研究者
J-GLOBAL ID：201801014542014619
更新日: 2025年02月24日 原田 隆平
Harada Ryuhei
筑波大学 計算科学研究センター
筑波大学 計算科学研究センター について
職名： 准教授
研究キーワード (19件)：
生物物理学
, ソフトマターの物理
, 非平衡物理
, タンパク質・核酸
, 物理化学
, 理論化学
, 化学物理
, 自由エネルギー地形
, 計算化学
, バイオインフォマティクス
, レアイベントサンプリング
, 機械学習
, インシリコ創薬
, 受容体
, 液-液相分離
, 膜透過
, エピジェネティクス
, 核膜輸送
, 分散型計算
競争的資金等の研究課題 (28件)： - 2023 - 2026 Rubiscoを改良する構造的要因の決定
- 2023 - 2025 タンパク質の複合体と相互作用を高精度に計測する計算技術の開発
- 2024 - 2025 分子間相互作用から疾患原因を推定する異常検知システムの構築
- 2023 - 2025 拡張サンプリング手法 (PaCS-MD, OFLOOD等) を用いた論理的創薬手法に関する研究
- 2024 - 2025 タンパク質と核酸の「揺らぎ」を考慮したフレキシブルドッキングに基づく複合体モデリング技術の開発
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- Koryo Obata, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada. In-Silico Analysis of Inhibitor Intrusion into the AQP7 Channel for Efficient Drug Design. Chemistry Letters,. 2025. Manuscript ID: CL-250078, under review
- Silpsiri Sinsulpsiri, Yuji Nishii, Qing-Feng Xu-Xu, Masahiro Miura, Patcharin Wilasluck, Kanokwan Salamteh, Peerapon Deetanya, Kittikhun Wangkanon, Aphinya Suroengri, Siwaporn Boonyasuppayakorn, et al. Unveiling the Antiviral Inhibitory Activity of Ebselen and Ebsulfur Derivatives on SARS-CoV-2 Using Machine Learning-based QSAR, LB-PaCS-MD, and Experimental Assay. Scientific Report,. 2025. Submission ID: 656b9963-57b8-45bd-be24-c14c17c0bb6b, accepted
- Genki Kudo, Takumi Hirao, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, Taketsugu Hirokawa, Ryunosuke Yoshino. Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search. Journal of Chemical Information and Modeling,. 2025. Manuscript ID: ci-2025-00102n, under revision
- Lian Duan, Kowit Hengphasatporn, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta. Reaction Mechanism Path Sampling Based on Parallel Cascade Selection QM/MM Molecular Dynamics Simulation: PaCS-Q. Journal of Chemical Theory and Computation,. 2025. Manuscript ID: ct-2025-00169y, under review
- Takunori Yasuda, Yoshino Okamoto, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada. Chemical Diversity within Chaperonins Contributes to Stabilizing Substrate Protein Configurations. The Journal of Physical Chemistry Letter,. 2025. Manuscript ID: jz-2025-00092c, under revison
- 原田 隆平. みらいぶっく 「今まさに取り組まれている研究」. 河合塾. 2024
- 原田 隆平. 研究者に聞く - 計算機の顕微鏡で生体分子の「形」と「動き」を解き明かす (筑波大学計算科学研究センター広報記事). 2020
- 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
- Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
-
生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発
(筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024) -
中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
(第453回 CBI学会講演会 2024) -
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
(自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024) -
生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
(2023年度 理論化学研究会 2023) -
化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
(日本コンピューター化学会秋季年会 2023)
- 2008 - 2011 東京大学大学院 理学系研究科 物理学専攻 博士課程
- 2006 - 2008 東京大学大学院 理学系研究科 物理学専攻 修士課程
- 2003 - 2006 慶應義塾大学 理工学部 物理学科
- 博士(理学) (東京大学)
- 修士(理学) (東京大学)
- 学士(理学) (慶應義塾大学)
- 2019/02 - 現在 筑波大学 計算科学研究センター 准教授
- 2018/04 - 2019/01 筑波大学 計算科学研究センター 助教
- 2015/04 - 2018/03 日本学術振興会 特別研究員 PD
- 2014/04 - 2015/03 筑波大学 計算科学研究センター 研究員
- 2011/04 - 2014/03 理化学研究所 計算科学研究機構 特別研究員
- 2025/01 - 現在 分子シミュレーション学会 幹事
- 2022/01 - 現在 American Chemical Society, Journal of Chemical Information and Modeling Editorial Advisory Board
- 2019/04 - 現在 筑波大学 筑波大学大学院 理工情報生命学術院/生命環境科学研究科 生命地球科学研究群/生物科学専攻 生物学学位プログラム 早期修了委員
- 2020/04 - 2025/03 筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会
- 2021/01 - 2024/12 分子シミュレーション学会 学会誌「アンサンブル」編集委員
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- 2024/10 - MOLSIS-CCG GRANT
- 2024/06 - UBE学術振興財団 援助金
- 2024/06 - UBE学術振興財団 学術奨励賞
- 2024/04 - G-7奨学財団 令和6年度 研究開発助成事業 定期公募(IT)
- 2024/04 - 豊田理化学研究所 豊田理研スカラー(Phase1)
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