研究者
J-GLOBAL ID：201801014542014619   更新日: 2024年05月15日

原田 隆平

Harada Ryuhei
所属機関・部署：
筑波大学 計算科学研究センター

筑波大学 計算科学研究センター について


職名： 准教授
研究分野 (4件)： 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 ,  生物物理学 ,  生命、健康、医療情報学 ,  計算科学
研究キーワード (19件)： 生物物理学 ,  ソフトマターの物理 ,  非平衡物理 ,  タンパク質・核酸 ,  物理化学 ,  理論化学 ,  化学物理 ,  自由エネルギー地形 ,  計算化学 ,  バイオインフォマティクス ,  レアイベントサンプリング ,  機械学習 ,  インシリコ創薬 ,  受容体 ,  液-液相分離 ,  膜透過 ,  エピジェネティクス ,  核膜輸送 ,  分散型計算
競争的資金等の研究課題 (24件)：
  • 2023 - 2026 Rubiscoを改良する構造的要因の決定
  • 2024 - 2025 公益財団法人 UBE学術振興財団 援助金
  • 2024 - 2025 疾患原因につながる相互作用を特定する異常検知システムの開発
  • 2024 - 2025 分子凝集をトリガーとする酵素阻害の現象解明と新規創薬分野への展開
  • 2024 - 2025 タンパク質の複合体と相互作用を高精度に計測する計算技術の開発
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論文 (92件)：
  • Nalinee Kongkaew, Kowit Hengphasatporn, Yasuteru Shigeta, Thanyada Rungrotmongkol, Ryuhei Harada. Preferential Door for Ligand Binding and Unbinding Pathways in Inhibited Human Acetylcholinesterase. The Journal of Physical Chemistry Letters,. 2024. DOI: 10.1021/acs.jpclett.4c00514, in press
  • Raja Norazireen, Raja Ahmad, Long-teng Zhang, Rikuri Morita, Haruna Tani, Yong Wu, Takeshi Chujo, Akiko Ogawa, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, et al. Pathological mutations promote proteolysis of mitochondrial tRNA-specific 2-thiouridylase 1 (MTU1) via mitochondrial caseinolytic peptidase (CLPP). Nucleic Acids Research. 2023. 52. 3. 1341-1358
  • Nalinee Kongkaew, Kowit Hengphasatporn, Yuwanda Injongkol, Pitchayathida Mee-udorn, Liyi Shi, Panupong Mahalapbutr, Phornphimon Maitarad, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, Thanyada Rungrotmongkol, et al. Design of Electron-Donating Group Substituted 2-PAM Analogs as Antidotes for Organophosphate Insecticide Poisoning. RSC Advances. 2023. 13. 32266-32275
  • Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada. Latrunculin Resistance Mechanism of Non-Conventional Actin NAP1 Uncovered by Molecular Dynamics Simulations. Cytoskeleton. 2023. 81. 143-150
  • Nitchakan Darai, Kowit Hengphasatporn, Peter Wolschann, Michael T. Wolfinger, Yasuteru Shigeta, Thanyada Rungrotmongkol, Ryuhei Harada. A Structural Refinement Technique for Protein-RNA Complexes Using Combination of AI-based Modeling and Flexible Docking: A Study of Musashi-1 Protein. Bulletin of the Chemical Society of Japan. 2023. 96. 7. 677-685
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MISC (2件)：
  • 原田 隆平. みらいぶっく 「今まさに取り組まれている研究」. 河合塾. 2024
  • 原田 隆平. 研究者に聞く - 計算機の顕微鏡で生体分子の「形」と「動き」を解き明かす (筑波大学計算科学研究センター広報記事). 2020
講演・口頭発表等 (50件)：
  • 中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
    (第453回 CBI学会講演会 2024)
  • 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
    (自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024)
  • 生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
    (2023年度 理論化学研究会 2023)
  • 化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
    (日本コンピューター化学会秋季年会 2023)
  • Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement
    (The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023)
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学歴 (3件)：
  • 2008 - 2011 東京大学大学院 理学系研究科 物理学専攻 博士課程
  • 2006 - 2008 東京大学大学院 理学系研究科 物理学専攻 修士課程
  • 2003 - 2006 慶應義塾大学 理工学部 物理学科
学位 (3件)：
  • 博士(理学) (東京大学)
  • 修士(理学) (東京大学)
  • 学士(理学) (慶應義塾大学)
経歴 (5件)：
  • 2019/02 - 現在 筑波大学 計算科学研究センター 准教授
  • 2018/04 - 2019/01 筑波大学 計算科学研究センター 助教
  • 2015/04 - 2018/03 日本学術振興会 特別研究員 PD
  • 2014/04 - 2015/03 筑波大学 計算科学研究センター 研究員
  • 2011/04 - 2014/03 理化学研究所 計算科学研究機構 特別研究員
委員歴 (9件)：
  • 2022/01 - 現在 American Chemical Society, Journal of Chemical Information and Modeling Editorial Advisory Board
  • 2020/04 - 現在 筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会
  • 2019/04 - 現在 筑波大学 筑波大学大学院 理工情報生命学術院/生命環境科学研究科 生命地球科学研究群/生物科学専攻 生物学学位プログラム 早期修了委員
  • 2021/01 - 2024/12 分子シミュレーション学会 学会誌「アンサンブル」編集委員
  • 2023/10 - 2024/05 第26回 理論化学討論会 実行委員
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受賞 (29件)：
  • 2024/06 - UBE学術振興財団 援助金
  • 2024/06 - UBE学術振興財団 学術奨励賞
  • 2024/04 - G-7奨学財団 令和6年度 研究開発助成事業 定期公募(IT)
  • 2024/04 - 豊田理化学研究所 豊田理研スカラー(Phase1)
  • 2024/04 - 島津科学技術振興財団 研究開発助成
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所属学会 (6件)：
日本化学会 ,  分子シミュレーション学会 ,  日本生物物理学会 ,  日本物理学会 ,  日本薬学会 ,  日本蛋白質科学会
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