- 2023 - 2026 日本沿岸海域の時系列環境DNAデータベースに基づく魚類生態の解明
- 2023 - 2026 樹幹流を利用した新たな樹上生物多様性モニタリング法の開発: 地衣類をモデルとして
- 2022 - 2025 環境DNAによる沿岸海洋生物多様性の網羅的動態把握に向けた最新技術の実装と検証
- 2020 - 2023 SII-7-2 深海大型生物相の環境DNAによるモニタリング法の開発 (課題番号:JPMEERF20S20720)
- 2018 - 2023 海洋生物遺伝子情報の自動取得に向けた基盤技術の開発と実用化 (課題番号:JPMXD0618068274)
- 2019 - 2022 多地点・高頻度環境DNA観測に基づく魚類群集構造の変動様式と形成・維持機構の解明(課題番号:19H03291)
- 2016 - 2019 沿岸内在性十脚甲殻類の網羅的探索:環境DNAによるモニタリングに向けた基盤形成(課題番号:16K07494)
- 2016 - 2019 環境DNAを用いた陸水生態系種構成と遺伝的多様性の包括的解明手法の確立と実践(課題番号:4-1602)
- 2013 - 2019 環境DNA分析に基づく魚類群集の定量モニタリングと生態系評価手法の開発(課題番号:JPMJCR13A2)
- 2014 - 2017 データ主導型・発見探索型アプローチによる中・深層性魚類の起源と多様化の解明(課題番号:26291083)
- 2011 - 2014 次世代大量ミトゲノム解析による魚類多様性研究の新展開:サンガー法から超並列法へ
- 2010 - 2013 ミトゲノム超行列による巨大クレードの包括的な進化史解明:方法論の確立と実際(課題番号:22370035)
- 2008 - 2011 インド亜大陸の衝突と気候変動による淡水魚類の進化と生物地理の解明
- 2005 - 2010 コイ目魚類の大系統解明:ミトコンドリアゲノム分析による国際的イニシアチブの確立(課題番号:17207007)
- 2007 - 2010 魚類における性転換現象の系統発生と社会構造に関する研究
- 2007 - 2010 魚類多様性の進化ダイナミクス:網羅的大規模分子系統樹からのアプローチ
- 2003 - 2005 大規模データによる未解決の多分岐解消:ミトゲノム分析に基づくスズキ類の大系統解析(課題番号:15570090 )
- 2003 - 2005 海洋動物におけるミトコンドリアゲノミクスの展開
- 2001 - 2003 ミトコンドリアゲノム全塩基配列に基づく上位真骨類大分類群の再検討(課題番号:13640711)
- 2001 - 2003 日本産魚類のミトコンドリアゲノム・データベースの構築
- 1999 - 2001 魚類高次系統にミトコンドリア全ゲノム情報の可能性と限界を探る:ロングPCRの応用による新たな展開(課題番号:11691177)
- 1998 - 1999 ヒメ目魚類にみる深海への適応過程:分子系統に基づく新たな解釈(課題番号:09740644)
- 1997 - 1998 深海性魚類における汎世界種の遺伝的変異と種分化:パナマ地峡の形成と関連して(課題番号:08740674)
- 1997 - 1998 ヒメ目魚類の進化にみる深海への適応過程:分子系統樹に基づく新たな解釈
- 1996 - 1997 分子系統に基づく深海性オニハダカ属魚類の進化史の再構成(課題番号:07740668)
- 1994 - 1995 相模湾産深海性魚類の自然誌学的研究
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