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東京科学大学 総合研究院 難治疾患研究所 バイオデータ科学部門 ゲノム機能情報分野
東京科学大学 総合研究院 難治疾患研究所 バイオデータ科学部門 ゲノム機能情報分野 について
職名： 教授
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研究キーワード (14件)：
シングルセル
, データサイエンス
, ゲノムインフォマティクス
, トランスクリプトーム
, オミクス
, ゲノミクス
, RNA
, バイオインフォマティクス
, ChIP-Seq
, 1細胞
, RNA-Seq
, 次世代DNAシーケンサー
, ゲノム
, 遺伝子
競争的資金等の研究課題 (15件)： - 2023 - 2027 アメーボゾアから探る形態形成運動の祖先型分子機構と多細胞体制の進化
- 2021 - 2026 適応回路を担う網羅的細胞種センサス技術の開発
- 2021 - 2026 ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測
- 2019 - 2025 体表多様性を創発する上皮-間充織相互作用の動的制御機構の解明
- 2021 - 2024 高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化
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- Kazuhiro Ikkyu, Itoshi Nikaido. The Effect of Multi-task Learning on the Prediction of Neoantigen-MHC Class II Binding. IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2025. 1-12
- Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima. Transcriptomic signatures of WNT-driven pathways and granulosa cell-oocyte interactions during primordial follicle activation. PLOS ONE. 2024
- Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii, Itoshi Nikaido. Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data. BMC bioinformatics. 2023. 24. 1. 420-420
- Yasuyuki Shima, Henrik Skibbe, Yohei Sasagawa, Noriko Fujimori, Yoshimi Iwayama, Ayako Isomura-Matoba, Minoru Yano, Takumi Ichikawa, Itoshi Nikaido, Nobutaka Hattori, et al. Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus. Cell reports. 2023. 42. 10. 113309-113309
- Hitomi Takada, Yohei Sasagawa, Mika Yoshimura, Kaori Tanaka, Yoshimi Iwayama, Tetsutaro Hayashi, Ayako Isomura-Matoba, Itoshi Nikaido, Akira Kurisaki. Author Correction: Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis. Nature Communications. 2023
- 高田仁実, 笹川洋平, 笹川洋平, 芳村美佳, 二階堂愛, 二階堂愛, 栗崎晃. マウス成体胃組織における幹細胞の分化制御メカニズムの解析. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2022. 45th
- 二階堂愛, 二階堂愛. 超多検体オミクスによる細胞特性の計測. 日本再生医療学会総会(Web). 2021. 20th
- 二階堂愛, 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームデータの解析技術. 医学のあゆみ. 2021. 276. 10
- 二階堂 愛. ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術. 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集. 2020. 48回. 82-82
- 笹川 洋平, 田中 かおり, 林 哲太郎, 二階堂 愛. 1細胞RNA解析で世界最高成績 -国際的な性能比較研究で証明-. 2020
- 宿主生殖腺への生着能を有する生殖細胞識別マーカー
- 核酸の増幅方法
- 宿主生殖腺への生着能を有する生殖細胞識別マーカー
- 骨芽細胞分化促進剤及び抑制剤並びに骨形成促進剤、骨粗鬆症の治療薬、抗肥満薬及びスクリーニング方法
- 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド〜最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ)
羊土社 2022 ISBN:475812261X - 実験医学別冊 新世代フローサイトメトリー活用スタンダード
羊土社 2021 - シングルセル解析でなにがわかるか
化学同人 2020 ISBN:9784759817348 - 定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために
化学同人 2018 ISBN:9784759817300 - 新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる! 〜マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ)
羊土社 2016 ISBN:4758101965
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基盤モデル時代のオミクス研究とデータベースの現在地
(トーゴーの日シンポジウム2024「AI + ロボティクス + データベースが変える生命科学」 2025) -
1細胞・1塩基レベルでのトランスクリプトームとゲノム構造変異の同時計測法
(長崎大学・金沢大学・千葉大学 先進予防医学共同専攻 FD 講演会 2024) -
大規模生成AIと大規模トランスクリプトームデータによる遺伝子発現変動の予測
(第47回日本分子生物学会年会 2024) -
多様化する1細胞RNAシーケンスと生成AIへの応用
(第47回日本分子生物学会年会 2024) -
Leveraging Large-Scale Generative AI for Omics with High-Throughput Transcriptome Analysis
(The 69th Annual Meeting of the Japan Society of Human Genetics. 2024)
- 2001 - 2004 横浜市立大学大学院 総合理学研究科 生体超分子システム科学専攻
- 博士 (理学) (横浜市立大学)
- 2025/04 - 現在 最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部 科学研究基盤モデル開発プログラム (AGIS), オミクス計算モデル開発チーム チームディレクター
- 2024/10 - 現在 東京科学大学 総合研究院 難治疾患研究所 バイオデータ科学部門 ゲノム機能情報分野 教授
- 2024/04 - 現在 理化学研究所 最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部 科学研究基盤モデル開発プログラム (AGIS) テーマリーダー
- 2022/04 - 現在 熊本大学 発生医学研究所 客員教授
- 2020/04 - 現在 国立大学法人 筑波大学 システム情報工学研究群 ライフイノベーション(生物情報)学位プログラム 教授 (協働大学院)
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- 2023/11 - 現在 公益財団法人 細胞科学研究財団 研究助成審査委員
- 2018/10 - 現在 国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) CREST・さきがけ複合研究領域 ”ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出” 領域アドバイザー
- 2018 - 現在 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNAデータ研究利用委員会
- 2017 - 現在 国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会委員
- 2023/01 - 2024/12 特定非営利活動法人 日本分子生物学会 研究倫理委員会
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