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研究者
J-GLOBAL ID:201401043556003083   更新日: 2024年12月11日

山守 優

Yamamori Yu
クリップ
研究分野 (1件): 生物物理学
研究キーワード (2件): タンパク質 ,  分子動力学シミュレーション
競争的資金等の研究課題 (9件):
  • 2023 - 2025 新しい分子モータータンパク質の創生を目指したボトムアッ プアプローチ
  • 2022 - 2023 ボトムアップアプローチによる分子モータータンパク質の機能改変
  • 2021 - 2022 アンサンブル再重み付け法を用いた実験データと計算機シミュレーションデータの融合による熱力 学量の高精度推
  • 2021 - 2022 ナトリウム輸送型EhVATPaseの動的分子機構の解明
  • 2019 - 2020 CENP-T 天然変性領域の翻訳後修飾が結合機構へ及ぼす影響の研究
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論文 (17件):
  • Yuko Tsuchiya, Tomoki Yonezawa, Yu Yamamori, Hiroko Inoura, Masanori Osawa, Kazuyoshi Ikeda, Kentaro Tomii. PoSSuM v.3: A Major Expansion of the PoSSuM Database for Finding Similar Binding Sites of Proteins. Journal of Chemical Information and Modeling. 2023. 63. 23. 7578-7587
  • Hironori Takeda, Jon V. Busto, Caroline Lindau, Akihisa Tsutsumi, Kentaro Tomii, Kenichiro Imai, Yu Yamamori, Takatsugu Hirokawa, Chie Motono, Iniyan Ganesan, et al. A multipoint guidance mechanism for beta-barrel folding on the SAM complex. NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY. 2023
  • Yuko Tsuchiya, Yu Yamamori, Kentaro Tomii. Protein-protein interaction prediction methods: from docking-based to AI-based approaches. Biophysical reviews. 2022. 14. 6. 1341-1348
  • Keisuke Kimura, Fumihiro Kawai, Hisako Kubota-Kawai, Yasunori Watanabe, Kentaro Tomii, Rieko Kojima, Kunio Hirata, Yu Yamamori, Toshiya Endo, Yasushi Tamura. Crystal structure of Tam41 cytidine diphosphate diacylglycerol synthase from a Firmicutes bacterium. Journal of biochemistry. 2022. 171. 4. 429-441
  • Yu Yamamori, Kentaro Tomii. Application of Homology Modeling by Enhanced Profile-Profile Alignment and Flexible-Fitting Simulation to Cryo-EM Based Structure Determination. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. 2022. 23. 4
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MISC (5件):
  • 山守 優. CENP-T 天然変性領域の翻訳後修飾が結合機構へ及ぼす影響の研究. スーパーコンピューティングニュース. 2021. 23. 1
  • 山守 優. タンパク質-リガンド複合体への共溶媒効果の系統的解析. スーパーコンピューティングニュース. 2019. 21. 1. 27-32
  • 山守 優. タンパク質フォールディング駆動力の確率的解析. 広報. 2018. 17. 1. 30-31
  • 山守 優. MuSTAR MD に基づくタンパク質構造変化の自由エネルギー経路計算手法の確立と応用. 広報. 2017. 16. 1. 34-35
  • 山守 優. MuSTAR MD: Temperature Accelerated Molecular Dynamics とレプリカ交換法を用いたタンパク質構造空間の効率的サンプリング手法. 新学術領域研究「柔らかな分子系」ニュースレター. 2015. 7. 14-14
書籍 (1件):
  • AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド : 今日からできる!構造データの基本操作から相互作用の推定、タンパク質デザインまで
    羊土社 2024 ISBN:9784758122764
講演・口頭発表等 (64件):
  • 異常検知による分子シミュレーションデータからの重要因子の同定手法
    (第 24 回日本蛋白質科学会年会 2024)
  • モデリング・シミュレーションを用いたミトコンドリアトランスローケータの構造・機能解析
    (AMED BINDS第二回インシリコユニット進捗会議 2023)
  • 粗視化MDを用いた Porin 多量体を介した脂質スクランブリングの研究
    (2023年度オルガ ネラ研究会リトリートAMED CREST遠藤グループ研究発表会 2023)
  • 分子動力学シミュレーションのスパースな表現に基づく重要因子の同定手法
    (次世代若手研究者による応用計算・理論化学研究会 2023)
  • ヒトに感染するコロナウイルス蛋白質の配列・構造情報に基づく比較解析
    (第23回日本蛋白質科学会年会 2023)
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Works (2件):
  • High Performance Computing のための Fortran-分子シミュレーションを例 にして 第二版
    山守 優, 松林 伸幸 2019 -
  • High Performance Computing のための Fortran-分子シミュレーションを例 にして
    山守 優, 松林 伸幸 2016 -
学歴 (3件):
  • 2009 - 2013 東京大学大学院 新領域研究科博士後期課程 情報生命科学
  • 2007 - 2009 東京理科大学大学院 理学研究科博課程前期 化学研究科
  • 2003 - 2007 東京理科大学 理学部 化学科
経歴 (4件):
  • 2020/04/01 - 産業技術総合研究所 人工知能研究センター 研究員
  • 2018/01/01 - 2020/03/31 産業技術総合研究所 人工知能研究センター 特任研究員
  • 2015/04/01 - 2017/12/31 大阪大学 基礎工学研究科 特任研究員
  • 2014/01/01 - 2015/03/31 東京大学 分子細胞生物学研究所 特任研究員
受賞 (2件):
  • 2014/04/26 - 第14 回東京大学生命科学シンポジウム 優秀ポスター賞 A New Free Energy Calculation Method using Multi-scale Simulation for Investigating the Mechanism of Conformational Change of Biomolecule
  • 2012/11/26 - 分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞受賞 MUSTERMD : Temperature Accelerated MD とReplica 交換法を用 いたMulti Scale サンプリング手法の開発
所属学会 (4件):
CBI(シービーアイ)学会 ,  日本蛋白質科学会 ,  日本生物物理学会 ,  分子シミュレーション研究会
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