Rchr
J-GLOBAL ID:201801006061159734
Update date: Nov. 19, 2024
Mizuguchi Kenji
ミズグチ ケンジ | Mizuguchi Kenji
Affiliation and department:
Job title:
Professor
Homepage URL (1):
https://mizuguchilab.org
Research field (2):
Systems genomics
, Biological, health, and medical informatics
Research keywords (11):
computational biology
, drug discovery
, protein structure
, protein interaction
, network biology
, disease biology
, data integration
, database
, machine learning
, omics
, drug design
Research theme for competitive and other funds (22):
- 2022 - 2025 静的局所環境の学習によるタンパク質動的構造情報の抽出
- 2020 - 2023 International research project on nucleic acid aptamers and their exosome-based application to therapeutics for synucleinopathy
- 2017 - 2020 Improved identification of drug targets by data warehousing and simulations of signal transduction pathways
- 2017 - 2019 Drug discovery in breast cancer utilizing reactivation of tumor suppressors
- 2016 - 2019 Clarification of novel pathophysiological roles of BIG3 in breast cancer cells
- 2016 - 2019 Examination of regulatory network profiles for gene expression of intestinal epithelial barrier dysfunction in aging
- 2015 - 2019 多階層データの統合モデリングによる薬物動態予測システムの構築
- 2017 - 2018 革新的技術に裏打ちされた有効かつ安全な次世代アジュバント開発
- 2016 - 2018 創薬を指向したタンパク質の結合部位予測アルゴリズムの開発
- 2016 - 2018 食-腸-医をつなぐ生活習慣病の新規メカニズムの解明と腸内細菌叢やその代謝物に着目した病態制御法の開発
- 2015 - 2018 生活習慣病やアレルギー疾患の新しい予防法確立に資する健康な日本人の腸管免疫と腸内細菌データベースの構築に関する疫学研究
- 2012 - 2017 アジュバント安全性評価データベースの構築研究
- 2013 - 2016 Drug development and biological function study of novel estrogen receptor activity modulator BIG3 protein
- 2013 - 2016 Development of a target discovery platform by integrating data warehousing and protein function prediction
- 2013 - 2016 創薬支援のためのバイオリソースデータベースのネットワーク整備と政策・倫理課題に関する研究
- 2013 - 2014 化粧品等のQSAR/in silico/インフォマテクス技術等の安全性評価応用に関する調査研究
- 2011 - 2014 ヒトES/iPS細胞の実用化における幹細胞バンクの基盤整備についての研究
- 2011 - 2013 疾患関連タンパク質における機能決定アミノ酸残基の予測
- 2010 - 2013 疾患研究のための生物資源の所在情報データベース等の構築と維持と関連する政策・倫理課題の研究
- 2007 - 2012 国際バリューチェインによる創薬ターゲットタンパク質の阻害剤開発プログラム
- 2007 - 2011 タンパク質のネットワーク分子機能予測による創薬ターゲット同定手法の開発
- 2007 - 2010 ダイナミクスを考慮した膜蛋白質の構造モデリング法の開発
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Papers (189):
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Rikako Inoue, Koji Hosomi, Jonguk Park, Haruka Sakaue, Hitomi Yumioka, Hiroko Kamitani, Yoshiharu Kinugasa, Kaori Harano, A. Yasmin Syauki, Miki Doi, et al. Clinical Phenotypes Associated with the Gut Microbiome in Older Japanese People with Care Needs in a Nursing Home. Nutrients. 2024. 16. 22. 3839-3839
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Satoko Maruyama, Tsubasa Matsuoka, Koji Hosomi, Jonguk Park, Haruka Murakami, Motohiko Miyachi, Hitoshi Kawashima, Kenji Mizuguchi, Toshiki Kobayashi, Tadao Ooka, et al. High barley intake in non-obese individuals is associated with high natto consumption and abundance of butyrate-producing bacteria in the gut: a cross-sectional study. Frontiers in Nutrition. 2024. 11
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Suzumi Kageyama, Rikako Inoue, Koji Hosomi, Jonguk Park, Hitomi Yumioka, Miki Doi, Miyuu Miyake, Yuka Nagashio, Yoshiko Shibuya, Nobue Oka, et al. Association Between Gut Microbiome Composition and Physical Characteristics in Patients with Severe Motor and Intellectual Disabilities: Perspectives from Microbial Diversity. Nutrients. 2024. 16. 20. 3546-3546
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Rodolfo S Allendes Osorio, Yuji Kosugi, Johan T Nyström-Persson, Kenji Mizuguchi, Yayoi Natsume-Kitatani. A modern multi-omics data exploration experience with Panomicon. Bioinformatics Advances. 2024
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Hirokazu Shoji, Hidekazu Hirano, Yosui Nojima, Daigo Gunji, Akina Shinkura, Satoshi Muraoka, Yuichi Abe, Ryohei Narumi, Chioko Nagao, Masahiko Aoki, et al. Phosphoproteomic subtyping of gastric cancer reveals dynamic transformation with chemotherapy and guides targeted cancer treatment. Cell Reports. 2024. 114774-114774
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MISC (58):
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Hiroshi Komura, Reiko Watanabe, Kenji Mizuguchi. The Trends and Future Prospective of In Silico Models from the Viewpoint of ADME Evaluation in Drug Discovery. Pharmaceutics. 2023. 15. 11. 2619-2619
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MARTIN, 渡邉怜子, 水口賢司. ナノ粒子をより安全に 設計するための新手法 --ナノ粒子の安全性に革命を: AI が拓く未来. 化学. 2023. 78. 11. 27-30
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Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi. Recent developments of sequence-based prediction of protein-protein interactions. Biophysical reviews. 2022. 1-19
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Masataka Kuroda, Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi. Utilizing public and private sector data to build better machine learning models for the prediction of pharmacokinetic parameters. Drug discovery today. 2022. 103339-103339
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Nakamura Yoshinori, Kitamura Hideya, Ogura Takashi, Natsume-Kitatani Yayoi, Mizuguchi Kenji. Construction of the platform to explore drug target for IPF in Public/Private R&D Investment Strategic Expansion PrograM(PRISM). MEDCHEM NEWS. 2022. 32. 3. 119-123
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Patents (3):
Books (18):
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健康と疾患を制御する精密栄養学 : 「何を、いつ、どう食べるか?」に、食品機能の解析と個人差を生む分子メカニズムの解明から迫る
羊土社 2023 ISBN:9784758104111
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ケモインフォマティクスにおけるデータ収集の最適化と解析手法
技術情報協会 2023 ISBN:9784861049446
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革新的AI創薬 : 医療ビッグデータ、人工知能がもたらす創薬研究の未来像
エヌ・ティー・エス 2022 ISBN:9784860437886
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創薬研究のための相互作用解析パーフェクト : 低中分子・抗体創薬におけるスクリーニング戦略と実例、in silico解析、一歩進んだ分析技術まで
羊土社 2021 ISBN:9784758122566
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Protein Interactions: Computational Methods, Analysis and Applications
World Scientific 2020
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Lectures and oral presentations (133):
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DruMAP: a drug metabolism and pharmacokinetics analysis platform
(Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2024 2024)
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Data integration as a basis for multi-faceted modeling: towards AI-driven drug discovery
(Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2024 2024)
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Artificial Intelligence-driven drug discovery and data integration
(JASIS 2024 2024)
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ナノ粒子の安全性予測
(The 144th Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan 2024)
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Data integration and curation as a basis for AI-based drug discovery
(11th OU Bioinformatics Center Seminar 2024)
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Education (3):
- 1992 - 1995 Kyoto University Department of Chemistry
- 1990 - 1992 Kyoto University Department of Chemistry
- 1986 - 1990 Kyoto University Faculty of Science
Professional career (1):
Work history (9):
- 2019/10 - 現在 Institute for Protein Research, Osaka University Professor
- 2019/07 - 2024/03 National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition Artificial Intelligence Center for Health and Biomedical Research Director
- 2013/05 - 2024/03 National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition Laboratory of In silico design Research Group Head
- 2006/10 - 2021/08 National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition Laboratory of Bioinformatics Research Group Head
- 2004/10 - 2006/09 University of Cambridge Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics Lecturer
- 2000/06 - 2006/09 University of Cambridge Department of Biochemistry Research Group Head
- 1998/10 - 2000/05 University of Cambridge Department of Biochemistry Postdoctoral Research Associate
- 1996/10 - 1998/09 University of Cambridge Department of Biochemistry HFSP Long-term Fellow
- 1995/09 - 1996/09 Birkbeck, University of London Department of Crystallography Visiting Scientist
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Committee career (16):
- 2021/04 - 現在 日本バイオインフォマティクス学会 幹事、第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)大会長
- 2020/04 - 現在 日本学術振興会 R022 量子構造生物学委員会 学会委員
- 2019/04 - 現在 日本メディカルAI学会 評議員
- 2017 - 現在 ライフ インテリジェンス コンソーシアム(LINC) 副代表
- 2014/04 - 現在 Chem-Bio Informatics Society Board member
- 2024/05 - 2026/03 国立研究開発法人 科学技術振興機構 領域アドバイザー(ACT-X 研究領域「生命と情報」)
- 2023/03 - 2024/03 国立研究開発法人 理化学研究所 計算科学研究センター アドバイザリー・カウンシル
- 2021/05 - 2022/04 国立遺伝学研究所NBRP事務局 ナショナルバイオリソースプロジェクト 課題評価委員会委員
- 2017/04 - 2020/03 JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 統合化推進プログラム 研究アドバイザー
- 2015/04 - 2016/03 日本生物物理学会 分野別専門委員
- 2007/04 - 2009/03 日本バイオインフォマティクス学会 評議員
- 文部科学省 新学術領域研究専門委員会 委員
- 内閣府 総合科学技術・イノベーション会議 評価専門調査会「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発」フォローアップ検討会委員
- 内閣府 「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発」評価検討会委員
- 日本医療研究開発機構 (AMED) 課題評価委員
- 日本学術振興会 科学研究費委員会専門委員(第二段審査)
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Awards (3):
- 2020/02 - Japan Open Innovation Prize(JOIP)
- 2000/06 - Wellcome Trust Research Career Development Fellowship
- 1996/10 - HFSP (Human Frontier Science Program) Long-Term fellowship
Association Membership(s) (4):
情報計算化学生物学会(CBI学会)
, 日本メディカルAI学会
, 日本バイオインフォマティクス学会
, 日本生物物理学会
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