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J-GLOBAL ID：201602255141232042   整理番号：16A1324493

異質四倍体アフリカツメガエルのゲノム進化

Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis

著者 (84件)： Adam M. Session (Univ. California, Berkeley, California, USA) ,  LYONS Jessica B. (Univ. California, Berkeley, California, USA) ,  MITROS Therese (Univ. California, Berkeley, California, USA) ,  DICHMANN Darwin S. (Univ. California, Berkeley, California, USA) ,  HARLAND Richard M. (Univ. California, Berkeley, California, USA) ,  ROKHSAR Daniel S. (Univ. California, Berkeley, California, USA) ,  Adam M. Session (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  CHAPMAN Jarrod A. (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  HELLSTEN Uffe (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  SHU Shengquiang (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  CARLSON Joseph (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  JENKINS Jerry (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  GRIMWOOD Jane (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  SCHMUTZ Jeremy (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  ROKHSAR Daniel S. (US Dep. of Energy Joint Genome Inst., California, USA) ,  Yoshinobu Uno (Nagoya Univ., Aichi, JPN) ,  MATSUDA Yoichi (Nagoya Univ., Aichi, JPN) ,  Taejoon Kwon (Univ. Texas at Austin, Texas, USA) ,  MARCOTTE Edward M. (Univ. Texas at Austin, Texas, USA) ,  WALLINGFORD John B. (Univ. Texas at Austin, Texas, USA) ,  Taejoon Kwon (Ulsan National Inst. of Sci. and Technol., Ulsan, KOR) ,  Atsushi Toyoda (National Inst. of Genetics, Shizuoka, JPN) ,  FUJIYAMA Asao (National Inst. of Genetics, Shizuoka, JPN) ,  Shuji Takahashi (Hiroshima Univ., Hiroshima, JPN) ,  SUZUKI Atsushi (Hiroshima Univ., Hiroshima, JPN) ,  Akimasa Fukui (Hokkaido Univ., Sapporo, JPN) ,  Akira Hikosaka (Hiroshima Univ., Hiroshima, JPN) ,  Mariko Kondo (Univ. Tokyo, Kanagawa, JPN) ,  VAN HEERINGEN Simon J. (Radboud Univ., Nijmegen, NLD) ,  GEORGIOU Georgios (Radboud Univ., Nijmegen, NLD) ,  PARANJPE Sarita S. (Radboud Univ., Nijmegen, NLD) ,  VAN KRUIJSBERGEN Ila (Radboud Univ., Nijmegen, NLD) ,  VEENSTRA Gert Jan C. (Radboud Univ., Nijmegen, NLD) ,  Ian Quigley (Salk Inst., California, USA) ,  Sven Heinz (Salk Inst. for Biological Studies, California, USA) ,  Hajime Ogino (Nagahama Inst. of Bio-Sci. and Technol., Shiga, JPN) ,  Haruki Ochi (Yamagata Univ. Fac. of Medicine, Yamagata, JPN) ,  Oleg Simakov (Okinawa Inst. of Sci. and Technol. Graduate Univ., Okinawa, JPN) ,  ROKHSAR Daniel S. (Okinawa Inst. of Sci. and Technol. Graduate Univ., Okinawa, JPN) ,  Nicholas Putnam (Dovetail Genomics LLC. Santa Cruz, California, USA) ,  STITES Jonathan (Dovetail Genomics LLC. Santa Cruz, California, USA) ,  Yoko Kuroki (NCCHD, Tokyo, JPN) ,  Toshiaki Tanaka (Tokyo Inst. of Technol., Yokohama, JPN) ,  Tatsuo Michiue (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  Minoru Watanabe (Tokushima Univ., Tokushima, JPN) ,  Ozren Bogdanovic (Univ. Western Australia, Western Australia, AUS) ,  LISTER Ryan (Univ. Western Australia, Western Australia, AUS) ,  Tsutomu Kinoshita (Rikkyo Univ., Tokyo, JPN) ,  Yuko Ohta (Univ. Maryland, Maryland, USA) ,  FLAJNIK Martin F. (Univ. Maryland, Maryland, USA) ,  Shuuji Mawaribuchi (Kitasato Univ., Tokyo, JPN) ,  Jerry Jenkins (HudsonAlpha Inst. of Biotechnology, Alabama, USA) ,  GRIMWOOD Jane (HudsonAlpha Inst. of Biotechnology, Alabama, USA) ,  SCHMUTZ Jeremy (HudsonAlpha Inst. of Biotechnology, Alabama, USA) ,  Sahar V. Mozaffari (Univ. Chicago, Illinois, USA) ,  Yutaka Suzuki (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  Yoshikazu Haramoto (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Ibaraki, JPN) ,  ITO Yuzuru (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Ibaraki, JPN) ,  ASASHIMA Makoto (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Ibaraki, JPN) ,  Takamasa S. Yamamoto (National Inst. for Basic Biology, Aichi, JPN) ,  TAKAGI Chiyo (National Inst. for Basic Biology, Aichi, JPN) ,  UENO Naoto (National Inst. for Basic Biology, Aichi, JPN) ,  Rebecca Heald (Univ. California, Berkeley, California, USA) ,  MILLER Kelly (Univ. California, Berkeley, California, USA) ,  Christian Haudenschild (Illumina Inc., California, USA) ,  Jacob Kitzman (Univ. Washington, Seattle Washington, USA) ,  SHENDURE Jay (Univ. Washington, Seattle Washington, USA) ,  Takuya Nakayama (Univ. Virginia, Virginia, USA) ,  Yumi Izutsu (Niigata Univ., Niigata, JPN) ,  Jacques Robert (Univ. Rochester Medical Center, New York, USA) ,  Joshua Fortriede (Cincinnati Children’s Res. Foundation, Ohio, USA) ,  BURNS Kevin (Cincinnati Children’s Res. Foundation, Ohio, USA) ,  ZORN Aaron M. (Cincinnati Children’s Res. Foundation, Ohio, USA) ,  Vaneet Lotay (Univ. Calgary, Alberta, CAN) ,  KARIMI Kamran (Univ. Calgary, Alberta, CAN) ,  VIZE Peter D. (Univ. Calgary, Alberta, CAN) ,  Yuuri Yasuoka (Okinawa Inst. of Sci. and Technol. Graduate Univ., Okinawa, JPN) ,  Douglas W. Houston (Univ. Iowa, Iowa, USA) ,  Louis DuPasquier (Univ. Basel, Basel, CHE) ,  Michihiko Ito (Kitasato Univ., Kanagawa, JPN) ,  Naoto Ueno (SOKENDAI (Graduate Univ. for Advanced Studies), Aichi, JPN) ,  Asao Fujiyama (National Inst. of Informatics, Tokyo, JPN) ,  Asao Fujiyama (SOKENDAI (Graduate Univ. for Advanced Studies), Shizoka, JPN) ,  Masanori Taira (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN)
資料名： Nature (London)  (Nature (London))
巻： 538  号： 7625  ページ： 336-343  発行年： 2016年10月20日 
JST資料番号： D0193B  ISSN： 0028-0836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アフリカツメガエル(Xenopus laevis)の四倍性の起源およびそれにより生じた結果を調べるため,我々はそのゲノムの塩基配列を解読し,それを二倍体の近縁種ネッタイツメガエル(X.tropicalis)のゲノムと比較した。X.laevisのゲノムは,異なるファミリーの「化石」転位因子を指標として,2つの同祖的サブゲノムに分割でき,それにより異質四倍体の起源が明らかになった。これらの転位因子の活性および数百個の単一偽遺伝子(偽遺伝子化した同祖遺伝子)の年齢に基づき,2つの二倍体祖先種が約3400万年前に分岐し,約1800~1700万年前に交雑して異質四倍体を形成したと推定された。全遺伝子の56%超が2つの同祖的遺伝子として保持されていた。タンパク質の機能,遺伝子発現,および遺伝子に隣接した保存配列の量は,いずれも遺伝子の保持率と相関していた。これらのサブゲノムの進化は非対称的であり,一方の染色体セットでは祖先的状態がより高頻度で保持されているのに対し,もう一方には遺伝子の喪失,欠失,再編成,および発現の抑制がより多く起こっていた。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *アフリカツメガエル ,  *分子進化 ,  四倍体 ,  *ピパ科 ,  偽遺伝子 ,  *ゲノム進化 ,  転移因子 ,  *ネッタイツメガエル ,  遺伝子 ,  ゲノム
準シソーラス用語： 転移性遺伝要素 ,  *Xenopus tropicalis ,  *Xenopus laevis ,  異質四倍体

分類 (1件)： 進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (2件)： アフリカツメガエル ,  ゲノム進化