ハプロタイプブロック決定方法、そのシステム、およびそのプログラム

発明者： , ,
出願人/特許権者： ,
代理人 (1件)：池田憲保
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2004-246205
公開番号（公開出願番号）：特開2006-065529
出願日： 2004年08月26日
公開日（公表日）： 2006年03月09日
要約：

【課題】連鎖不平衡係数がアレル頻度と累積ハプロタイプ頻度の関係で表せ、この尺度を用いることで、ハプロタイプブロックの決定が効率的に行える対応を可能とする。【解決手段】ある集団について、各々が遺伝子上に近接して存在する複数のSNPの組からなる複数のハプロタイプにおける、特定のハプロタイプの頻度に関しての和である累積ハプロタイプ頻度による、その集団内におけるハプロタイプのうち一定割合を表現できるハプロタイプブロックの決定は、2座位に関して累積ハプロタイプ頻度とSNPのアレル頻度との関係から連鎖不平衡係数を計算し、累積ハプロタイプ頻度と連鎖不平衡係数との関係からハプロタイプブロックを決定するための最小単位である単位ブロックを決定し、単位ブロックを代表するSNPであるht-SNP同士のハプロタイプ頻度の偏りを判定することによる。【選択図】図2

請求項（抜粋）：

コンピュータシステムを用いて、ある集団についての、各々が遺伝子上に近接して存在する複数のSNPの組からなる複数のハプロタイプにおける、特定のハプロタイプの頻度に関しての和である累積ハプロタイプ頻度によってその集団内におけるハプロタイプのうち一定の割合を表現できるハプロタイプブロックを決定する方法であって、 2座位に関して前記累積ハプロタイプ頻度と前記SNPのアレル頻度の関係から連鎖不平衡係数を計算するステップと、前記累積ハプロタイプ頻度と前記連鎖不平衡係数の関係から前記ハプロタイプブロックを決定するための最小単位である単位ブロックを決定するステップと、前記単位ブロックを代表するSNPであるht-SNP同士の前記ハプロタイプ頻度の偏りを判定することによって前記ハプロタイプブロックを決定するステップとを含むことを特徴とするハプロタイプブロック決定方法。

IPC (1件)：

G06F 19/00

FI (1件)：

G06F19/00 600

引用特許：

出願人引用 (4件)

一塩基多型タイピング方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2002-019752 出願人：理化学研究所
疾患関連SNPの検出方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2000-246469 出願人：株式会社ファルマデザイン
一塩基多型の型を判定する方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2001-083704 出願人：オリンパス光学工業株式会社

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