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研究者
J-GLOBAL ID:201901012103337279   更新日: 2025年02月07日

岡田 眞里子

オカダ マリコ | Mariko Okada
クリップ
所属機関・部署:
職名: 教授
ホームページURL (1件): http://www.protein.osaka-u.ac.jp/cell_systems/
研究分野 (2件): 応用生物化学 ,  細胞生物学
研究キーワード (10件): バイオDX ,  バイオインフォマティクス ,  炎症 ,  免疫 ,  がん ,  数理モデル ,  オミクス ,  転写制御 ,  シグナル伝達 ,  システム生物学
競争的資金等の研究課題 (13件):
  • 2024 - 2027 YAP活性化ダイナミクスのシステム制御とその病態発症メカニズムの解明
  • 2021 - 2026 自然言語処理とシミュレーションによる細胞制御探索法の構築
  • 2021 - 2024 統合解析を用いた網膜神経節細胞別の脆弱性に関わる緑内障障害シグナル伝達経路の探索
  • 2020 - 2023 歯周病進行の細菌・分子間ダイナミクス制御に基づく歯周病重症化予測診断法の開発
  • 2018 - 2023 疾病機序理解のための遺伝子ネットワーク数理モデル基盤の構築
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論文 (175件):
  • Hiroaki Yamagiwa, Ryoma Hashimoto, Kiwamu Arakane, Ken Murakami, Shou Soeda, Momose Oyama, Yihua Zhu, Mariko Okada, Hidetoshi Shimodaira. Predicting Drug-Gene Relations via Analogy Tasks with Word Embeddings. arXiv. 2024
  • Ken Murakami, Keita Iida, Mariko Okada. An attention-based deep neural network model to detect cis-regulatory elements at the single-cell level from multi-omics data. 2024
  • 筒井真人, 岡田眞里子. DynProfiler: A Python package for comprehensive analysis and interpretation of signaling dynamics leveraged by deep learning techniques. 2024. vbae145
  • Sho Tabata, Keita Matsuda, Shou Soeda, Kenshiro Nagai, Yoshihiro Izumi, Masatomo Takahashi, Yasutaka Motomura, Ayaka Ichikawa Nagasato, Kazuyo Moro, Takeshi Bamba, et al. NFκB dynamics-dependent epigenetic changes modulate inflammatory gene expression and induce cellular senescence. The FEBS Journal. 2024
  • Keita Iida, Mariko Okada. Identifying Key Regulatory Genes in Drug Resistance Acquisition: Modeling Pseudotime Trajectories of Breast Cancer Single-Cell Transcriptome. Cancers. 2024. 16. 10. 1884-1884
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MISC (40件):
  • 陳 ヨ, 岩淵 禎弘, 清野 透, 平岡 伸介, 飯田 渓太, 新井 康仁, 横山 明彦, 岡田 眞里子, 橋本 真一, 大木 理恵子. PHLDA3は膵島細胞の分化と代謝を制御することで非機能性膵神経内分泌腫瘍の悪性化を抑制する。. 日本癌学会総会記事. 2022. 81回. P-2033. 2022. 81回. P-2033
  • 井上 カタジナアンナ, 高橋 和樹, 須河内 昭成, 飯田 渓太, 岩淵 禎弘, 鯉沼 代造, 栗岡 恭子, 小西 徹, 田中 晋, 戒田 篤志, et al. がん研究における女性研究者 TGF-βは増殖が低下して運動能が上昇したがん細胞集団を形成することで口腔がんの転移を亢進する(TGF-β enhances metastasis of oral cancer via generation of a population of cancer cells in G1 phase with high motility). 日本癌学会総会記事. 2022. 81回. SS1-5
  • 井上 カタジナアンナ, 高橋 和樹, 須河内 昭成, 飯田 渓太, 岩淵 禎弘, 鯉沼 代造, 栗岡 恭子, 小西 徹, 田中 晋, 戒田 篤志, et al. がん研究における女性研究者 TGF-βは増殖が低下して運動能が上昇したがん細胞集団を形成することで口腔がんの転移を亢進する(TGF-β enhances metastasis of oral cancer via generation of a population of cancer cells in G1 phase with high motility). 日本癌学会総会記事. 2022. 81回. SS1-5
  • Johannes Nicolaus Wibisana, 飯田渓太, 岡田眞里子. 免疫系の1細胞解析による転写制御機構の予測. 医学のあゆみ 1細胞解析・技術と応用(企画 菅野純夫). 2021. 276. 10. 983-988
  • 井上 正宏, 岡田 眞里子, 橋本 真一, 木村 正, 近藤 純平. 子宮頸部神経内分泌腫瘍の腺癌混合腫瘍における分化の可塑性. 日本癌学会総会記事. 2020. 79回. IS3-4
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書籍 (1件):
  • Computational Modeling of Signaling Networks
    Springer US 2023
講演・口頭発表等 (302件):
  • 細胞老化におけるNFκBのマルチオミクス制御
    (第47回 日本分子生物学会年会 2024)
  • マルチオミクスデータ統合解析を用いたIκBαによるNFκB活性化動体制御の細胞老化、個体老化への役割の解析
    (第97回日本生化学会大会 2024)
  • Modeling biological networks using Natural Language Processing (NLP)
    (DAIKIN International Symposium on Physics of Intelligence (ISPI2024) 2024)
  • AMEDにおける個人差・性差研究とオミクス解析
    (早稲田大学 空間オミックス解析研究拠点キックオフシンポジウム 2024)
  • Extracting Knowledge from Literature to Construct Biological Context-Aware Mathematical Models of Signaling Pathways
    (1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024)
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学歴 (1件):
  • - 1988 東京農工大学 連合農学研究科 修了
経歴 (10件):
  • 2024/10 - 現在 Imperial College London Department of Bioengineering Provost’s Visiting Professor of Systems Biology (クロアポ)
  • 2016/07 - 現在 大阪大学 蛋白質研究所 教授
  • 2022/12 - 2024/03 大阪大学WPIヒューマン・メタバース疾患研究拠点 副拠点長、PI
  • 2022/04 - 2024/03 大阪大学 蛋白質研究所 所長
  • 2013 - 2016/06 特定国立研究開発法人理化学研究所 統合生命医科学研究センター(IMS) チームリーダー
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委員歴 (11件):
  • 2024/04 - 現在 AMED CREST・PRIME 研究開発総括(PS)
  • 2023/10 - 現在 日本学術会議(基礎生物委員会) 会員
  • 2023/08 - 現在 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)創発的研究支援事業 プログラムオフィサー(PO)
  • 2023/06 - 現在 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 細胞と遊ぶ(CREST)領域アドバイザー
  • 2021 - 現在 文部科学省 次世代計算基盤に係るシステム検討ワーキンググループ
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受賞 (1件):
  • 2018/04 - 平成30年度科学技術分野の文部科学大臣表彰科学技術賞 研究部門
所属学会 (7件):
日本生化学会 ,  日本免疫学会 ,  International Society of Systems Biology (ISSB) (Committee Member) ,  日本バイオインフォマティクス学会 ,  日本生物物理学会 ,  日本癌学会 ,  日本分子生物学会
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