- 2022 - 2024 アメーバをめぐるポストコッホ微生物生態学
- 2019 - 2023 アメーバ共生系を基盤とする新規微生物の探索
- 2020 - 2022 アメーバをめぐるポストコッホ微生物生態学
- 2019 - 2022 Tn-seqを活用したレジオネラ病原性研究の新展開
- 2015 - 2018 ケミカルバイオロジーによる細胞内寄生菌生存・増殖戦略の解析
- 2014 - 2016 レジオネラのゼノファジー回避の分子機構
- 2011 - 2016 細菌の原虫・哺乳動物宿主に対する寄生・共生の分子基盤
- 2011 - 2016 マトリョーシカ型進化原理(総括班)
- 2012 - 2015 細菌分泌系ATPaseの活性型超複合体形成における新規機能
- 2011 - 2014 高分解能イメージングで探る病原細菌IVB型分泌系のコア複合体
- 2007 - 2008 レジオネラユビキチンリガーゼの発現と輸送の分子機構
- 2007 - 2008 レジオネラエフェクターと宿主因子の相互作用とその機能
- 2006 - 2007 レジオネラIV型分泌系菌体外コンポーネントDotAの機能解析
- 2006 - 2007 レジオネラIV型分泌装置の構造形成と作動機構
- 2006 - 2007 レジオネラによるファゴソーム改変の分子機構
- 2005 - 2006 レジオネラIV型分泌装置の分子構造解析
- 2005 - 2005 レジオネラ膜タンパク質DotAのIV型分泌系による輸送機構の解析
- 1997 - 1999 蛍光新技術を用いた蛋白-蛋白および蛋白-DNA相互作用の動的解析
- 1996 - 1996 細胞分裂に必須なFtsZタンパク質局在の分子機構
- 1995 - 1995 タンパク質フットプリント法による転写複合体の解析
- 1994 - 1994 分子シャペロンによる遺伝子発現調節
- 1993 - 1993 大腸菌SOS応答における翻訳段階での発現誘導
- 1992 - 1992 1分子ダイナミクスによる転写開始活性化の動的機構
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