MICHIAKI HAMADA

ハマダミチアキ | MICHIAKI HAMADA

Affiliation and department：
Job title： Professor
Other affiliations (2)：

National Institute of Advanced Industrial Science and Technology AIST-Waseda University Computational Bio Big-Data Open Innovation Laboratory (CBBD-OIL) Team Leader
Nippon Medical University Graduate School Visiting Professor

Homepage URL (1)： https://www.hamadalab.com/

Research field (4)： Systems genomics , Genomics , Biological, health, and medical informatics , Intelligent informatics

Research keywords (13)： RNA therapeutics , Artificial Intelligence , probabilistic model , RNA-protein interaction , RNA-RNA interaction , interactome , long noncoding RNA (lncRNA) , epi-transcriptome , epi-genome , RNA aptamer , sequece analysis , RNA , Bioinformatics

Research theme for competitive and other funds (23)：

2022 - 2028 Platform for Advanced Genome Science
2024 - 2027 RNAリインカネーション
2024 - 2026 The lncRNA landscape of skeletal muscle cell biotransformation with aging.
2023 - 2026 Overview and Systematic Understanding of Biological Phase Separation Based on RNA-Centric Molecular Networks
2021 - 2024 AIアプタマー創薬プロジェクト

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Papers (130)：

Keisuke Yamada, Kanta Suga, Naoko Abe, Koji Hashimoto, Susumu Tsutsumi, Masahito Inagaki, Fumitaka Hashiya, Hiroshi Abe, Michiaki Hamada. Multi-objective computational optimization of human 5′ UTR sequences. 2024
Kenzui Taniue, Anzu Sugawara, Chao Zeng, Han Han, Xinyue Gao, Yuki Shimoura, Atsuko Nakanishi Ozeki, Rena Onoguchi-Mizutani, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, et al. The MTR4/hnRNPK complex surveils aberrant polyadenylated RNAs with multiple exons. Nature communications. 2024. 15. 1. 8684-8684
Masato Kosuge, Jumpei Ito, Michiaki Hamada. Landscape of evolutionary arms races between transposable elements and KRAB-ZFP family. Scientific reports. 2024. 14. 1. 23358-23358
Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada. The Lomb-Scargle periodogram-based differentially expressed gene detection along pseudotime. 2024
Yutaro Wakabayashi, Aika Shimono, Yuki Terauchi, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Kentaro Semba, Shinya Watanabe, Kosuke Ishikawa. Identification of a novel RNA transcript TISPL upregulated by stressors that stimulate ATF4. Gene. 2024. 917. 148464-148464

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MISC (34)：

Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. Fast RNA-RNA Interaction Prediction Methods for Interaction Analysis of Transcriptome-Scale Large Datasets. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2023. 2586. 163-173
高橋聡, 野呂林太郎, 吉川明子, 中道真仁, 菅野哲平, 松本優, 武内進, 平尾真季子, 松田久仁子, Zeng Chao, et al. ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義. 日本呼吸器学会誌. 2020. 9. 増刊. 177-177
高橋聡, 野呂林太郎, 吉川明子, 中道真仁, 菅野哲平, 松本優, 武内進, 平尾真季子, 松田久仁子, Zeng Chao, et al. ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義. 日本呼吸器学会誌. 2020. 9. 増刊. 177-177
Akira Orimo, Yasuhiko Ito, Yoshihiro Mezawa, Kaidiliavi Sulidan, Yataro Daigo, Nadila Wali, Okio Hino, Kazuyoshi Takeda, Michiaki Hamada, Yuko Matsumura. CAFs induce formation of metastatic human breast tumor cell clusters with partial epithelial-mesenchymal transition. CANCER SCIENCE. 2018. 109. 797-797
藤田理紗, 有村泰宏, 山本達郎, 浜田道昭, 斉藤典子, 胡桃坂仁志. 非コードRNA Eleanorはヌクレオソーム中のヒストンの交換を促進する. 生命科学系学会合同年次大会. 2017. 2017年度. [3PT18-0555)]

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Patents (4)：

Books (14)：

ゲノム配列情報解析
コロナ社 2024 ISBN:9784339027358
核酸医薬〜モダリティ・合成・分析・DDSの最新動向〜
(株)エヌ・ティー・エス 2024 ISBN:9784860438869
あなたのラボから薬を生み出すアカデミア創薬の実践 : all Japan体制の先端技術支援を利用した創薬の最前線
羊土社 2024 ISBN:9784758104166
機械学習を用いたアプタマー配列の解析と創薬、実験医学別冊 Pythonで実践生命科学データの機械学習
羊土社 2023 ISBN:9784758122634
機械学習による遺伝子転写制御に関わる因子の探索, 月刊細胞
ニューサイエンス社 2022

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Lectures and oral presentations (52)：

タンパク質言語モデルを用いたコロナウイルスの宿主予測
(生命情報科学若手の会第16回年会)
トランスポゾンのサブファミリー分類手法の確立
(生命情報科学若手の会第16回年会)
Prefix-tuned RNA言語モデルによる新規タンパク質結合RNA配列の生成
(生命情報科学若手の会第16回年会)
大規模ゲノムに適用可能なde novo散在反復配列検出手法の開発
(生命情報科学若手の会第16回年会)
トランスポゾンとKRAB-ZFPの進化的軍拡競争
(生命情報科学若手の会第16回年会)

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Education (3)：

2005 - 2009 Tokyo Institute of Technology Interdisciplinary Science and Engineering Intelligent Systems Science
2000 - 2002 Tohoku University Graduate School of Science Department of Mathematics
1996 - 2000 Tohoku University

Professional career (1)：

Ph.D. (Tokyo Institute of Technology)

Work history (8)：

2023/04 - 現在 Japanese Society for Bioinformatics (JSBi) Vice president
2022/04 - 現在早稲田大学次代の中核研究者
2018/04 - 現在 Waseda University Faculty of Science and Engineering Professor
2017/04 - 現在 Nippon Medical School
2016/10 - 現在産業技術総合研究所生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ(CBBD-OIL) 招聘研究員 / 班長

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Committee career (5)：

2023/04 - 現在 Japanese Society for Bioinformatics Vice president
2022/06 - 現在 mRNA Targeted Drug Discovery Research Organization board of directors
2020/04 - 現在 Japanese Society for Bioinformatics
2021/09 - 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021) congress president
2015/04 - 2017/03 Japanese Society for Bioinformatics Board member

Awards (6)：

2024/11 - Waseda University Okuma Memorial Academic Award (Encouragement Award)
2023/07 - Waseda University Waseda University Teaching Award Bioinformatics
2022/04 - 早稲田大学早稲田大学次代の中核研究者 2022
2021/12 - 早稲田大学早稲田大学リサーチアワード(国際研究発信力)
2017/04 - 文部科学省平成29年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞

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※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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