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研究者
J-GLOBAL ID:200901092851874372   更新日: 2025年02月13日

門田 幸二

カドタ コウジ | Kadota Koji
所属機関・部署:
職名: 准教授
その他の所属(所属・部署名・職名) (2件):
  • 東京大学  大学院情報学環・学際情報学府 総合分析情報学コース   准教授
  • 東京大学  微生物科学イノベーション連携研究機構   准教授
ホームページURL (1件): http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/kadota/
研究分野 (3件): システムゲノム科学 ,  ゲノム生物学 ,  生命、健康、医療情報学
研究キーワード (11件): 発現解析 ,  統計 ,  トランスクリプトーム ,  RNA-seq ,  NGS ,  マイクロアレイ ,  遺伝子発現 ,  バイオインフォマティクス ,  microarray ,  gene expression ,  Bioinformatics
競争的資金等の研究課題 (13件):
  • 2021 - 2025 RNA-seqデータの発現変動解析を遺伝子クラスタリングで行う
  • 2018 - 2022 ウェブサイト「(Rで)塩基配列解析」の情報更新・拡充
  • 2015 - 2019 ロングリード時代に対応したトランスクリプトームデータ解析ガイドラインの構築
  • 2017 - 2018 次世代シークエンサ解析に特化したバイオインフォマティクスハンズオン講習会の実施およびフォローアップ
  • 2013 - 2017 トランスクリプトームとエネルギー代謝から紐解くマングローブの生態ニッチ決定機構
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論文 (54件):
  • Chiharu Ichikawa, Koji Kadota. MBCdeg4: A modified clustering-based method for identifying differentially expressed genes from RNA-seq data. MethodsX. 2025. 14. 103149-103149
  • Manon Makino, Kentaro Shimizu, Koji Kadota. Enhanced clustering-based differential expression analysis method for RNA-seq data. MethodsX. 2024. 12. 102518-102518
  • Takayuki Osabe, Kentaro Shimizu, Koji Kadota. Differential expression analysis using a model-based gene clustering algorithm for RNA-seq data. BMC Bioinformatics. 2021. 22. 1. 511
  • Koji Kadota, Kentaro Shimizu. Commentary: A Systematic Evaluation of Single Cell RNA-Seq Analysis Pipelines. Frontiers in Genetics. 2020. 11. 941
  • Yoshiaki Ueda, Namie Ohtsuki, Koji Kadota, Ayumi Tezuka, Atsushi J Nagano, Taro Kadowaki, Yonghyun Kim, Mitsue Miyao, Shuichi Yanagisawa. Gene regulatory network and its constituent transcription factors that control nitrogen-deficiency responses in rice. The New phytologist. 2020. 227. 5. 1434-1452
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MISC (48件):
  • 森 宙史, 門田幸二. 次世代シーケンサーデータの解析手法 第24回 メタゲノム解析(その3). 日本乳酸菌学会誌. 2024. 35. 3. 185-193
  • 森 宙史, 門田幸二. 次世代シーケンサーデータの解析手法 第23回 メタゲノム解析(その2). 日本乳酸菌学会誌. 2024. 35. 2. 121-128
  • 森 宙史, 門田幸二. 次世代シーケンサーデータの解析手法 第22回 メタゲノム解析(その1). 日本乳酸菌学会誌. 2024. 35. 1. 51-58
  • 門田幸二. カタカナって便利...だけどムズカシイ. 培風館発行 大学用 図書目録 B 2024. 2024. 34-34
  • 利根 悠介, 孫 建強, 門田 幸二. 次世代シーケンサーデータの解析手法 第21回 シミュレーションデータの生成. 日本乳酸菌学会誌. 2023. 34. 2. 83-90
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特許 (1件):
書籍 (13件):
  • RNA-Seqデータ解析 : WETラボのための超鉄板レシピ : ヒトから非モデル生物まで公共データの活用も充実
    羊土社 2023 ISBN:9784758122672
  • Web連携テキスト バイオインフォマティクス
    培風館 2022 ISBN:9784563078324
  • 遺伝学の百科事典 : 継承と多様性の源 = Encyclopedia of genetics : origin of inheritance and diversity
    丸善出版 2022 ISBN:9784621306604
  • RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ
    羊土社 2019
  • よくわかるバイオインフォマティクス入門
    講談社サイエンティフィク 2018
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講演・口頭発表等 (64件):
  • バイオインフォマティクス教育、教材、そして研究
    (バイオインフォマティクス人材育成講座 中級コース 2023)
  • ゲノム・トランスクリプトーム解析
    (計算生命科学の基礎9 2022)
  • バイオインフォマティクス教育の今後
    (日本農芸化学会 中部支部 第190回例会 2021)
  • 発現変動解析
    (データサイエンス講習会~データ解析環境Rの基礎と応用~ 2021)
  • トランスクリプトーム解析分野のバイオインフォマティクス系研究者の雑感
    (数理生物学セミナー2020@TMDU 2020)
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学歴 (4件):
  • 1999 - 2002 東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻
  • 1997 - 1999 東京農工大学 大学院工学研究科 物質生物工学専攻
  • 1995 - 1997 東京農工大学 工学部 物質生物工学科
  • 1990 - 1995 高知工業高等専門学校 工業化学科
学位 (1件):
  • 博士(農学) (東京大学)
経歴 (8件):
  • 2022/04 - 現在 東京大学 大学院農学生命科学研究科 准教授
  • 2020/04 - 2022/03 東京大学 大学院情報学環・学際情報学府 准教授
  • 2018/04 - 2020/03 東京大学 大学院農学生命科学研究科 准教授
  • 2012/04 - 2018/03 東京大学・大学院農学生命科学研究科 特任准教授
  • 2007/04 - 2012/03 東京大学・大学院農学生命科学研究科 特任助教
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委員歴 (13件):
  • 2009/04 - 現在 Chem-Bio Informatics Journal 編集委員
  • 2020 - 2022 科学研究費助成事業(科研費) 審査委員
  • 2020/11 - 2021/03 第10回サイエンス・インカレ 審査員
  • 2019/07 - 2021/03 文部科学省 科学技術・学術政策研究所 科学技術予測センター(NISTEP) 専門調査員
  • 2019/11 - 2020/03 第9回サイエンス・インカレ 審査員
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受賞 (6件):
  • 2021/03 - 東京大学 オンライン授業等におけるグッドプラクティス総長表彰
  • 2018/08 - 日本学術振興会 特別研究員等審査会専門委員(書面担当)表彰
  • 2016/03 - ライフサイエンス統合データベースセンター Open Science Award 2015 ウェブ部門 第1位
  • 2013/10 - ライフサイエンス統合データベースセンター Open Science Award 2013 ウェブ部門 第2位
  • 2010/04 - 第33回日本血栓止血学会学術集会 優秀ポスター賞 核内受容体PPARαと体内時計分子の協調作用によるPAI-1遺伝子の発現制御
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