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J-GLOBAL ID：201101043857230156 Update date: Mar. 12, 2025

Shimizu Hiroshi

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Affiliation and department：
Job title： Professor
Homepage URL (2)： https://metabolic-engineering.jp/ , https://en.metabolic-engineering.jp/

Research field (2)： Biological, health, and medical informatics , Applied biofunctional and bioprocess engineering

Research keywords (5)：代謝工学 , 13C代謝フラックス解析 , ゲノムスケール代謝シミュレーション , 実験室進化 , 機械学習によるタンパク質機能改変

Research theme for competitive and other funds (29)：

2024 - 2029 A Study of Science and Process Construction of Microbial Gas-phase Reaction
2019 - 2024 High performance microbial cell factories development by model based metabolic design and adaptive laboratory evolution
2021 - 2024 微細藻類の変動光に対する光化学系と代謝のシステム解析
2019 - 2022 Identification of rate limiting step in metabolic pathway for bioproductions based on genome scale model
2016 - 2021 New Photosynthesis : Re-optimization of the solar energy conversion system

2016 - 2021 Intracellular metabolism control of the proton motive force

2017 - 2019 Development of Simulation System of Cancer Metabolism

2016 - 2019 Identification of Limiting Step and Optimization of Metabolism based on Analysis of Dynamic Behaviors of Multilayers Omics Data

2012 - 2016 Creation of Stress Tolerant Microbial Cell Factories based on Multiomics Analysis of Laboratory Evolution Process

2011 - 2016 1-ブタノール生産に資する新規メタボリック解析システムの開発

2010 - 2015 汎用的高効率バイオプロセス細胞の創製

2009 - 2013 海洋性藻類からのバイオエタノール生産技術の開発

2011 - 2012 Study on inhibitory effect of high light on the cell growth and adaptation mechanism of cyanobacteria

2009 - 2011 Creation of stress tolerant strain based on single nucleotide mutational analysis of in whole genome

2006 - 2007 In silica Design of Metabolic Pathway of Yet for Bio-ProductionofEnvironmental-Conscious Chemical Products

2004 - 2005 大腸菌細胞間相互作用をとおしてみた生命体情報ネットワーク

2003 - 2004 Development of Strategy for Fermentative Production Based on Symbiosis of Microorganisms

2000 - 2001 Analysis of sugar moiety of enterocin from Enterococcus faecium N15

2000 - 2001 Quality Control of a Biodegradable Polymer using A Multivariable Controller, based on Metabolic Pathway Informaion

1998 - 1999 Isolation of a novel bacteriocin-producing lactic acid bacteria and its use in food preservation

1998 - 1999 Development of a novel controller for antimicrobial nisin production, using interaction of microorganisms

1996 - 1997 Development of an on-line fault diagnosis and operation system for an optimal rice-alphaamylase production process of temperature-sensitive mutant of Saccharomyces cerevisiae by autoassociative neural network

1995 - 1995 画像処理装置を用いた放線菌の形態解析と抗生物質最大生産への応用

1994 - 1995 The Role of Lactic Acid Bacteria and its Application to Fermentation Processes by Ecosystem Engineering Approach.

1994 - 1994 ファジィ理論と代謝反応モデルを用いた培養状態認識法の開発

1991 - 1993 Computer Control of Biodegradable Polymer Production Process by Alcaligenes eutrophus

1992 - 1992 発酵プロセスにおけるファジイ制御とその評価

1991 - 1992 Construction of Useful Temperature-dependent Gene Expresssion System in S. cerevisiae and It's Application to a Cultivation Process

1989 - 1990 Computer Control of Glutathione Production Process by Saccharomycescerevisiae

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Papers (261)：

Hiroki Nishiguchi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu. Modification of intracellular metabolism by expression of a C-terminal variant of phosphoribulokinase from Synechocystis sp. PCC 6803. Bioscience, biotechnology, and biochemistry. 2025
Yoshihiro Toya, Tatsumi Imada, Mai Ishibashi, Yuuichi Kawamoto, Kinuka Isshiki, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. Growth inhibition by ppc deletion is rescued by isocitrate dehydrogenase mutations in Escherichia coli. FEMS Microbiology Letters. 2025
Keisuke Wada, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu. 13C-metabolic flux analysis of respiratory chain disrupted strain ΔndhF1 of Synechocystis sp. PCC 6803. Applied Biochemistry and Biotechnology. 2025
Koichiro Ueno, Shogo Sawada, Mai Ishibashi, Yoshiki Kanda, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya. Identification of a novel NADPH generation reaction in the pentose phosphate pathway in Escherichia coli using mBFP. Journal of Bacteriology. 2024
Sefli Sri Wahyu Effendi, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu, Chengfeng Xue, I-Son Ng. Utilizing Ribose 1,5-Bisphosphate Isomerase and RuBisCO-Equipped <i>Escherichia coli</i> Nissle for Low-Carbon Footprint GABA Production. ACS Sustainable Chemistry & Engineering. 2024

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MISC (444)：

Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu. Coupling and uncoupling growth and product formation for producing chemicals. Current Opinion in Biotechnology. 2024. 87. 103133-103133
寺木遥, 今田辰海, 三吉健太, 二井手哲平, 清水浩, 戸谷吉博. Evaluation of the reverse glyoxylate shunt in engineered Escherichia coli strains based on ¹³ C labeling experiments. 日本生物工学会大会講演要旨集. 2024. 76th
三吉健太, 今田辰海, 寺木遥, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩. ¹³C-glucose labeling method for metabolic flux analysis of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli. 日本生物工学会大会講演要旨集. 2024. 76th
岡橋伸幸, 清水浩, 松田史生, 谷口赳夫. 代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明. 金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点. 2023. 2022
小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 清水浩, 戸谷吉博. Applications of a light-driven proton pump to enhance the weak acid tolerance and bioproduction in Escherichia coli. 日本生物工学会大会講演要旨集. 2023. 75th

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Patents (5)：

Books (17)：

微生物を用いた有用物質生産技術の開発
技術情報協会 2024 ISBN:9784867980231
微生物を活用した有用物質の製造技術第3章化成品原料の生産
CMC出版 2023 ISBN:9784781317403
光合成第IV部、3. 光合成のカギとなる段階を探せ
朝倉書店 2021 ISBN:9784254171761
代謝センシング -健康,食,美容,薬,そして脳の代謝を知る- 第25章培養動物細胞の13C代謝フラックス解析
シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313504
BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 5
2017

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Lectures and oral presentations (127)：

大腸菌における3ヒドロキシプロピオン酸生産のためのリボソーム結合配列改変による段階的な代謝フラックスの操作
(化学工学会第90年会)
代謝解析技術を用いた非酸化的解糖経路導入大腸菌による物質高生産系の合理的デザイン
(化学工学会第90年会)
配列情報を利用した酵素の基質特異性を司るアミノ酸残基の予測と構造的洞察
(化学工学会第90年会)
大腸菌における逆グリオキシル酸経路の機能評価と物質生産の応用可能性への検討
(化学工学会第90年会)
13C代謝フラックス解析による液相培養系におけるAcinetobacter sp. Tol 5の中枢代謝の評価
(化学工学会第90年会)

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Education (2)：

1990 - 京都大学工学博士
1989 - 京都大学工学研究科化学工学専攻博士後期課程単位取得退学

Professional career (1)：

Work history (9)：

2019/04 - 現在 Osaka University
2003 - 現在大阪大学大学院・情報科学研究科教授
2015/08 - 2019/03 Osaka University
2011/08 - 2014/03 Osaka University
2007/08 - 2011/08 Osaka University Graduate School of Information Science and Technology

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Committee career (10)：

2024/04 - 現在 JST Adopting Sustainable Partnership for Innovative Research Ecosystem (ASPIRE) Program Officer (PO)
2023 - 現在公益社団法人日本生物工学会理事副会長
2023 - 現在国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 革新的GX技術創出事業(GteX)バイオものづくり領域領域アドバイザー
2023 - 2025 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 未来社会創造事業「地球環境課題である低炭素社会の実現」領域研究開発運営会議外部専門家
2022/06 - 2024/03 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 領域アドバイザー(ACT-X研究領域「環境とバイオテクノロジー」)

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Awards (11)：

2024/09 - 日本生物工学会第32回生物工学論文賞
2023/09 - 日本生物工学会第31回生物工学論文賞
2021/10 - 日本生物工学会トピックス賞光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換
2021 - 第29回生物工学論文賞 Data science-based modeling of lysine fermentation process
2018/09 - 日本生物工学会第26回生物工学論文賞

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Association Membership(s) (5)：

JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY , バイオインダストリー協会 , 日本分子生物学会 , 化学工学会 , 日本生物工学会

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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