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J-GLOBAL ID：201902267465162265   整理番号：19A0791366

Mendelian病における複雑な構造変異体: 短および長読みゲノム配列決定を用いた同定および切断点分解能【JST・京大機械翻訳】

Complex structural variants in Mendelian disorders: identification and breakpoint resolution using short- and long-read genome sequencing

著者 (39件)： Sanchis-Juan Alba (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Sanchis-Juan Alba (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Stephens Jonathan (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Stephens Jonathan (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  French Courtney E. (Department of Paediatrics, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Gleadall Nicholas (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Gleadall Nicholas (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Megy Karyn (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Megy Karyn (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Penkett Christopher (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Penkett Christopher (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Shamardina Olga (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Shamardina Olga (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Stirrups Kathleen (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Stirrups Kathleen (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Delon Isabelle (Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Dewhurst Eleanor (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Dewhurst Eleanor (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Dolling Helen (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Dolling Helen (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Erwood Marie (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Erwood Marie (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Grozeva Detelina (Department of Medical Genetics, Cambridge Institute for Medical Research, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Stefanucci Luca (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Stefanucci Luca (National Health Service Blood and Transplant (NHSBT), Cambridge, UK) ,  Stefanucci Luca (BHF Centre of Excellence, Division of Cardiovascular Medicine, Addenbrooke’s Hospital, Cambridge, UK) ,  Arno Gavin (UCL Institute of Ophthalmology, University College London, London, UK) ,  Arno Gavin (Moorfields Eye Hospital NHS Trust, London, UK) ,  Webster Andrew R. (UCL Institute of Ophthalmology, University College London, London, UK) ,  Webster Andrew R. (Moorfields Eye Hospital NHS Trust, London, UK) ,  Cole Trevor (West Midlands Genomic Medicine Centre, University Hospitals Birmingham, Birmingham, UK) ,  Austin Topun (Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Branco Ricardo Garcia (Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Ouwehand Willem H. (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Ouwehand Willem H. (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Raymond F. Lucy (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK) ,  Raymond F. Lucy (Department of Medical Genetics, Cambridge Institute for Medical Research, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Carss Keren J. (Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Carss Keren J. (NIHR BioResource, Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust, Cambridge, UK)
資料名： Genome Medicine (Web)  (Genome Medicine (Web))
巻： 10  号： 1  ページ： 95  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7320A  ISSN： 1756-994X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 研究は,複雑な構造変異体(cxSV)がヒトゲノム変異に寄与し,メンデル病を引き起こすことを示した。著者らは,短い読み取り全ゲノム配列決定(WGS)を用いてメンデル病に関連するcxSVを同定し,正確な変異体構成を解明し,cxSV形成の可能な機構を研究することを目的とした。著者らは,1324人の未診断の稀な疾患患者のコホートにおいてcxSVを同定するために,短い読み込みWGSとブレークポイントジャンクションの分析を実行した。長い読み取りWGSと遺伝子発現分析を,1つの症例を解決するために使用した。著者らは,3つの病原性cxSVsを同定した。すなわち,HNRNPUに影響を及ぼすde novo欠失-反転-重複,およびCEP78に影響するホモ接合性欠失-反転-欠失である。さらに,同じ対立遺伝子上のCDKL5の破壊と無傷コピーの両方の存在を示す長い読み取りWGSにより,de novo複製-反転重複CDKL5を分離し,遺伝子発現分析により,CDKL5の両親対立遺伝子を発現することを示した。すべてのcxSVにおけるブレークポイント分析は,ミクロ相同性とより長い反復要素の両方を明らかにした。著者らの結果は,cxSVがメンデル病を引き起こすことを確証し,著者らは臨床研究の間のそれらの考慮を推奨する。著者らは,ブレークポイントの分解能が,cxSV形成における複製に基づく機構の病原性と現在の証拠を解釈するために重要であることを示す。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 病原性 ,  *分解能 ,  相同性 ,  診断 ,  対立遺伝子 ,  ヒト ,  母集団 ,  遺伝子発現 ,  *変異
準シソーラス用語： 次世代シークエンシング ,  臨床研究 ,  両親 ,  同型接合性 ,  ジャンクション ,  ヒトゲノム ,  *ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： ゲノム配列決定 ,  次世代シークエンシング ,  複雑な構造変異体 ,  ナノ細孔 ,  ARID1B ,  HNRNPU ,  CEP78 ,  CDKL5

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

引用文献 (49件)：

• Nature; An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes; PH Sudmant, T Rausch, EJ Gardner, RE Handsaker, A Abyzov, J Huddleston; 526; 7571; 2015; 75-81; 10.1038/nature15394; citation_id=CR1
• Nat Genet; Mutation spectrum revealed by breakpoint sequencing of human germline CNVs; DF Conrad, C Bird, B Blackburne, S Lindsay, L Mamanova, C Lee; 42; 5; 2010; 385-391; 10.1038/ng.564; citation_id=CR2
• Trends Genet; Characterizing complex structural variation in germline and somatic genomes; AR Quinlan, IM Hall; 28; 1; 2012; 43-53; 10.1016/j.tig.2011.10.002; citation_id=CR3
• Trends Genet; Human structural variation: mechanisms of chromosome rearrangements; B Weckselblatt, MK Rudd; 31; 10; 2015; 587-599; 10.1016/j.tig.2015.05.010; citation_id=CR4
• Nat Genet; Inverted genomic segments and complex triplication rearrangements are mediated by inverted repeats in the human genome; CM Carvalho, MB Ramocki, D Pehlivan, LM Franco, C Gonzaga-Jauregui, P Fang; 43; 11; 2011; 1074-1081; 10.1038/ng.944; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： 変異体 ,  ゲノム配列 ,  同定 ,  切断点 ,  分解能