 2004 散在性反復配列SINEの挿入を指標としたAfrotheria内部の系統解析
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