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J-GLOBAL ID：201302274091389409   整理番号：13A1445361

CentroidAlign-Web: ロングノンコーディングRNAの迅速で正確な多重配列アライナ

CentroidAlign-Web: A Fast and Accurate Multiple Aligner for Long Non-Coding RNAs

著者 (5件)： YONEMOTO Haruka (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  ASAI Kiyoshi (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  ASAI Kiyoshi (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN) ,  HAMADA Michiaki (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  HAMADA Michiaki (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 14  号： 3  ページ： 6144-6156 (WEB ONLY)  発行年： 2013年03月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 近年の非コードRNA(ncRNA)発見により,それらの長鎖RNA配列の多重配列アライメント(MSA)が機能的モチーフの分類と決定において重要となっている。しかし,一次(ヌクレオチド)配列のみならず,ncRNAの二次構造もそれらの機能および保存的進化性と密接に関連する。そのため,二次構造についての情報をncRNA配列アライメントにおいて考慮すべきである。しかし,一般的に,二次構造情報を考慮するMSA計算には長時間が必要である。本稿では,長鎖RNA配列処理が可能なCentroidAlign-Webと呼ばれる迅速で正確なWebサーバを記述する。同WebサーバはMSAに既知二次構造情報も適切に組み込む。コンピュータ実験は,本Webサーバが長鎖RNA配列処理に充分に迅速で正確であることを示す。CentroidAlign-Webはhttp://centroidalign.ncrna.org/で利用可能である。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  計算機システム ,  Web【情報システム】 ,  *RNA【核酸】 ,  *ヌクレオチド配列 ,  二次構造 ,  予測 ,  相同性 ,  計算機アルゴリズム
準シソーラス用語： CentroidAlign-Web ,  Webサーバ ,  二次構造予測 ,  *多重配列アラインメント ,  *非コードRNA

分類 (1件)： 遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (4件)： Web ,  ノンコーディングRNA ,  多重 ,  アライナ