特許

J-GLOBAL ID：200903072353767239

RNA配列情報処理装置

発明者： 津田 宏治 ,  金 大真 ,  浜田 道昭 ,  浅井 潔
出願人/特許権者： 独立行政法人産業技術総合研究所 ,  みずほ情報総研株式会社 ,  国立大学法人 東京大学
代理人 (3件)： 大野 聖二 ,  森田 耕司 ,  田中 玲子
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2006-049694
公開番号（公開出願番号）：特開2007-226700
出願日： 2006年02月27日
公開日（公表日）： 2007年09月06日
要約：

【課題】RNA配列群から2次構造モチーフを抽出する新規な技術を提供する。 【解決手段】複数のRNA配列データの各々から、RNA2次構造の複数のステム候補が抽出される。各RNA配列のステム候補を用いてステムグラフが生成される。ステムグラフは、複数のステム候補を頂点として有し、頂点間を辺で結んだグラフである。複数のRNA配列に対応する複数のステムグラフが分析される。それらステムグラフに頻出する類似した部分グラフが、RNA2次構造モチーフを表す頻出ステムパターンとして抽出される。複数のステムグラフのステム候補群が分類されて、分類データが生成される。分類データを用いて、類似する部分グラフが抽出される。ラベル付き有向グラフが好適に生成される。また、分類データとして階層的なタクソノミデータが生成される。【選択図】 図1

請求項（抜粋）：

複数のRNA配列データの各々から、RNA2次構造の複数のステム候補を抽出するステム候補抽出部と、 各RNA配列データから抽出された前記複数のステム候補の各々を頂点として有し、頂点間を辺で結んだステムグラフを生成するグラフ生成部と、 前記複数のRNA配列からそれぞれ生成された複数の前記ステムグラフを分析して、グラフ形状が類似し、対応する頂点のステム候補が類似し、前記複数のステムグラフに頻出する部分グラフを、RNA2次構造モチーフを表す頻出ステムパターンとして抽出するグラフ解析部と、 を備えたことを特徴とするRNA配列情報処理装置。

IPC (1件)：

G06F 19/00

FI (1件)：

G06F19/00 600

Fターム (5件)：

4B024AA19 ,  4B024AA20 ,  4B024CA01 ,  4B024CA11 ,  4B024HA20

引用特許：

出願人引用 (1件)

• RNA配列情報処理方法、プログラムおよび装置
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2004-096140   出願人：浅井潔

引用文献：

出願人引用 (4件)

• A graph theoretical approach for predicting common RNA secondarystructure motifs including pseudokno
• Mining generalized substructures from a set of labeledgraphs
• Tree Decomposition Based Fast Search of RNA StructuresIncluding Pseudoknots in Genomes
• RAG: RNA-As-Graphs web resource