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J-GLOBAL ID：201302253546394964   整理番号：13A1023408

分割統治法に基づく巨大分子の励起状態計算への新規アプローチ:光活性黄色蛋白質への適用

Novel Approach to Excited-State Calculations of Large Molecules Based on Divide-and-Conquer Method: Application to Photoactive Yellow Protein

著者 (6件)： YOSHIKAWA Takeshi (Waseda Univ., Tokyo, JPN) ,  KOBAYASHI Masato (Waseda Univ., Tokyo, JPN) ,  FUJII Atsuhiko (Waseda Univ., Tokyo, JPN) ,  NAKAI Hiromi (Waseda Univ., Tokyo, JPN) ,  NAKAI Hiromi (JST-CREST, Saitama, JPN) ,  NAKAI Hiromi (Kyoto Univ., Kyoto, JPN)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 117  号： 18  ページ： 5565-5573  発行年： 2013年05月09日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ここでは,巨大分子系の励起状態計算を可能にするため,配置間相互作用単一時間依存密度汎関数及び対称適応クラスタ配置間相互作用(SACCI)理論に分割統治(DC)法を拡張した。SACCI理論に基づく励起状態計算は生体分子系から選出された活性部位モデルを用いて光活性生体分子系の機構を成功裡に説明し,予測することができる。DCに基づく励起状態理論において,励起サブシステムとしてある種のサブシステムを選出し励起状態計算を経由して解析した。最初に,発色団または色素を含むサブシステムのモデル事例として明示水モデルにおけるホルムアルデヒド,すなわちH₂CO+16H₂O及び共役アルデヒド,すなわちC₁₆H₁₇CHOに関する試験計算はDC法の精度と有効性を実証した。方法の効率を実証するため,光活性黄色蛋白質(PYP)のπ-π^*励起状態を計算した。PYPへの数値適用はDC-SACCI法が高精度を維持しながら励起状態計算を著しく加速した。

シソーラス用語： *細菌タンパク質 ,  光受容体 ,  高分子 ,  *励起状態 ,  *発色団 ,  活性部位 ,  水モデル ,  有効性 ,  配置間相互作用 ,  密度汎関数法 ,  時間依存性 ,  分割統治法 ,  励起エネルギー ,  基底関数系 ,  精度 ,  脂肪族アルデヒド
準シソーラス用語： サブシステム ,  巨大分子 ,  計算精度 ,  光活性黄色蛋白質 ,  時間依存密度汎関数法 ,  生体分子

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (2件)： ホルムアルデヒド ,  2,4,6,8,10,12,14,16-ヘプタデカオクタエナール

タイトルに関連する用語 (5件)： 分割統治法 ,  巨大分子 ,  励起状態 ,  計算 ,  光活性黄色蛋白質