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J-GLOBAL ID：201101043857230156   Update date: Nov. 01, 2024

Shimizu Hiroshi

Shimizu Hiroshi
Affiliation and department：
Osaka University Department of Bioinformatic Engineering

About Osaka University Department of Bioinformatic Engineering


Job title： Professor
Homepage URL  (2)： https://metabolic-engineering.jp/ ,  https://en.metabolic-engineering.jp/
Research field  (2)： Biological, health, and medical informatics ,  Applied biofunctional and bioprocess engineering
Research keywords  (5)： 代謝工学 ,  13C代謝フラックス解析 ,  ゲノムスケール代謝シミュレーション ,  実験室進化 ,  機械学習によるタンパク質機能改変
Research theme for competitive and other funds  (29)：
  • 2024 - 2029 A Study of Science and Process Construction of Microbial Gas-phase Reaction
  • 2019 - 2024 High performance microbial cell factories development by model based metabolic design and adaptive laboratory evolution
  • 2021 - 2024 微細藻類の変動光に対する光化学系と代謝のシステム解析
  • 2019 - 2022 Identification of rate limiting step in metabolic pathway for bioproductions based on genome scale model
  • 2016 - 2021 New Photosynthesis : Re-optimization of the solar energy conversion system
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Papers (257)：
  • Koichiro Ueno, Shogo Sawada, Mai Ishibashi, Yoshiki Kanda, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya. Identification of a novel NADPH generation reaction in the pentose phosphate pathway in Escherichia coli using mBFP. Journal of Bacteriology. 2024
  • Sefli Sri Wahyu Effendi, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu, Chengfeng Xue, I-Son Ng. Utilizing Ribose 1,5-Bisphosphate Isomerase and RuBisCO-Equipped <i>Escherichia coli</i> Nissle for Low-Carbon Footprint GABA Production. ACS Sustainable Chemistry & Engineering. 2024
  • Hiroki Mori, Misato Matsui, Takahiro Bamba, Yoshimi Hori, Sayaka Kitamura, Yoshihiro Toya, Ryota Hidese, Hisashi Yasueda, Tomohisa Hasunuma, Hiroshi Shimizu, et al. Engineering Escherichia coli for efficient glutathione production. Metabolic Engineering. 2024
  • Chinatsu Matsuyama, Taisuke Seike, Nobuyuki Okahashi, Teppei Niide, Kiyotaka Y. Hara, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda. Metabolome analysis of metabolic burden in Escherichia coli caused by overexpression of green fluorescent protein and delta-rhodopsin. Journal of Bioscience and Bioengineering. 2024
  • Hayato Akagi, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya. Multicolor optogenetics for regulating flux ratio of three glycolytic pathways using EL222 and CcaSR in Escherichia coli. Biotechnology and bioengineering. 2023
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MISC (442)：
  • Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu. Coupling and uncoupling growth and product formation for producing chemicals. Current Opinion in Biotechnology. 2024. 87. 103133-103133
  • 岡橋伸幸, 清水浩, 松田史生, 谷口赳夫. 代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明. 金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点. 2023. 2022
  • 小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 清水浩, 戸谷吉博. Applications of a light-driven proton pump to enhance the weak acid tolerance and bioproduction in Escherichia coli. 日本生物工学会大会講演要旨集. 2023. 75th
  • 岡橋伸幸, 島知輝, 近藤佑哉, 荒木千絵, 辻周真, 澤井茜, 上原ひかる, 河野晋, 清水浩, 高橋智聡, et al. Association of aerobic glycolysis and metabolic heat in cultured cancer cells. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2023. 46th
  • 二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩. Application of Logistic Regression Models for Identification of Residues Determining Substrate Specificity in Enzymes. 日本生物工学会大会講演要旨集. 2023. 75th
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Patents (5)：
Books (17)：
  • 微生物を用いた有用物質生産技術の開発
    技術情報協会 2024 ISBN:9784867980231
  • 微生物を活用した有用物質の製造技術 第3章化成品原料の生産
    CMC出版 2023 ISBN:9784781317403
  • 光合成 第IV部、3. 光合成のカギとなる段階を探せ
    朝倉書店 2021 ISBN:9784254171761
  • 代謝センシング -健康,食,美容,薬,そして脳の代謝を知る- 第25章培養動物細胞の13C代謝フラックス解析
    シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313504
  • BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 5
    2017
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Lectures and oral presentations  (117)：
  • Metabolic reactivation for efficient microbial productions using optogenetic tools
    (i-BioN 2024)
  • Development of Open-Source Software for Optimal Substrate Label Pattern Suggestion in 13C-Metabolic Flux Analysis.
    (i-BioN 2024)
  • Selection for the functional sequences for improvement of chemical production in cyanobacteria from enormous sequences in the database
    (Asia Pacific Bioinfomatics Joint Conference (APBJC))
  • 酵素のフィードバック阻害の解除に向けたファージ支援連続進化システムの開発
    (化学工学会第55回秋季大会)
  • 代謝経路の速度論モデル構築におけるパラメータ決定の優先順位付け方法
    (化学工学会第55回秋季大会)
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Education (2)：
  • 1990 - 京都大学 工学博士
  • 1989 - 京都大学工学研究科化学工学専攻博士後期課程単位取得退学
Professional career (1)：
  • PhD
Work history (9)：
  • 2019/04 - 現在 Osaka University
  • 2003 - 現在 大阪大学 大学院・情報科学研究科 教授
  • 2015/08 - 2019/03 Osaka University
  • 2011/08 - 2014/03 Osaka University
  • 2007/08 - 2011/08 Osaka University Graduate School of Information Science and Technology
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Committee career (10)：
  • 2024/04 - 現在 JST Adopting Sustainable Partnership for Innovative Research Ecosystem (ASPIRE) Program Officer (PO)
  • 2023 - 現在 公益社団法人 日本生物工学会 理事 副会長
  • 2023 - 現在 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 革新的GX技術創出事業(GteX)バイオものづくり領域 領域アドバイザー
  • 2023 - 2025 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 未来社会創造事業「地球環境課題である低炭素社会の実現」領域研究開発運営会議外部専門家
  • 2022/06 - 2024/03 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 領域アドバイザー(ACT-X研究領域「環境とバイオテクノロジー」)
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Awards (11)：
  • 2024/09 - 日本生物工学会 第32回生物工学論文賞
  • 2023/09 - 日本生物工学会 第31回生物工学論文賞
  • 2021/10 - 日本生物工学会 トピックス賞 光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換
  • 2021 - 第29回生物工学論文賞 Data science-based modeling of lysine fermentation process
  • 2018/09 - 日本生物工学会 第26回生物工学論文賞
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Association Membership(s) (5)：
JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY ,  バイオインダストリー協会 ,  日本分子生物学会 ,  化学工学会 ,  日本生物工学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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